; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS015080 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS015080
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationscaffold2:1014488..1016934
RNA-Seq ExpressionMS015080
SyntenyMS015080
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]7.9e-9494.21Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]1.3e-9194.09Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.7e-9193.58Show/hide
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XP_022151054.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Momordica charantia]1.4e-9599.44Show/hide
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XP_038892593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Benincasa hispida]1.7e-9196.67Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.1e-9294.09Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X13.8e-9494.21Show/hide
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A0A6J1DBV4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ217.0e-9699.44Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.1e-8892.97Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.8e-8891.98Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ227.3e-5867Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.6e-6576.84Show/hide
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        FARECR     R  G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +RR SP
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A3.1e-5667.57Show/hide
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        M RVY+GNLDPRVT R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS NA    GG   R R G  + KCYECGE GH
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        FARECR R  S  +G G RRS S  R RSP Y R   YGRRS SP G RSPRRRS++ P R RSYSRSP Y   R  SP Y NGY
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.7e-5465.03Show/hide
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        M R+Y+GNLDPRVT  +LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDD+RDA DA++ LDGKNGWRVELS N+   GG    R R GG ++KCYECGE GH
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        FARECR R     +G G RRS S  R RSP Y +   YGRRS SPR  RSPRRRS++ P RGRSYSRSP     R  SPYA+G
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A1.2e-5765.46Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRVTER+LEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ +DGKNGWRVE SHN  G GG GG RG G      GG DLKCYE
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        CGE GHFARECRSRG S    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG  L
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.1e-6676.84Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.1e-6676.84Show/hide
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        FARECR     R  G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +RR SP
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6475.14Show/hide
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        FARECR     R  G   RRSPSPRRRRSP Y      S SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +RR SP
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 225.2e-5967Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+RG     G G RRS S     PR RRSPS   YGRRS SPR +    PRRRS + PP RGRSYSRSPP   AR   PYANG  L
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 225.2e-5967Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRVTER+LEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ALDGKNGWRVE SHN        +G   GGGGG RG  GG DLK
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Query:  CYECGEPGHFARECRSRGASRSVGGGLRRSPS-----PRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKR--SPRRRSIT-PPKRGRSYSRSPPYRHARRSSPYANGYAL
        CYECGE GHFARECR+RG     G G RRS S     PR RRSPS   YGRRS SPR +    PRRRS + PP RGRSYSRSPP   AR   PYANG  L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGCGTTTGGGTTGCTAGAAGGCC
TCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCATAACGCTAAAG
GCAGTGGAGGTGGTGGCGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGATGATCTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGAGAATGTCGCTCCCGTGGGGCT
TCACGAAGCGTAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCCCCTCGTCGTCGTAGGAGTCCTAGTTATGAAAGATATGGTCGCAGGAGCAACAGTCCTCGTGGCAAAAGATC
CCCAAGACGCCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGGAGCTACAGCAGGTCTCCTCCATACCGCCATGCTCGTCGCAGTTCACCTTATGCTAATGGGTATGCGTTAC
TTTTA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGCGTTTGGGTTGCTAGAAGGCC
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TTTTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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