; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS016570 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS016570
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description50S ribosomal protein L17
Genome locationscaffold1294:136594..138772
RNA-Seq ExpressionMS016570
SyntenyMS016570
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR000456 - Ribosomal protein L17
IPR036373 - Ribosomal protein L17 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004137669.1 50S ribosomal protein L17, chloroplastic [Cucumis sativus]1.3e-9285.1Show/hide
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XP_022157331.1 50S ribosomal protein L17, chloroplastic [Momordica charantia]1.2e-111100Show/hide
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XP_022971252.1 50S ribosomal protein L17, chloroplastic [Cucurbita maxima]2.9e-9284.29Show/hide
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XP_038906261.1 50S ribosomal protein L17, chloroplastic [Benincasa hispida]1.6e-9587.02Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L9N9 Uncharacterized protein6.2e-9385.1Show/hide
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A0A1S3B652 50S ribosomal protein L175.6e-9486.06Show/hide
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A0A6J1DXR7 50S ribosomal protein L17, chloroplastic6.0e-112100Show/hide
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A0A6J1GDC0 50S ribosomal protein L17, chloroplastic2.0e-9183.33Show/hide
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A0A6J1I1G7 50S ribosomal protein L17, chloroplastic1.4e-9284.29Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2CC52 50S ribosomal protein L172.0e-4068.97Show/hide
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B1XJI3 50S ribosomal protein L171.2e-4068.1Show/hide
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O80363 50S ribosomal protein L17, chloroplastic1.8e-7368.63Show/hide
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        PPDQRRALLRGLTTQLLKHGRIKTT+ARA A+RKYVDKMIT+AK+GSLHKRRQALGF+YEKQIVHALFAEV DRYGERNGGYTRIIRTLPRRGDNAPMAY
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        IELV
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P82194 50S ribosomal protein L17, chloroplastic8.2e-5885.71Show/hide
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        ++D+G R+FAM+HG+++ +L+RP DQRRALLRGLTTQLLKHGRIKTTRA+ASAMRKYVDKMITLAKEGSLHKRRQALGF+YEKQIVHALFAEV +RYG+R
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Q9M385 50S ribosomal protein L17, chloroplastic8.7e-7672.12Show/hide
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        MAMA  T + +  WS+++L++ALPS    +  P+  S    T R+   + S P  SFSGL P+NPL+S GL D+ SFE+ F IVD G R +AMRHG+RVP
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G54210.1 Ribosomal protein L17 family protein6.2e-7772.12Show/hide
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        MAMA  T + +  WS+++L++ALPS    +  P+  S    T R+   + S P  SFSGL P+NPL+S GL D+ SFE+ F IVD G R +AMRHG+RVP
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AT5G09770.1 Ribosomal protein L17 family protein1.0e-2350Show/hide
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        KL RP   R ++LR + +QL+KH RI+TT  +A  +R+  D MI L KEGSL   R+A GFV    ++H +F E+  RY +R GGYTR++RT  R GD A
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AT5G64650.1 Ribosomal protein L17 family protein5.1e-2349.07Show/hide
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        PMAYIE +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTTCCCGTCGGCCACTGGTCGAGTCAGTTGCAGAACCTGCAGCAAACCGATCGCCTCTTTTTCGGGTCTATGCCCTTTGAACCCTCTCATTTCTACTGGTTTATCAGATT
TTGACAGCTTTGAACATAATTTTACAATTGTTGATAGTGGTTGTCGATATTTTGCCATGAGACATGGCAAGCGGGTACCTAAGCTCAATAGGCCTCCTGACCAACGGCGT
GCACTATTGCGAGGGCTCACTACCCAACTCCTTAAGCATGGTCGGATCAAAACCACCAGAGCGAGAGCAAGTGCTATGCGTAAGTATGTTGACAAAATGATAACATTAGC
AAAGGAAGGTTCTTTGCATAAAAGGAGACAGGCTTTAGGGTTCGTCTACGAAAAACAAATTGTCCATGCTTTATTTGCAGAAGTCCAAGATAGGTATGGGGAGAGAAATG
GTGGATATACCAGAATTATTAGAACACTGCCAAGGCGAGGGGACAATGCGCCTATGGCATACATTGAACTTGTC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAATGGCGTTTACAACGGCAGCGACCAACAGCCGATGGAGCTTAACAGCATTGAGGGCAGCGCTACCTTCTGTGGGAGTAGAGATTCATACTCCCGCTCGCGTCAG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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ALLRGLTTQLLKHGRIKTTRARASAMRKYVDKMITLAKEGSLHKRRQALGFVYEKQIVHALFAEVQDRYGERNGGYTRIIRTLPRRGDNAPMAYIELV