; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS013917 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS013917
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionRibosomal protein S13
Genome locationscaffold607:864159..864479
RNA-Seq ExpressionMS013917
SyntenyMS013917
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005739 - mitochondrion (cellular component)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR001892 - Ribosomal protein S13
IPR010979 - Ribosomal protein S13-like, H2TH
IPR018269 - Ribosomal protein S13, conserved site
IPR027437 - 30s ribosomal protein S13, C-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
AEN56112.1 ribosomal protein S13 [Cucumis melo subsp. melo]1.4e-4795.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

AHF22603.1 ribosomal protein S13, partial [Fragaria iinumae]5.5e-4794.17Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

AKE34084.1 ribosomal protein S13, partial [Fragaria virginiana]5.5e-4794.17Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

XP_038887163.1 ribosomal protein S13, mitochondrial [Benincasa hispida]1.1e-4796.12Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSV DKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

YP_009913633.1 ribosomal protein S13 [Luffa acutangula]2.9e-4897.09Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0B4L0S0 Ribosomal protein S13 (Fragment)2.7e-4794.17Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

A0A0B4L233 Ribosomal protein S13 (Fragment)2.7e-4794.17Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

A0A3S9JII2 Ribosomal protein S137.0e-4895.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

A0A7D6C5F5 Ribosomal protein S131.4e-4897.09Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

G3EU28 Ribosomal protein S137.0e-4895.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P05488 Ribosomal protein S13, mitochondrial5.2e-4891.26Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR V D+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

P07924 Ribosomal protein S13, mitochondrial1.6e-4485.44Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARS+ D+QVRIASTK+DGIGPKKAIQ+RYRLGISGNIK+ ELTKYQIDQIEQMI QDH+VHWELKRGERADIER ISIS YRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

P08977 Ribosomal protein S13, mitochondrial9.1e-4586.41Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARS+ D+QVRIASTK+DGIGPKKAIQ+RYRLGISGNIKI ELTKYQIDQIEQMI QDH+VHWELKRGERADIER ISIS YRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

P15758 Ribosomal protein S13, mitochondrial3.5e-4487.74Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR VAD+QVRIASTK+DGIGPKKAIQVR RLG  GNIK KELTKYQIDQIEQM GQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQR 
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSHYNS
         SH N+
Subjt:  XSHYNS

P23209 Ribosomal protein S13, mitochondrial5.7e-4790.29Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR VADKQVRIA TK+ GIGPKKAIQV YRLGISGNIKIKELTKYQIDQ+EQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22780.1 Ribosomal protein S13/S18 family4.7e-0429.2Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRT
        RH  GL +RGQ T
Subjt:  RHQDGLPLRGQRT

AT1G34030.1 Ribosomal protein S13/S18 family4.7e-0429.2Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRT
        RH  GL +RGQ T
Subjt:  RHQDGLPLRGQRT

AT1G77750.1 Ribosomal protein S13/S18 family5.2e-1133.98Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        +  A    +K ++    ++ GIG +K+ QV   LGI+  +  ++LT  ++  + + +GQ H    EL+R   ++I+R + + CYRG RH+ GLP RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSH
         ++
Subjt:  XSH

AT4G09800.1 S18 ribosomal protein4.7e-0429.2Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRT
        RH  GL +RGQ T
Subjt:  RHQDGLPLRGQRT

AT5G14320.1 Ribosomal protein S13/S18 family1.1e-0829.91Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        + G    A+K++  +   I GIG  +A Q+   L +   I  K++ + ++  +   + + +++  +L+R     I+R   I CYRG+RH  GLP RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  XSHYNSL
         ++  +L
Subjt:  XSHYNSL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATTTCAGGAGCTAGATCAGTTGCCGATAAACAAGTAAGAATTGCCTCAACAAAAATTGATGGAATTGGACCTAAAAAAGCCATTCAGGTTCGTTATCGATTAGGTATCAG
TGGGAACATAAAGATCAAAGAGTTAACTAAGTATCAGATCGACCAAATTGAACAAATGATAGGTCAAGATCATATTGTTCATTGGGAATTGAAGAGGGGAGAACGAGCAG
ACATCGAACGATTCATTTCGATTTCTTGTTATCGTGGAATTCGTCATCAAGATGGATTGCCCTTACGCGGTCAACGAACTCNCTCTCATTATAACTCTCTT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTCAGGAGCTAGATCAGTTGCCGATAAACAAGTAAGAATTGCCTCAACAAAAATTGATGGAATTGGACCTAAAAAAGCCATTCAGGTTCGTTATCGATTAGGTATCAG
TGGGAACATAAAGATCAAAGAGTTAACTAAGTATCAGATCGACCAAATTGAACAAATGATAGGTCAAGATCATATTGTTCATTGGGAATTGAAGAGGGGAGAACGAGCAG
ACATCGAACGATTCATTTCGATTTCTTGTTATCGTGGAATTCGTCATCAAGATGGATTGCCCTTACGCGGTCAACGAACTCNCTCTCATTATAACTCTCTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRTXSHYNSL