; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS016863 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS016863
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionTranscription initiation factor IIF subunit beta
Genome locationscaffold9_1:577380..585678
RNA-Seq ExpressionMS016863
SyntenyMS016863
Gene Ontology termsGO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0006413 - translational initiation (biological process)
GO:0005674 - transcription factor TFIIF complex (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function)
GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR003196 - Transcription initiation factor IIF, beta subunit
IPR011039 - Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction
IPR036388 - Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
IPR036390 - Winged helix DNA-binding domain superfamily
IPR040450 - TFIIF beta subunit, HTH domain
IPR040504 - TFIIF, beta subunit, N-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LRL0 Transcription initiation factor IIF subunit beta3.4e-14197.69Show/hide
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A0A1S3BBV5 Transcription initiation factor IIF subunit beta9.1e-14297.69Show/hide
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A0A5A7VAJ9 Transcription initiation factor IIF subunit beta9.1e-14297.69Show/hide
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A0A6J1CTB7 Transcription initiation factor IIF subunit beta9.7e-14499.62Show/hide
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A0A6J1KP21 Transcription initiation factor IIF subunit beta4.2e-13996.92Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O94424 Transcription initiation factor IIF subunit beta3.4e-2131.64Show/hide
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        + +LD G+    VWL+K P  +   W S P  D   L  V +  D +Q    +S          E  +VPK ++L +   FV        S+   SM+  
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           G V H+ ++ P     + Y ++ ++R   +    R++Q+ID DRG  +   PG +G  S ST+   + V P     +K +R  R EL DI+FK FE 
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           W LK L +   QP  +LKE+L+ + + NKRG     Y LKPEYK +++    E
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P41900 General transcription factor IIF subunit 22.0e-1627.69Show/hide
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        +LD   A R VWL+K P  +A+ W+  P +           P   A+V LSL P    L  +E    +  ++++      V K  +L +F    P     
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              ++    K+ MEG++  K + +P  +N   Y KL  E   K+    R++Q ID    +     P      +   +E+KK      ++ K+ R D+
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          + D++F  FE+   + +K LV+ T+QP  +LKEIL ++C YN +  ++  +ELK EY+
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Q01750 General transcription factor IIF subunit 26.7e-1729.15Show/hide
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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   P    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P     E Y KL R +  +S    R  Q  D     + +P+      I    K+K+        D KR R D+  + D++F  FE+
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Query:  QPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK
           + LK LV  T QP  +LKEIL E+ + N +G ++ T+ELKPEY+
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Q2T9L9 General transcription factor IIF subunit 26.7e-1729.25Show/hide
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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   P    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + + +P     E Y +L R +  +S    R  Q +D     + +P+      I    K+K+        D KR R D+  + D++F  FE+
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Query:  QPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKK-SVEE
           + LK LV  T QP  +LK+IL E+ V N +G ++ T+ELKPEY+   VEE
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Q54KT7 General transcription factor IIF subunit 21.5e-1628.57Show/hide
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        ++T  AD  VWL+K P  +++SWQ         + +  +    ++  ++ SL +     G + G   +  +     D  P+ +FSE   G +++EG +  
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Query:  KFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISST--SKEKKKVAPV-----KQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQP
        + D+K   E+   Y  L + R  K   K R  QVID               L + T     K KV+ V     K+S  K+ +    E+ D++F  F  + 
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        +  LK L   T+QP   LK IL ++C+ NKRG     YELKPE++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G75510.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit1.8e-9767.78Show/hide
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        MED H       NLD  K+DRS+WLMKCP++V K+W         S   SD P  +AK++  +DPL+ D  S  +FKM M G E GN+PK ++LNMF DF
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        VPM  FS+ +QG  + EGKV+HKFDMKP+GE +E Y +LCRERT+K+MVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGM+GL+SS SKEK+K  PVKQ++VKRTRRDR
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        GELE IMFKLFE QPNW LKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRG+NQGTYELKPEYKKS E +TGG+
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AT3G52270.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit8.8e-8160.56Show/hide
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        L+TG A+RS+ LMK P LVA S QSH        P DP  P AKVIL +DPL + E    QF ME+A  ++GN+P+ ++L+M KDF+PM VF E+S GKM
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        S+EGK+++KFDM+PH EN+E YG+LCRERTNK M KNRQIQVIDN RG+HMRPMPGM+  I + + EKKK+   + S++KRTRRDR E+E++MF LFERQ
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         NW L+ L+QETDQP QFLK++L +LC+YN +G+NQGTYELKPEYKK+ +E
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTGAGACTGGAAACGTGCCAAAAAGCTTTTCCTTAAATATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGCGTCTTTTCAGAGGCAAGTCAAGGTAAGATGTCAATGGAAGGTAAA
GTGGAACATAAATTCGATATGAAGCCTCATGGTGAAAATCTTGAAATGTATGGGAAATTGTGCCGTGAAAGGACAAACAAGTCCATGGTTAAGAATAGACAAATACAAGT
GATAGACAATGACCGTGGAGTTCATATGAGGCCAATGCCTGGGATGGTTGGTTTGATCAGCTCAACTTCAAAGGAAAAGAAGAAGGTGGCACCAGTTAAACAATCAGACG
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CGGCGGAGAG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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