; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS011773 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS011773
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationscaffold11:576778..578114
RNA-Seq ExpressionMS011773
SyntenyMS011773
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.2e-17486.17Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.6e-17386.17Show/hide
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Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 285.4e-2234.3Show/hide
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Q6S9E0 mRNA decay activator protein ZFP365.2e-0931.01Show/hide
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 561.7e-4734.23Show/hide
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                  GQ +R + KWKGP KI+RIY DW+D+
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Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 121.3e-4734.42Show/hide
Query:  AANGDASGCWPQFPRNDLFDPQSQFEPQPPPFKRARNSEENQSDPMPYPPSNSRVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMR
        A   D +  W   P N   D         PP K+ R S  + S       SN           K +  +FFKT++C KF+AG C    NCNFAH VE++R
Subjt:  AANGDASGCWPQFPRNDLFDPQSQFEPQPPPFKRARNSEENQSDPMPYPPSNSRVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMR

Query:  QPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTT
        +PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  
Subjt:  QPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTT

Query:  GTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVN--------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SVGRDGEASN-----
        G     G  S         SSS    L     +        ++PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G+DG + N     
Subjt:  GTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVN--------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SVGRDGEASN-----

Query:  -----SALNIKPLVVAAEAPSSS--------AMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
               L+    +++   P ++        A+   SSAV +  G R   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  -----SALNIKPLVVAAEAPSSS--------AMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 394.3e-8049.14Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEPQ---PPPFKRARNSEENQSDP---MPYPPSNS-----RVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPP
        + L + QSQ +P     P  KR R  ++N  +P    P P S++      ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+AG CRNG  CNFAHG+ED+RQPP 
Subjt:  NDLFDPQSQFEPQ---PPPFKRARNSEENQSDP---MPYPPSNS-----RVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPP

Query:  NWQEIVG------------LREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMN
        NWQEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     +
Subjt:  NWQEIVG------------LREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMN

Query:  GSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR-DGEASN--SALNIKPLVVAAEA----PSSSA
         + S   E +R  S  V   +    V V+  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  SVGR +GEA N  +++N + +V A EA    P +  
Subjt:  GSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR-DGEASN--SALNIKPLVVAAEA----PSSSA

Query:  MSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKME
         +  S    EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  MSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKME

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein9.0e-4934.42Show/hide
Query:  AANGDASGCWPQFPRNDLFDPQSQFEPQPPPFKRARNSEENQSDPMPYPPSNSRVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMR
        A   D +  W   P N   D         PP K+ R S  + S       SN           K +  +FFKT++C KF+AG C    NCNFAH VE++R
Subjt:  AANGDASGCWPQFPRNDLFDPQSQFEPQPPPFKRARNSEENQSDPMPYPPSNSRVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMR

Query:  QPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTT
        +PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  
Subjt:  QPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTT

Query:  GTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVN--------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SVGRDGEASN-----
        G     G  S         SSS    L     +        ++PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G+DG + N     
Subjt:  GTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVN--------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQL-------SVGRDGEASN-----

Query:  -----SALNIKPLVVAAEAPSSS--------AMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
               L+    +++   P ++        A+   SSAV +  G R   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  -----SALNIKPLVVAAEAPSSS--------AMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0527.1Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           +R                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-0527.1Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           +R                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein3.8e-2334.3Show/hide
Query:  KMKLCRKFYNGEECPY-GDRCNFLHE---------DPAKFRD---DSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFW
        K KLC KF  G  CPY    C+F H           P  +++   ++ R RES A+S+G  G                    +V+ TL++ N       W
Subjt:  KMKLCRKFYNGEECPY-GDRCNFLHE---------DPAKFRD---DSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFW

Query:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR--DGE---ASNSALNIK-----PLVVAAEAPSSSAMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIY
        KT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL    G   +GE    +++ L+ K       V +  +P  S+    S+   +  G R   KWKGP KI+R+Y
Subjt:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR--DGE---ASNSALNIK-----PLVVAAEAPSSSAMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIY

Query:  ADWLDDL
         DW+DD+
Subjt:  ADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein3.1e-8149.14Show/hide
Query:  NDLFDPQSQFEPQ---PPPFKRARNSEENQSDP---MPYPPSNS-----RVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPP
        + L + QSQ +P     P  KR R  ++N  +P    P P S++      ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+AG CRNG  CNFAHG+ED+RQPP 
Subjt:  NDLFDPQSQFEPQ---PPPFKRARNSEENQSDP---MPYPPSNS-----RVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPP

Query:  NWQEIVG------------LREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMN
        NWQEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     +
Subjt:  NWQEIVG------------LREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMN

Query:  GSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR-DGEASN--SALNIKPLVVAAEA----PSSSA
         + S   E +R  S  V   +    V V+  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL  SVGR +GEA N  +++N + +V A EA    P +  
Subjt:  GSDSAYPEASRAASSSVSDTLRATNVNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGR-DGEASN--SALNIKPLVVAAEA----PSSSA

Query:  MSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKME
         +  S    EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  MSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKME


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATCTTCGAGCCTCTGTTATGCCGCTGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCGCCAATGGCGATGCCTCTGGTTGCTGGCCTCAGTTTCCCAGGAACGATCT
ATTTGACCCGCAATCACAGTTTGAGCCGCAGCCGCCACCGTTTAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAATCAATCTGACCCTATGCCTTATCCGCCCTCTAATTCCAGAG
TGCACCCACCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAGTAAGTAATATCTTCTTCAAGACACGGATGTGTGCGAAATTTAAGGCTGGTCTGTGTAGGAATGGCGCAAATTGCAAC
TTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGACAACCCCCACCAAATTGGCAAGAAATTGTGGGTTTACGCGAGGATGATCAATCGGTAAGCAACTGGAATGACGATCAGAAGAT
AATCCAGAAAATGAAGCTGTGCAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGGGATAGATGCAATTTTCTTCATGAAGATCCTGCTAAATTTAGAGACGATTCGG
GTCGATTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTGCTTATCCAGAAGCAAGCAGGGCAGCTTCTAGTTCTGTT
TCAGATACTCTTCGAGCTACTAATGTAAATGTAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCACCAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCCTTCGGTGAAAAATGCCA
TTTTGCCCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCTGTTGGACGTGATGGGGAAGCATCTAACTCTGCCCTCAATATAAAGCCTCTAGTTGTGGCTGCTGAAGCACCTTCAA
GTTCGGCCATGAGCGCGCCCTCCTCCGCCGTGCCGGAGGGCCAGGGAAAGCGGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGTATCTATGCTGACTGGCTT
GATGACTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCAAGCAAAATGGAGGGT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGTTTCAATGATCTTCGAGCCTCTGTTATGCCGCTGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCGCCAATGGCGATGCCTCTGGTTGCTGGCCTCAGTTTCCCAGGAACGATCT
ATTTGACCCGCAATCACAGTTTGAGCCGCAGCCGCCACCGTTTAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAATCAATCTGACCCTATGCCTTATCCGCCCTCTAATTCCAGAG
TGCACCCACCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAGTAAGTAATATCTTCTTCAAGACACGGATGTGTGCGAAATTTAAGGCTGGTCTGTGTAGGAATGGCGCAAATTGCAAC
TTTGCGCATGGTGTTGAAGACATGCGACAACCCCCACCAAATTGGCAAGAAATTGTGGGTTTACGCGAGGATGATCAATCGGTAAGCAACTGGAATGACGATCAGAAGAT
AATCCAGAAAATGAAGCTGTGCAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGGGATAGATGCAATTTTCTTCATGAAGATCCTGCTAAATTTAGAGACGATTCGG
GTCGATTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTGCTTATCCAGAAGCAAGCAGGGCAGCTTCTAGTTCTGTT
TCAGATACTCTTCGAGCTACTAATGTAAATGTAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCACCAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCCTTCGGTGAAAAATGCCA
TTTTGCCCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCTGTTGGACGTGATGGGGAAGCATCTAACTCTGCCCTCAATATAAAGCCTCTAGTTGTGGCTGCTGAAGCACCTTCAA
GTTCGGCCATGAGCGCGCCCTCCTCCGCCGTGCCGGAGGGCCAGGGAAAGCGGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGTATCTATGCTGACTGGCTT
GATGACTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCAAGCAAAATGGAGGGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDLRASVMPLPLHSYGAANGDASGCWPQFPRNDLFDPQSQFEPQPPPFKRARNSEENQSDPMPYPPSNSRVHPPNAPVNKGVSNIFFKTRMCAKFKAGLCRNGANCN
FAHGVEDMRQPPPNWQEIVGLREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSAYPEASRAASSSV
SDTLRATNVNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLSVGRDGEASNSALNIKPLVVAAEAPSSSAMSAPSSAVPEGQGKRCLLKWKGPKKINRIYADWL
DDLPLSPSSASKMEG