CuGenDBv2

Gene ID	MS012294
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
Genome location	scaffold797:1277959..1278242
RNA-Seq Expression	MS012294
Synteny	MS012294
Gene Ontology terms	GO:0006351 - transcription, DNA-templated (biological process) GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000722 - RNA polymerase, alpha subunit

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

QWC53570.1 RNA polymerase beta' subunit [Choerospondias axillaris]

2.4e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

YP_009484198.1 RpoC1 [Ailanthus altissimus]

2.4e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

YP_009538551.1 RNA polymerase beta [Xylocarpus granatum]

2.4e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

YP_009673374.1 RNA polymerase beta' subunit [Khaya madagascariensis]

2.4e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

YP_009676321.1 RNA polymerase beta [Sclerocarya birrea]

2.4e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A120I2B4 DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

1.1e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

A0A2Z4WT08 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

1.1e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

A0A3G1PL94 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

1.1e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

A0A410PA60 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

1.1e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

A0A7T3U2H8 RNA polymerase beta' subunit

1.1e-38

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A1XGM9 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

5.9e-40

87.1

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+P RDGHNK+YKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELFHTF+I GLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Q09MI7 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

1.2e-40

87.1

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNK+YKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLH+CGLPREI IELF TF+ICGLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Q4VZP2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

3.4e-40

89.25

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TFLI GLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Q589B9 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

5.9e-40

88.17

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+I GLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Q8HVY4 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

4.5e-40

88.17

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSD+IEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TFLI GLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT4G35800.1 RNA polymerase II large subunit

2.0e-06

33.33

Show/hide

Query:  KLVEETVDTLLDNGIRGKP-MRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRFE-TLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIEL
        +L++  + T  DN + G+P       +  KS    ++ KEGR    L+GKRVD+S R+VI   P +++   G+P  I + L
Subjt:  KLVEETVDTLLDNGIRGKP-MRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRFE-TLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIEL

ATCG00180.1 DNA-directed RNA polymerase family protein

5.4e-41

88.17

Show/hide

Query:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR
        +EKLV+E VDTLLDNGIRG+PMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF ETLLGKRVDYS RSVIVVGP+LSLHRCGLPREI IELF TF+I GLIR
Subjt:  REKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRF-ETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

GTTCGAGAGAAATTGGTCGAAGAAACTGTGGATACACTTCTTGATAATGGAATCCGCGGAAAACCAATGAGGGATGGCCATAATAAGGTTTACAAGTCGTTTTCCGATGT
AATTGAAGGAAAAGAGGGAAGATTTGAGACTCTGCTTGGCAAACGGGTCGATTATTCAAGACGTTCTGTGATTGTTGTAGGGCCCGCACTTTCATTACATCGATGTGGAT
TGCCTCGCGAAATCGAAATAGAGCTTTTCCATACATTTTTAATTTGTGGTCTAATTCGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

VREKLVEETVDTLLDNGIRGKPMRDGHNKVYKSFSDVIEGKEGRFETLLGKRVDYSRRSVIVVGPALSLHRCGLPREIEIELFHTFLICGLIR

MS012294 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome