; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS011644 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS011644
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionethylene-responsive transcription factor ERF060
Genome locationscaffold239:3457167..3458150
RNA-Seq ExpressionMS011644
SyntenyMS011644
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001471 - AP2/ERF domain
IPR016177 - DNA-binding domain superfamily
IPR036955 - AP2/ERF domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004143476.1 ethylene-responsive transcription factor ERF056 [Cucumis sativus]5.6e-13580Show/hide
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XP_022949926.1 ethylene-responsive transcription factor ERF060-like [Cucurbita moschata]1.1e-13579.3Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3B297 ethylene-responsive transcription factor ERF0601.0e-13780.98Show/hide
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A0A5A7T4I4 Ethylene-responsive transcription factor ERF0601.0e-13780.98Show/hide
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A0A6J1BWJ7 ethylene-responsive transcription factor ERF0602.4e-17197.87Show/hide
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A0A6J1GDE5 ethylene-responsive transcription factor ERF060-like5.5e-13679.3Show/hide
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A0A6J1IU90 ethylene-responsive transcription factor ERF060-like2.7e-13578.55Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O65665 Ethylene-responsive transcription factor ERF0601.1e-5647.6Show/hide
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        AAID+++       ++DPF EELMKALQP+      T+++ SSS   S++ +                                G  Q+  +GLN LTP 
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        QI QIQ Q+             Q  +     LAPK +PMK++ +     KLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAA+AYD AAYKLRG
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        +FARLNFP  +H+ G       F PLH SVDAKLQ ICQSL+  KTE +     E    PP    KTE + S      S   S S E +   SSPES I 
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        +FLDFSD  + E  +FGLEK+PSVEIDW A+S+L
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Q8H1E4 Ethylene-responsive transcription factor RAP2-41.9e-6149.01Show/hide
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        MAAA+++Y    T   S      ELM AL PF+KSV    S+SS++S+S+F+  SA+S     P   PD  S   T+ FS G S ++Q G      IGLN
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        NL+ SQI QIQ+QI   +PP    +      ++ + N L+PK + MK             G P KPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLP+NRTRLWLGTFD
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        TAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFP+ +H        FG++KPLH SVDAKL+AIC+S+    KQ K+ +  S   EK  + P+L  K + E +  S  
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         S   +  E+ + GSSP S ++F D  +  QW   E F LEKYPS EIDW ++
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Q9FJQ2 Ethylene-responsive transcription factor ERF0574.2e-4844.76Show/hide
Query:  FSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPS
        + +E M+AL+PFMK    TSSSS+S+S          S+   L+P+F  P++ ++              Q+GPIGLN LTP+QILQIQ ++ +       
Subjt:  FSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPS

Query:  FSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFK
         + + +       L  K   MK +    KP KLYRGVRQR WGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTF+TA+EAALAYD+AA+K+RGD ARLNFP    Q G +K
Subjt:  FSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFK

Query:  P-LHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSS-SSSSSSPSRSEDYS---TGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAF--GLE
          L PS++AK+++IC S            +D  L   P++E + + E   S  S     P   E Y    +GSSPES I+ LDFS     E E+F  GL 
Subjt:  P-LHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSS-SSSSSSPSRSEDYS---TGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAF--GLE

Query:  KYPSVEIDWAALSQL
        KYPS+EIDW A+ +L
Subjt:  KYPSVEIDWAALSQL

Q9LM15 Ethylene-responsive transcription factor RAP2-131.2e-4755.19Show/hide
Query:  SQYHNF---LAPKSIPMKHVG-SPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLH
        S  H+F   L+PK + MK  G S  KPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLP+NRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFP  +H   +++PL 
Subjt:  SQYHNF---LAPKSIPMKHVG-SPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLH

Query:  PSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSV---ADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRSEDYSTG--SSPESSISFLDFSDY---QWGEGEAFGLEKY
         SVDAKL+AICQ+L +   +Q+ S    +  K ++   ++L  E       SS+ SSP  +E Y +G  SSP S ++F D  +     W E     LEKY
Subjt:  PSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSV---ADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRSEDYSTG--SSPESSISFLDFSDY---QWGEGEAFGLEKY

Query:  PSVEIDWAALSQ
        PS EIDW ++ Q
Subjt:  PSVEIDWAALSQ

Q9SIE4 Ethylene-responsive transcription factor ERF0561.3e-4950Show/hide
Query:  GLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTK-LYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDT
        G+ +S P+GLN LTP QI QIQ Q+        +   + IS+     L+P  I MK++      TK LYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTF+T
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Query:  AEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTP------------PELEL----KTEVETSP
        AE+AALAYD+AA++LRGD A+LNFP+  H+  D  PL  SVD KLQAIC+SL+  KTE++CSV+D+                 P+ EL    +  +ET+ 
Subjt:  AEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTP------------PELEL----KTEVETSP

Query:  SSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL
         S+ S  S   S  D S      S  +FLDFSD ++ E  +FGL K+PSVEIDW A+S+L
Subjt:  SSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22190.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein8.6e-4955.19Show/hide
Query:  SQYHNF---LAPKSIPMKHVG-SPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLH
        S  H+F   L+PK + MK  G S  KPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLP+NRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFP  +H   +++PL 
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Query:  PSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSV---ADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRSEDYSTG--SSPESSISFLDFSDY---QWGEGEAFGLEKY
         SVDAKL+AICQ+L +   +Q+ S    +  K ++   ++L  E       SS+ SSP  +E Y +G  SSP S ++F D  +     W E     LEKY
Subjt:  PSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSV---ADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRSEDYSTG--SSPESSISFLDFSDY---QWGEGEAFGLEKY

Query:  PSVEIDWAALSQ
        PS EIDW ++ Q
Subjt:  PSVEIDWAALSQ

AT1G78080.1 related to AP2 41.4e-6249.01Show/hide
Query:  MAAAIDVYSGISTPGYSSDPFSEELMKALQPFMKSVI---STSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLN
        MAAA+++Y    T   S      ELM AL PF+KSV    S+SS++S+S+F+  SA+S     P   PD  S   T+ FS G S ++Q G      IGLN
Subjt:  MAAAIDVYSGISTPGYSSDPFSEELMKALQPFMKSVI---STSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLN

Query:  NLTPSQILQIQAQIQ--IPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKH-----------VGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFD
        NL+ SQI QIQ+QI   +PP    +      ++ + N L+PK + MK             G P KPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLP+NRTRLWLGTFD
Subjt:  NLTPSQILQIQAQIQ--IPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKH-----------VGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFD

Query:  TAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKH-------QFGDFKPLHPSVDAKLQAICQSL----KQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSS
        TAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFP+ +H        FG++KPLH SVDAKL+AIC+S+    KQ K+ +  S   EK  + P+L  K + E +  S  
Subjt:  TAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKH-------QFGDFKPLHPSVDAKLQAICQSL----KQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSS

Query:  SSSSPSRSEDYSTGSSPESSISFLDFSD-YQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAAL
         S   +  E+ + GSSP S ++F D  +  QW   E F LEKYPS EIDW ++
Subjt:  SSSSPSRSEDYSTGSSPESSISFLDFSD-YQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAAL

AT2G22200.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein9.2e-5150Show/hide
Query:  GLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTK-LYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDT
        G+ +S P+GLN LTP QI QIQ Q+        +   + IS+     L+P  I MK++      TK LYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTF+T
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Query:  AEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFKPLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTP------------PELEL----KTEVETSP
        AE+AALAYD+AA++LRGD A+LNFP+  H+  D  PL  SVD KLQAIC+SL+  KTE++CSV+D+                 P+ EL    +  +ET+ 
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Query:  SSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL
         S+ S  S   S  D S      S  +FLDFSD ++ E  +FGL K+PSVEIDW A+S+L
Subjt:  SSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL

AT4G39780.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein7.8e-5847.6Show/hide
Query:  AAIDVYSGISTPGYSSDPFSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPS
        AAID+++       ++DPF EELMKALQP+      T+++ SSS   S++ +                                G  Q+  +GLN LTP 
Subjt:  AAIDVYSGISTPGYSSDPFSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPS

Query:  QILQIQAQIQIPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRG
        QI QIQ Q+             Q  +     LAPK +PMK++ +     KLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAA+AYD AAYKLRG
Subjt:  QILQIQAQIQIPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRG

Query:  DFARLNFPHPKHQFG------DFKPLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSI-
        +FARLNFP  +H+ G       F PLH SVDAKLQ ICQSL+  KTE +     E    PP    KTE + S      S   S S E +   SSPES I 
Subjt:  DFARLNFPHPKHQFG------DFKPLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRS-EDYSTGSSPESSI-

Query:  SFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL
        +FLDFSD  + E  +FGLEK+PSVEIDW A+S+L
Subjt:  SFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL

AT5G65130.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein3.0e-4944.76Show/hide
Query:  FSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPS
        + +E M+AL+PFMK    TSSSS+S+S          S+   L+P+F  P++ ++              Q+GPIGLN LTP+QILQIQ ++ +       
Subjt:  FSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQIQIPPQSMPS

Query:  FSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFK
         + + +       L  K   MK +    KP KLYRGVRQR WGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTF+TA+EAALAYD+AA+K+RGD ARLNFP    Q G +K
Subjt:  FSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFK

Query:  P-LHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSS-SSSSSSPSRSEDYS---TGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAF--GLE
          L PS++AK+++IC S            +D  L   P++E + + E   S  S     P   E Y    +GSSPES I+ LDFS     E E+F  GL 
Subjt:  P-LHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSS-SSSSSSPSRSEDYS---TGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAF--GLE

Query:  KYPSVEIDWAALSQL
        KYPS+EIDW A+ +L
Subjt:  KYPSVEIDWAALSQL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCAGCTATAGATGTTTACAGTGGAATTTCGACGCCGGGTTACTCTTCCGATCCGTTTAGTGAAGAATTAATGAAAGCGCTTCAACCTTTTATGAAAAGTGTTAT
CTCAACCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCTTTTGTTTCTTCTTCTGCTTATTCTCCAGCTTCTTCTCAGCCTGAATTGAGCCCTGATTTTTGCTCCCCGTCGAGCACCC
GCTTGTTTTCTCAAGGGTTCTCGAGTATTGAACAAATGGGTCTTGAGCAATCAGGTCCAATCGGGCTAAACAATCTCACTCCTTCTCAGATTCTCCAAATTCAAGCTCAA
ATCCAAATACCCCCACAAAGCATGCCTTCCTTCTCTGCCGCTCAGATTTCTTCCCAATACCATAACTTCCTTGCCCCAAAATCCATCCCCATGAAGCACGTGGGCTCTCC
GCCCAAGCCCACCAAGCTCTACAGAGGAGTCCGGCAGCGCCACTGGGGAAAATGGGTGGCCGAAATCAGACTCCCCAAGAACCGCACCAGACTCTGGCTCGGCACTTTCG
ACACGGCGGAGGAGGCAGCTTTAGCCTATGATAAAGCTGCTTACAAGCTCCGTGGAGATTTTGCCAGGCTCAATTTCCCACATCCCAAGCACCAATTCGGAGACTTCAAA
CCCCTTCACCCTTCTGTAGACGCCAAGCTTCAAGCAATTTGTCAGAGCTTGAAACAGGGGAAAACAGAGCAGCTCTGTTCCGTGGCCGATGAAAAACTGACGACTCCACC
TGAATTGGAATTGAAAACCGAAGTGGAGACTTCTCCATCCTCTTCATCCTCATCGTCGTCTCCTTCACGGTCTGAAGATTACTCCACGGGATCGTCCCCTGAGTCGAGTA
TTAGCTTCTTGGATTTCTCAGATTATCAGTGGGGTGAAGGAGAAGCCTTTGGATTGGAAAAGTATCCTTCGGTTGAAATAGATTGGGCAGCTCTGAGTCAGCTG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAGCAGCTATAGATGTTTACAGTGGAATTTCGACGCCGGGTTACTCTTCCGATCCGTTTAGTGAAGAATTAATGAAAGCGCTTCAACCTTTTATGAAAAGTGTTAT
CTCAACCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCTTTTGTTTCTTCTTCTGCTTATTCTCCAGCTTCTTCTCAGCCTGAATTGAGCCCTGATTTTTGCTCCCCGTCGAGCACCC
GCTTGTTTTCTCAAGGGTTCTCGAGTATTGAACAAATGGGTCTTGAGCAATCAGGTCCAATCGGGCTAAACAATCTCACTCCTTCTCAGATTCTCCAAATTCAAGCTCAA
ATCCAAATACCCCCACAAAGCATGCCTTCCTTCTCTGCCGCTCAGATTTCTTCCCAATACCATAACTTCCTTGCCCCAAAATCCATCCCCATGAAGCACGTGGGCTCTCC
GCCCAAGCCCACCAAGCTCTACAGAGGAGTCCGGCAGCGCCACTGGGGAAAATGGGTGGCCGAAATCAGACTCCCCAAGAACCGCACCAGACTCTGGCTCGGCACTTTCG
ACACGGCGGAGGAGGCAGCTTTAGCCTATGATAAAGCTGCTTACAAGCTCCGTGGAGATTTTGCCAGGCTCAATTTCCCACATCCCAAGCACCAATTCGGAGACTTCAAA
CCCCTTCACCCTTCTGTAGACGCCAAGCTTCAAGCAATTTGTCAGAGCTTGAAACAGGGGAAAACAGAGCAGCTCTGTTCCGTGGCCGATGAAAAACTGACGACTCCACC
TGAATTGGAATTGAAAACCGAAGTGGAGACTTCTCCATCCTCTTCATCCTCATCGTCGTCTCCTTCACGGTCTGAAGATTACTCCACGGGATCGTCCCCTGAGTCGAGTA
TTAGCTTCTTGGATTTCTCAGATTATCAGTGGGGTGAAGGAGAAGCCTTTGGATTGGAAAAGTATCCTTCGGTTGAAATAGATTGGGCAGCTCTGAGTCAGCTG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAAIDVYSGISTPGYSSDPFSEELMKALQPFMKSVISTSSSSSSSSFVSSSAYSPASSQPELSPDFCSPSSTRLFSQGFSSIEQMGLEQSGPIGLNNLTPSQILQIQAQ
IQIPPQSMPSFSAAQISSQYHNFLAPKSIPMKHVGSPPKPTKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEEAALAYDKAAYKLRGDFARLNFPHPKHQFGDFK
PLHPSVDAKLQAICQSLKQGKTEQLCSVADEKLTTPPELELKTEVETSPSSSSSSSSPSRSEDYSTGSSPESSISFLDFSDYQWGEGEAFGLEKYPSVEIDWAALSQL