CuGenDBv2

Gene ID	MS012464
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	protein SAMBA isoform X2
Genome location	scaffold63:899942..901280
RNA-Seq Expression	MS012464
Synteny	MS012464
Gene Ontology terms	GO:0046621 - negative regulation of organ growth (biological process) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0010997 - anaphase-promoting complex binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037547 - Protein SAMBA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0038559.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold92G00870 [Cucumis melo var. makuwa]

3.1e-37

85.29

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLFNF-TCSLCIL
        MN+ SPANSS STTAVAGRCSTNAA+S+DDFRFP+NLIS+PERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF + T +  IL
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLFNF-TCSLCIL

Query:  IL
        IL
Subjt:  IL

XP_022131247.1 protein SAMBA isoform X1 [Momordica charantia]

2.4e-37

98.85

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDD+WMFEGPRSRINLMSRQG
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

XP_022131248.1 protein SAMBA isoform X2 [Momordica charantia]

1.4e-37

96.67

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDD+WMFEGPRSRINLMSRQG  F
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF

XP_022149249.1 protein SAMBA-like isoform X1 [Momordica charantia]

5.2e-37

96.63

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQL
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDE MSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRS INLMSRQG L
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQL

XP_022149251.1 protein SAMBA-like isoform X2 [Momordica charantia]

6.9e-37

95.56

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDE MSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRS INLMSRQG  F
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7TB46 Uncharacterized protein

1.5e-37

85.29

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLFNF-TCSLCIL
        MN+ SPANSS STTAVAGRCSTNAA+S+DDFRFP+NLIS+PERKDEAM+ALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF + T +  IL
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLFNF-TCSLCIL

Query:  IL
        IL
Subjt:  IL

A0A6J1BQF8 protein SAMBA isoform X1

1.1e-37

98.85

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDD+WMFEGPRSRINLMSRQG
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

A0A6J1BST3 protein SAMBA isoform X2

6.7e-38

96.67

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDD+WMFEGPRSRINLMSRQG  F
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF

A0A6J1D582 protein SAMBA-like isoform X1

2.5e-37

96.63

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQL
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDE MSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRS INLMSRQG L
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQL

A0A6J1D7T9 protein SAMBA-like isoform X2

3.3e-37

95.56

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF
        MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDE MSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRS INLMSRQG  F
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLF

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9C613 Protein SAMBA

1.9e-21

61.36

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVA-GRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MN +SPA+S +STTAVA G  S+ AA  +DDF FP ++ S+ ERKDEAM  LK+++M  L+KEVKSL++D+WMFEGPRSRI+L+SR+G
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVA-GRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G32310.1 unknown protein

1.3e-22

61.36

Show/hide

Query:  MNSSSPANSSISTTAVA-GRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG
        MN +SPA+S +STTAVA G  S+ AA  +DDF FP ++ S+ ERKDEAM  LK+++M  L+KEVKSL++D+WMFEGPRSRI+L+SR+G
Subjt:  MNSSSPANSSISTTAVA-GRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQG

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAATAGCTCCTCACCAGCTAATTCTTCCATTTCTACCACAGCGGTTGCCGGAAGATGTAGCACCAATGCAGCAATGTCAGTTGATGATTTTCGCTTCCCCGCCAATTT
AATTTCGATACCAGAGCGCAAGGACGAGGCCATGAGCGCTCTTAAATCTAATATAATGGCTGCGCTGAACAAGGAGGTCAAATCTCTGGATGACGATAACTGGATGTTTG
AAGGTCCTCGCTCCCGTATCAACCTTATGTCACGACAAGGTCAACTATTTAACTTTACTTGCTCACTCTGCATTCTCATTCTAAACATGTATGCATCAGTTAATGCA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MNSSSPANSSISTTAVAGRCSTNAAMSVDDFRFPANLISIPERKDEAMSALKSNIMAALNKEVKSLDDDNWMFEGPRSRINLMSRQGQLFNFTCSLCILILNMYASVNA

MS012464 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome