; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS016696 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS016696
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionTubulin beta chain
Genome locationscaffold563:158833..160331
RNA-Seq ExpressionMS016696
SyntenyMS016696
Gene Ontology termsGO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process)
GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0005874 - microtubule (cellular component)
GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function)
GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000217 - Tubulin
IPR002453 - Beta tubulin
IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain
IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal
IPR017975 - Tubulin, conserved site
IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain
IPR023123 - Tubulin, C-terminal
IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
CAG7875112.1 unnamed protein product, partial [Brassica rapa]2.2e-19680.43Show/hide
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        T +V SLS  FLM F +RLRT TA K        F+ +F  L  F      + F GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVS
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DAD47409.1 TPA_asm: hypothetical protein HUJ06_017346 [Nelumbo nucifera]1.6e-17583.25Show/hide
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        VR S  IT FS SPVP  TG R  TPK +S SI F     +R RT  A K                                VCHSLGGGTGSGMGTLLI
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XP_010101838.1 tubulin beta-1 chain [Morus notabilis]1.0e-17498.72Show/hide
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        EDDYYDE+E EE
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XP_022159432.1 tubulin beta-2 chain [Momordica charantia]2.2e-177100Show/hide
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        EDDYYDEDEVEEQE
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XP_040945355.1 tubulin beta-1 chain isoform X2 [Gossypium hirsutum]1.7e-18079.21Show/hide
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        F+    MSTTM+PV   +      WI S  LW  SDL L  +   PIT  S S V ATTG R IT +  S  I FLM  G+RLR   A K   +      
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                      W    GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYN+TLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICF
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        RTLKL+TP+FGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLT
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        A AMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAE
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        SNMNDLV+EYQQYQDATAD D+Y DE E EE+E
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3B6F3 Tubulin beta chain1.9e-17497.45Show/hide
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        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
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        +D+YYDED+V +Q+
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A0A453J9K0 Tubulin beta chain1.4e-18878.41Show/hide
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        TSR  +  TRS PSSGR    ST STP  +TPA    + +   STT RP AA     PC W  S   WT S    T   S P T  S SP PATTG RA 
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        TP+  S S P      RR RTATA K                             GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVS
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A0A6J1DZU7 Tubulin beta chain1.1e-177100Show/hide
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        EDDYYDEDEVEEQE
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A0A803QGA6 Uncharacterized protein5.0e-17598.41Show/hide
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        EDDYYDE+E E QE
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W9RGU1 Tubulin beta chain5.0e-17598.72Show/hide
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        EDDYYDE+E EE
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P29515 Tubulin beta-7 chain5.4e-17496.83Show/hide
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        E+  Y+E+E E EQE
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P29516 Tubulin beta-8 chain3.7e-17597.47Show/hide
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        E++   Y+EDEVE QE
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P37392 Tubulin beta-1 chain2.8e-17598.39Show/hide
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        ED Y  EDE E
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Q40106 Tubulin beta-2 chain6.3e-17597.15Show/hide
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        ED  +Y DE+EV E++
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Q8H7U1 Tubulin beta-2 chain5.4e-17496.78Show/hide
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        ++  Y+++E E
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G29550.1 tubulin beta-7 chain3.8e-17596.83Show/hide
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        E+  Y+E+E E EQE
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AT5G23860.1 tubulin beta 82.6e-17697.47Show/hide
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        E++   Y+EDEVE QE
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AT5G23860.2 tubulin beta 82.6e-17697.47Show/hide
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        E++   Y+EDEVE QE
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AT5G62690.1 tubulin beta chain 28.5e-17596.51Show/hide
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        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+
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Query:  ED-DYYDEDEVEEQE
        E+ DY DE+E E Q+
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AT5G62700.1 tubulin beta chain 38.5e-17596.51Show/hide
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Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+
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Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAD
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAD
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Query:  ED-DYYDEDEVEEQE
        E+ DY DE+E E Q+
Subjt:  ED-DYYDEDEVEEQE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ACATCCAGGGAGGCCAATGTGGCAACCAGATCGGTGCCAAGTTCTGGGAGGTCGTCTGTGCCGAGCACGGCATCGACCCCATCGGTAAGTACACCGGCGATTCAGATCTT
CAACTTGACCGGATTAATGTCTACTACAATGAGGCCAGTTGCGGCAGATTTGTTCCTCGTGCCGTGCTTATGGATCTTGAGCCTGGTGTTATGGACAGCATCAGATCTGG
ACCTTACGGTCAGGTTTTCAGGCCCGATAACTTTGTTTTCGGTCAGTCCGGTGCCGGCAACAACTGGGCTAAGGGCCATTACACCGAAGGTGCAGAGCTTATCGATTCCG
TTCTTGATGTGGTTCGGAAGGAGGCTGAGAACTGCGACTGCCTTCAAGGTATTTTTGCTTAATCGACTGTTTTTTTTTTCGTATTTTAGGTTCTTGTTTGTCTTTTGTTG
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CGGATAGAATGATGCTTACGTTCTCCGTCTTCCCATCTCCTAAAGTTTCTGATACTGTCGTCGAGCCTTACAACGCAACCCTCTCTGTCCATCAACTGGTTGAGAACGCC
GACGAGTGTATGGTTCTCGATAACGAAGCTCTCTACGATATTTGCTTCCGTACTCTGAAGCTCTCCACCCCGAGCTTCGGTGATCTAAACCATCTGATTTCTGCAACGAT
GTCCGGCGTAACCTGCTGTTTGCGATTCCCGGGACAGCTCAACTCAGATCTCCGAAAGCTTGCCGTCAATCTCATCCCATTTCCTCGTCTCCACTTCTTCATGGTGGGTT
TCGCTCCCCTCACTTCCCGTGGGTCTCAGCAATACAGAGCTTTGACCGTGCCTGAGCTCACTCAGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGATCCCCGA
CACGGCCGTTATCTTACTGCCTCGGCTATGTTCAGGGGTAAGATGAGCACCAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATCAATGTCCAGAACAAGAACTCTTCCTACTTCGTTGA
ATGGATCCCCAACAATGTGAAATCCACCGTCTGTGACATTCCCCCAACTGGGTTGAAAATGGCATCGACGTTCATCGGTAATTCAACATCAATCCAGGAGATGTTCCGCC
GAGTCAGTGAGCAGTTCACAGCTATGTTTAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGGATGAGATGGAGTTTACTGAGGCCGAAAGCAATATGAAT
GATCTGGTGTCTGAGTATCAGCAATACCAAGATGCTACAGCTGATGAAGATGATTACTACGACGAAGATGAGGTTGAGGAACAGGAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CAACTTGACCGGATTAATGTCTACTACAATGAGGCCAGTTGCGGCAGATTTGTTCCTCGTGCCGTGCTTATGGATCTTGAGCCTGGTGTTATGGACAGCATCAGATCTGG
ACCTTACGGTCAGGTTTTCAGGCCCGATAACTTTGTTTTCGGTCAGTCCGGTGCCGGCAACAACTGGGCTAAGGGCCATTACACCGAAGGTGCAGAGCTTATCGATTCCG
TTCTTGATGTGGTTCGGAAGGAGGCTGAGAACTGCGACTGCCTTCAAGGTATTTTTGCTTAATCGACTGTTTTTTTTTTCGTATTTTAGGTTCTTGTTTGTCTTTTGTTG
CTCAATAGCGTGGATCCGGTTCGTAGGGTTTCAGGTGTGCCATTCTTTGGGAGGAGGGACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTCTGATTTCCAAGATCAGAGAGGAATACC
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TCGCTCCCCTCACTTCCCGTGGGTCTCAGCAATACAGAGCTTTGACCGTGCCTGAGCTCACTCAGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGATCCCCGA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
TSREANVATRSVPSSGRSSVPSTASTPSVSTPAIQIFNLTGLMSTTMRPVAADLFLVPCLWILSLVLWTASDLDLTVRFSGPITLFSVSPVPATTGLRAITPKVQSLSIP
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DECMVLDNEALYDICFRTLKLSTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPR
HGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMN
DLVSEYQQYQDATADEDDYYDEDEVEEQE