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MS013488 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS013488
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationscaffold402:1919573..1920771
RNA-Seq ExpressionMS013488
SyntenyMS013488
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.5e-14797.74Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.0e-14898.86Show/hide
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A0A6M3WGX2 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.9e-14796.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic2.0e-14190.57Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)4.0e-14294.12Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic8.6e-14595.45Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic2.8e-14391.32Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.4e-14291.76Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 38.8e-13788.01Show/hide
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Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 28.8e-13788.01Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.3e-13788.39Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B29.8e-13688.01Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.0e-13787.97Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+ G GR++MRK+   +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWATQV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCCTCACTCGCCGGAAAGGCAGTGAAGCTCACACCCTCCTCCCCCGAGCTTCTCGGCAATGGGAGAGTTAGCATGAGGAA
ATCTGTCTCCAAGTCCGTTTCTTCCGGAAGTCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCCTCCTACCTGACTGGAGAGTTTC
CCGGCGACTATGGCTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCAGACCCCGAGACCTTTGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATCCACTCAAGGTGGGCCATGCTTGGGGCGTTG
GGCTGCGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCCCGAAACGGCGTGAAGTTTGGAGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCGGGATCTCAGATCTTCAGTGAGGGCGGGCTCGACTACTTGGG
AAACCCGAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTCTAGCCATTTGGGCGACACAGGTGGTTCTCATGGGGGCTGTCGAGGGATACCGTATTGCCGGTGGCCCACTCGGCGAGG
TTACTGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGCTTTGACCCATTGGGGCTTGCAGATGACCCGGAAGCTTTTGCAGAGCTAAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGGAGATTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACTGGAAAGGGTCCGTTGGAGAATCTTGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
TGCCACCAACTTTGTTCCTGGGAAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCCTCACTCGCCGGAAAGGCAGTGAAGCTCACACCCTCCTCCCCCGAGCTTCTCGGCAATGGGAGAGTTAGCATGAGGAA
ATCTGTCTCCAAGTCCGTTTCTTCCGGAAGTCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGCGAGCCTCCCTCCTACCTGACTGGAGAGTTTC
CCGGCGACTATGGCTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCAGACCCCGAGACCTTTGCCAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATCCACTCAAGGTGGGCCATGCTTGGGGCGTTG
GGCTGCGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCCCGAAACGGCGTGAAGTTTGGAGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCGGGATCTCAGATCTTCAGTGAGGGCGGGCTCGACTACTTGGG
AAACCCGAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTCTAGCCATTTGGGCGACACAGGTGGTTCTCATGGGGGCTGTCGAGGGATACCGTATTGCCGGTGGCCCACTCGGCGAGG
TTACTGACCCGATTTACCCGGGTGGGAGCTTTGACCCATTGGGGCTTGCAGATGACCCGGAAGCTTTTGCAGAGCTAAAGGTGAAGGAGTTGAAGAATGGGAGATTGGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAGGCCATTGTCACTGGAAAGGGTCCGTTGGAGAATCTTGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
TGCCACCAACTTTGTTCCTGGGAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWATQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK