CuGenDBv2

Gene ID	MS012061
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	Protein Ycf2
Genome location	scaffold54:307539..307773
RNA-Seq Expression	MS012061
Synteny	MS012061
Gene Ontology terms	GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0016020 - membrane (cellular component) GO:0000166 - nucleotide binding (molecular function)
InterPro domains	IPR008543 - Uncharacterised protein family Ycf2

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

QOE56525.1 hypothetical protein RF2 [Zelkova serrata]

3.3e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

QWC54731.1 hypothetical chloroplast RF21 [Zelkova sinica]

3.3e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

QWK49731.1 hypothetical protein RF2 [Ulmus lanceifolia]

3.3e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

YP_009557903.1 Ycf2 [Zelkova serrata]

3.3e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

YP_009733129.1 Ycf2 protein [Ulmus elongata]

3.3e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1L5YDF8 Protein Ycf2

1.6e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

A0A1L5YDN9 Protein Ycf2

1.6e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

A0A1L5YE34 Protein Ycf2

1.6e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

A0A1L5YEA1 Protein Ycf2

1.6e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

A0A2S1FWN5 Protein Ycf2

1.6e-19

71.62

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I    +G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A4GGE1 Protein Ycf2

3.7e-21

68.92

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPN LGFPYWARSFRDKR I +            F    + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

A9L9D9 Protein Ycf2

1.3e-21

71.23

Show/hide

Query:  LFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        LFDCIER NELGFPYWARSFRDKR I F        K   F    + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  LFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

B1A978 Protein Ycf2

8.3e-21

67.57

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I +            F    + GT+QYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

P08973 Protein Ycf2

6.3e-21

68.92

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPYWARSFR KR I +            F    + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

Q09WV7 Protein Ycf2

2.8e-21

70.27

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIE PNELGFPYWARSFR KR I     G   ++    E L + GTMQYQTRDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00860.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

9.4e-20

66.22

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPY A SFR KR I       + ++    E L + GTMQYQ RDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

ATCG01280.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core

9.4e-20

66.22

Show/hide

Query:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD
        FLFDCIERPNELGFPY A SFR KR I       + ++    E L + GTMQYQ RDRS KEQGFFRISQFIWD
Subjt:  FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

TTTCTATTTGATTGTATCGAAAGGCCCAATGAATTAGGATTTCCCTATTGGGCTAGGTCATTTCGGGACAAGCGGTTCATCAATTTCGGGACAAGCGGATCATTTATGAT
GAAGAGGATGAGCTTTGAAGTTCTTGCAGAGTGTGGAACCATGCAGTACCAGACACGAGATAGATCTTGCAAAGAACAAGGCTTTTTTCGAATAAGCCAATTCATTTGGG
AT

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

FLFDCIERPNELGFPYWARSFRDKRFINFGTSGSFMMKRMSFEVLAECGTMQYQTRDRSCKEQGFFRISQFIWD

MS012061 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome