CuGenDBv2

Gene ID	MS014094
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	protodermal factor 1-like
Genome location	scaffold5:534822..535711
RNA-Seq Expression	MS014094
Synteny	MS014094
Gene Ontology terms	GO:0016020 - membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR039923 - Protodermal factor 1

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6604731.1 Protodermal factor 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

1.2e-94

76.89

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        GTASYLNSLA+N FPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAADQA +FKLANEGK+K
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XP_004143175.1 protodermal factor 1 [Cucumis sativus]

4.1e-95

78.78

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        MRSKQ SAL+FTLLAGLLS SL+IPV S++IADQKSYYS PDPH+G+PP+G+H++PMPP HG GGT PH  TPTPSTP NPPSGGGGYYNPPSS GGSPP
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        +TPVDPGTPS PSTP           P  PF  TC YWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GA+LREGTASYLNSL
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        A+N FP+TTKQVR+SFVSALSSNKAA +QA  FKLANEGK+KPRA
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XP_022149747.1 protodermal factor 1-like [Momordica charantia]

2.2e-125

100

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        TPVDPGTPSIPSTPPPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQV
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        RSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLKPRA
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]

2.4e-95

77.29

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        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPV S+TIADQKSYYS PDPHAGTPPTG+H+NP+PP HGYGGTPPH  TPTPSTP   PSGG GYYNPPS  GGS P
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        TTPVDPGTPS PSTP                    P  PF  TCN+WLNHPGMIWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGA+LRE
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        GTASYLNSLA+N FPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAADQA +FKLANEGK+K
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]

3.1e-103

82.52

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        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPVFS++IADQKSYYSP  DPH+GTPPTG+H++P+PP HGYGG+PPH  TPTPSTP  PPS GGGYYNPPSSGGGSP
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        PTTPVDPGTPS PSTP           P  PF  TCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGA+LREGTASYLNS
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        LA+N FPFTTKQVR+SFVSALSSNKAAADQA  FKLANEGK+KPRA
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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KF76 Uncharacterized protein

2.0e-95

78.78

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        MRSKQ SAL+FTLLAGLLS SL+IPV S++IADQKSYYS PDPH+G+PP+G+H++PMPP HG GGT PH  TPTPSTP NPPSGGGGYYNPPSS GGSPP
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        +TPVDPGTPS PSTP           P  PF  TC YWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GA+LREGTASYLNSL
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        A+N FP+TTKQVR+SFVSALSSNKAA +QA  FKLANEGK+KPRA
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like

4.1e-93

78.37

Show/hide

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        MRSKQASALLFTLLAGLLS SL+IPV S++I DQKSYYS PDPH+G+PP+G+H +P+PP HG GGT PH  TPTPST    PSGGGGYYNPPSS GGSPP
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Query:  TTPVDPGTPSIPSTP-----------PPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSL
        +TPVDPGTPS PSTP           P  PF  TCNYWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GA+LREGTASYLNSL
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        A+N FP+TTKQVR+SFVSALSSNKAA DQA  FKLANEGK+KPRA
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A0A6J1D8U7 protodermal factor 1-like

1.1e-125

100

Show/hide

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Query:  TPVDPGTPSIPSTPPPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQV
        TPVDPGTPSIPSTPPPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQV
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        RSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLKPRA
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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like

1.2e-95

77.29

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        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPV S+TIADQKSYYS PDPHAGTPPTG+H+NP+PP HGYGGTPPH  TPTPSTP   PSGG GYYNPPS  GGS P
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Query:  TTPVDPGTPSIPSTP--------------------PPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILRE
        TTPVDPGTPS PSTP                    P  PF  TCN+WLNHPGMIWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGA+LRE
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        GTASYLNSLA+N FPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAADQA +FKLANEGK+K
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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like

7.5e-95

76.38

Show/hide

Query:  MRSKQASALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYS-PDPHAGTPPTGTHNNPMPPPHGYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPP
        MR+KQAS LLFTLLAGLLS SL+IPV S+TIADQKSYYS PDPHAGTPPTG+H+NP+PP HGYGGTPPH  TPTPSTP   PSG  GYYNPPSS GGS P
Subjt:  MRSKQASALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYS-PDPHAGTPPTGTHNNPMPPPHGYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPP

Query:  TTPVDPGTPSIPSTP-----------------------PPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAI
        TTPVDPGTPS PSTP                       P  PF  TCN+WLNHPGMIWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGA+
Subjt:  TTPVDPGTPSIPSTP-----------------------PPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAI

Query:  LREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK
        LREGTASYLNSLA+N FPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAADQA +FKLANEGK+K
Subjt:  LREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9S728 Protodermal factor 1

3.3e-47

44.04

Show/hide

Query:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYSPDPHA--GTPPT-----------------GTHNNPMPPPH---------------------------
        S  ++ L A LLS  L   V S    D K+YY   P    GTPP+                  T ++P PP H                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYSPDPHA--GTPPT-----------------GTHNNPMPPPH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPSIPSTPPP-APFTGTCNYWLNHPGMIW
               +  TP H  TP+  TP +PPS  GGYY+           PPS          GGSPPT  +DPGTP  P  P P  P TGTC+YW NHP +IW
Subjt:  ------GYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPSIPSTPPP-APFTGTCNYWLNHPGMIW

Query:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK
        G+LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GA+ REGTAS+LNS+ N+ FPFTT QVR  FV+ LSSNKAA  QA  FKLANEG+LK
Subjt:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK

Query:  PR
        PR
Subjt:  PR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G42840.1 protodermal factor 1

2.3e-48

44.04

Show/hide

Query:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYSPDPHA--GTPPT-----------------GTHNNPMPPPH---------------------------
        S  ++ L A LLS  L   V S    D K+YY   P    GTPP+                  T ++P PP H                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYSPDPHA--GTPPT-----------------GTHNNPMPPPH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPSIPSTPPP-APFTGTCNYWLNHPGMIW
               +  TP H  TP+  TP +PPS  GGYY+           PPS          GGSPPT  +DPGTP  P  P P  P TGTC+YW NHP +IW
Subjt:  ------GYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPSIPSTPPP-APFTGTCNYWLNHPGMIW

Query:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK
        G+LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GA+ REGTAS+LNS+ N+ FPFTT QVR  FV+ LSSNKAA  QA  FKLANEG+LK
Subjt:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKVFKLANEGKLK

Query:  PR
        PR
Subjt:  PR

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAGAAGCAAACAAGCCTCTGCTCTCCTGTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTCTCTCACAGCCTGGTCATCCCTGTATTCTCCTCCACCATTGCAGACCAGAAAAGCTA
TTACTCTCCAGACCCACATGCCGGAACTCCCCCAACAGGTACCCACAACAACCCTATGCCACCGCCACATGGCTATGGAGGCACGCCACCGCATCAGCCCACGCCTACGC
CTTCGACACCGTTGAACCCCCCGTCTGGTGGTGGTGGATACTACAACCCTCCATCTTCTGGTGGTGGTAGCCCACCAACCACCCCTGTTGATCCCGGCACTCCGAGCATT
CCAAGCACTCCACCCCCTGCTCCATTCACTGGTACCTGCAATTATTGGCTGAATCACCCAGGAATGATATGGGGAGTGTTGGGATGGTGGGGAACGTTGGGAAATGCCTT
TGGAGCAACTAATGTCCCAGGTTTTGGAACAAACCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCAAACACAAGGACTGATGGGTTTGGGGCCATTCTCCGAGAAGGCACTGCTTCGT
ACCTCAATTCTCTTGCCAACAACAGCTTCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTAGATCAAGTTTTGTGTCAGCACTTAGCTCCAACAAAGCAGCAGCAGATCAGGCCAAGGTC
TTTAAGTTAGCCAACGAGGGCAAACTTAAGCCCAGAGCC

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MRSKQASALLFTLLAGLLSHSLVIPVFSSTIADQKSYYSPDPHAGTPPTGTHNNPMPPPHGYGGTPPHQPTPTPSTPLNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPPTTPVDPGTPSI
PSTPPPAPFTGTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAILREGTASYLNSLANNSFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAADQAKV
FKLANEGKLKPRA

MS014094 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome