; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS013673 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS013673
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationscaffold263:77359..77856
RNA-Seq ExpressionMS013673
SyntenyMS013673
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR006626 - Parallel beta-helix repeat
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7014351.1 Exopolygalacturonase-like 4, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.2e-5277.37Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NM I APGNSPNTDGMHL+TSKLVTIS S IGT DDCVSIGHSCEK+TVTNVTCG GHG+++GSL K K EKSV+ VLV+NCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA+T+S SA  IIF++ +MR VKNPIIIDQTYGT+KK
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

XP_022153668.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]1.9e-6089.78Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT INMKI APGNSPNTDGMHL+TSKLVTISDSVIGT DDC+SIGHSCEKVTVTNVTCG GHGL+VGSL K PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA TVS SATEIIFED IMRNVKNPIIIDQTYGT++K
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

XP_022153686.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]6.1e-5988.32Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT +NMKITAPGNSPNTDGMHL+TSKLVTISDSVIGT D CVSIGHSCEKVTVTNVTCG G+GL+VGSLDK PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA TVS  AT+IIFED IMRNVKNPIIIDQTYGT++K
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

XP_022953910.1 exopolygalacturonase-like [Cucurbita moschata]9.4e-5276.64Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NM I APGNSPNTDGMHL+TSKLVTIS S IGT DDCVSIGHSCEK+TVTNVTCG GHG+++GSL + K EKSV+ VLV+NCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA+T+S SA  IIF++ +MR VKNPIIIDQTYGT+KK
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

XP_023549400.1 exopolygalacturonase-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.7e-5175.91Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NM I APGNSPNTDGMHL+TSKLVTIS S IGT DDCVSIGHSCEK+TVTN+TCG GHG+++GSL + K EKSV  VLV+NCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA+T+S SA  IIF++ +MR VKNPIIIDQTYGT+KK
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7U4W1 Exopolygalacturonase-like3.3e-5077.37Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NMKI AP NSPNTDGMHL+TSKLVTI++SVIGT DDCVSIGHS E + VTNVTCG GHGL+VGSL K  KEKSV  VLVKNCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA  +S  A+ IIFED +M NVKNPIIIDQTYGT+KK
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

A0A6J1DI36 exopolygalacturonase-like9.2e-6189.78Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT INMKI APGNSPNTDGMHL+TSKLVTISDSVIGT DDC+SIGHSCEKVTVTNVTCG GHGL+VGSL K PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA TVS SATEIIFED IMRNVKNPIIIDQTYGT++K
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

A0A6J1DLF6 exopolygalacturonase-like2.9e-5988.32Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT +NMKITAPGNSPNTDGMHL+TSKLVTISDSVIGT D CVSIGHSCEKVTVTNVTCG G+GL+VGSLDK PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA TVS  AT+IIFED IMRNVKNPIIIDQTYGT++K
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

A0A6J1GQZ3 exopolygalacturonase-like4.6e-5276.64Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NM I APGNSPNTDGMHL+TSKLVTIS S IGT DDCVSIGHSCEK+TVTNVTCG GHG+++GSL + K EKSV+ VLV+NCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA+T+S SA  IIF++ +MR VKNPIIIDQTYGT+KK
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

A0A6J1JX85 exopolygalacturonase-like3.0e-5175.18Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        NFT  NM I APGNSPNTDGMHL+TSKLVTIS S IGT DDCVSIGHSCEK+TVTNVTCG GHG+++GSL + K EKSV+ VLV+NCTIFN TNGARIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK
        WA T+S SA  I+F++ +MR VKNPIIIDQTYGT++K
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P49062 Exopolygalacturonase clone GBGE1841.2e-3355.22Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N    N+K+TAP  SPNTDG+HL+ +  V+I DS I T DDCVS+G     VTV  V CG GHGL+VGSL K K E+ V G+ V NCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGT
        W  +    A +I FE+ IM++VKNPIIIDQ YG+
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGT

Q02096 Polygalacturonase8.1e-3051.91Show/hide
Query:  NMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSL-DKPKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAETV
        N+ +TAP +SPNTDG+H+T ++ + + +SVIGT DDC+SI    + V  TN+TCG GHG+++GSL D+  E  V GVLV    +F+TTNG RIKTW +  
Subjt:  NMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSL-DKPKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAETV

Query:  SKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEK
        S SA  I F++ +M NV NPIIIDQ Y   K
Subjt:  SKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEK

Q05967 Polygalacturonase7.0e-3452.27Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSL-DKPKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N T I   ++AP NSPNTDG+H++ S  V I+DS   T DDC+S+G   E++ +T VTCG GHG++VGSL   P EK VVGV V+NCT  NT NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSL-DKPKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W  +      ++ FED I++NV NP++IDQ Y
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

Q40312 Polygalacturonase7.3e-3154.14Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N T     ITAPG+SPNTDG+H+  S  V I ++ IGT DDCVSIG   +++TV  V CG GHGL+VGSL K   E++V G+ VKNCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSK-SATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W +     + ++I FED  M NVKNP+IIDQ Y
Subjt:  WAETVSK-SATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

Q6H9K0 Exopolygalacturonase (Fragment)2.1e-3048.48Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        + T  ++ +TAPG S NTDG+H+  SK VTI+++ I T DDC+SIG   + VT+T V CG GHG+++GSL +   EK V G+ VK CT   T NG R+KT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W  +   +AT++ F+D  M NV+NP+I+DQ Y
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02790.1 polygalacturonase 48.5e-3555.22Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N    N+K+TAP  SPNTDG+HL+ +  V+I DS I T DDCVS+G     VTV  V CG GHGL+VGSL K K E+ V G+ V NCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPK-EKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGT
        W  +    A +I FE+ IM++VKNPIIIDQ YG+
Subjt:  WAETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGT

AT3G07820.1 Pectin lyase-like superfamily protein8.3e-3051.13Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N T  N+KI AP +SPNTDG+HL  S  V I +S I T DDC+S+G   + + V  VTCG GHG++VGSL +   E+ V G+ V NCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W +   S +A++I FED I+++V NPI+IDQ Y
Subjt:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

AT3G07830.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.1e-2952.63Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N T  N+KI AP  SPNTDG+HL  S  V+I +S I T DDCVS+G     + V NV CG GHG++VGSL +   E+ V G+ V NCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W +   S +A+ I FE+ I+RNV NPI+IDQ Y
Subjt:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

AT3G07840.1 Pectin lyase-like superfamily protein4.1e-2949.62Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        N T  N+K+ AP  SPNTDG+HL  S+ V I +S I T DDC+S+G   + + V NV CG GHG++VGSL +   E+ V G+ V NCT+  T NG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        W +   + +A+ I FE+ I+ NV NPI+IDQ Y
Subjt:  W-AETVSKSATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY

AT4G18180.1 Pectin lyase-like superfamily protein8.0e-3354.14Show/hide
Query:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT
        +F    + ITAP +SPNTDG+H+  S  V  S S I T DDCVSIG    ++T+T++ CG GHG++VGSL + P EK V G++VK+C I  TTNG RIKT
Subjt:  NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDK-PKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKT

Query:  WAETVSKS-ATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY
        WA +   S AT + FE+ IM NV NPIIIDQ+Y
Subjt:  WAETVSKS-ATEIIFEDNIMRNVKNPIIIDQTY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
AACTTCACGACGATCAACATGAAGATAACAGCCCCTGGAAATAGCCCCAACACTGACGGTATGCACCTCACCACCTCGAAATTGGTCACCATTTCTGATAGCGTCATCGG
CACTAGTGACGACTGCGTCTCCATCGGCCACAGTTGTGAAAAAGTCACCGTCACCAACGTCACCTGCGGCCTTGGACATGGCCTCAATGTGGGCAGCCTGGACAAGCCAA
AGGAGAAAAGTGTGGTTGGTGTTCTAGTGAAGAACTGCACCATTTTCAATACCACCAACGGCGCTAGAATCAAGACATGGGCAGAGACGGTGTCAAAATCAGCAACGGAA
ATTATCTTCGAAGACAACATAATGAGAAACGTCAAGAACCCCATAATCATCGACCAAACCTACGGGACAGAAAAAAAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AACTTCACGACGATCAACATGAAGATAACAGCCCCTGGAAATAGCCCCAACACTGACGGTATGCACCTCACCACCTCGAAATTGGTCACCATTTCTGATAGCGTCATCGG
CACTAGTGACGACTGCGTCTCCATCGGCCACAGTTGTGAAAAAGTCACCGTCACCAACGTCACCTGCGGCCTTGGACATGGCCTCAATGTGGGCAGCCTGGACAAGCCAA
AGGAGAAAAGTGTGGTTGGTGTTCTAGTGAAGAACTGCACCATTTTCAATACCACCAACGGCGCTAGAATCAAGACATGGGCAGAGACGGTGTCAAAATCAGCAACGGAA
ATTATCTTCGAAGACAACATAATGAGAAACGTCAAGAACCCCATAATCATCGACCAAACCTACGGGACAGAAAAAAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
NFTTINMKITAPGNSPNTDGMHLTTSKLVTISDSVIGTSDDCVSIGHSCEKVTVTNVTCGLGHGLNVGSLDKPKEKSVVGVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAETVSKSATE
IIFEDNIMRNVKNPIIIDQTYGTEKK