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MS013490 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS013490
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationscaffold402:1923123..1924525
RNA-Seq ExpressionMS013490
SyntenyMS013490
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.9e-14798.48Show/hide
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A0A6M3WGX2 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.8e-14695.85Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic9.8e-14190.19Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.0e-14193.73Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic7.3e-14494.7Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.4e-14290.94Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic6.8e-14291.39Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.3e-13587.27Show/hide
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.3e-13587.27Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+  GKAV L P++ E+LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 13.4e-13687.64Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+  GKAVKL P++ E+LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B26.3e-13587.27Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MA+STMALSSP+  GKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+V+K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B15.2e-13787.59Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKL P++ E+ G GR++MRK+   +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCCTCACTCGTCGGAAAGGCGGTGAAGCTCATGCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGCAATGGGAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGTCTCCAAGTCTGTTTCTTCTGGAAGCCCGTGGTACGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGCCCGTTCTCCGGTGAGCCTCCGTCCTACCTAACCGGAGAGTTTC
CCGGAGACTATGGTTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCAGATCCTGAGACCTTTGCAAAGAACCGCGAACTCGAAGTCATCCACTCCAGGTGGGCTATGCTTGGAGCCTTG
GGTTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTATCCCGCAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAGCAGTATGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGTGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
CAACCCTAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTTTAGCCATTTGGGCTTCCCAAGTAGTTCTAATGGGAGCCGTCGAGGGATATCGTATTGCCGGCGGTCCACTCGGCGAGG
TGACCGATCCGATCTATCCGGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGATGACCCGGAAGCATTTGCAGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTTAAGAATGGAAGATTAGCG
ATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTCGTTCAAGCCATCGTCACTGGAAAGGGTCCATTGGAGAACCTTGCTGACCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
TGCCACGAACTTTGTTCCTGGAAAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTCTCTCCTCCCCCTCACTCGTCGGAAAGGCGGTGAAGCTCATGCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGCAATGGGAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGTCTCCAAGTCTGTTTCTTCTGGAAGCCCGTGGTACGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGCCCGTTCTCCGGTGAGCCTCCGTCCTACCTAACCGGAGAGTTTC
CCGGAGACTATGGTTGGGACACTGCCGGACTTTCTGCAGATCCTGAGACCTTTGCAAAGAACCGCGAACTCGAAGTCATCCACTCCAGGTGGGCTATGCTTGGAGCCTTG
GGTTGCGTGTTCCCGGAGCTTCTATCCCGCAACGGCGTGAAGTTCGGGGAAGCAGTATGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGTGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
CAACCCTAGCTTGATCCACGCACAGAGCATTTTAGCCATTTGGGCTTCCCAAGTAGTTCTAATGGGAGCCGTCGAGGGATATCGTATTGCCGGCGGTCCACTCGGCGAGG
TGACCGATCCGATCTATCCGGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGACTTGCGGATGACCCGGAAGCATTTGCAGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTTAAGAATGGAAGATTAGCG
ATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTCGTTCAAGCCATCGTCACTGGAAAGGGTCCATTGGAGAACCTTGCTGACCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
TGCCACGAACTTTGTTCCTGGAAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLVGKAVKLMPSSPELLGNGRVSMRKSVSKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK