; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS017236 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS017236
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionSHSP domain-containing protein
Genome locationscaffold33:881644..882198
RNA-Seq ExpressionMS017236
SyntenyMS017236
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
BAS70261.1 Os01g0136050, partial [Oryza sativa Japonica Group]1.3e-3265.61Show/hide
Query:  MSMDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVS
        +SM   SGF +S LGTVTVSTPFSMLAFT STLAFSGSLN  MN PLLRS  CHLSF SS SLL  PLI  TLPSSTST TSSFL PGRSALKT   GVS
Subjt:  MSMDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVS

Query:  FQSIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGIS
        FQS R LAKA VS +E   +A   E     PS GSQ S+ KGS  LLR    ++G+S
Subjt:  FQSIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGIS

CAB3496390.1 unnamed protein product [Digitaria exilis]1.0e-3264.94Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        M L SGF +S LGTVTVSTPFSM A   S LAFSGSLNL  N PLLRS  CH SFFSS SLL SPLI RTLPSS ST TSSF  PG SALKTWA GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSEAEEW-ALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLG
        S+R  A A VSE+ E       +   NGK   GSQ S EKGS  LLRR   M+G
Subjt:  SIRVLAKAEVSEAEEW-ALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLG

CAG1834096.1 unnamed protein product [Musa acuminata subsp. malaccensis]1.2e-3363.29Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        MDL SGF +  LGTVTVSTPFSM AFT STLAFSG  NL  N PLLRS  C +S FSSCS L SPLI RT PSSTST+TSSFL PG+SAL T A GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDML
        S R  A A+ S     A     E+  GKP  GSQ S EKGSKM  RR P   G+SD+L
Subjt:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDML

KVI11914.1 hypothetical protein Ccrd_009654, partial [Cynara cardunculus var. scolymus]5.6e-3967.32Show/hide
Query:  SGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQSIRV
        +GFF+S  GTV VSTPFS+ AFT S  AFSG+LNLL+NFPLLRS LCH+SF SS S  LSPLIC+ L SSTST TSSFLIPGRSALKT A GVSFQS RV
Subjt:  SGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQSIRV

Query:  LAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDM
          KAEVS  E    ++  E+G GK  NGSQ S   GSKML RRPPK LG+ D+
Subjt:  LAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDM

VFQ82571.1 unnamed protein product [Cuscuta campestris]5.8e-3663.86Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        MDL SGFF+S LGTVTVSTPFSM AFT S  AFSGS N   N PLLRS  CHLS FSS SLLLSPLIC+ LPSSTST TSSF  PGRSAL TW  GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLR-RPPKMLGISDMLLQILMKL
        SIR  A A+VS      L       NG P  GSQ S E GS   LR RPPK LGI ++L Q   +L
Subjt:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLR-RPPKMLGISDMLLQILMKL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KSC0 Uncharacterized protein3.3e-6185.19Show/hide
Query:  MSMDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVS
        MSMDLISGFFSSILGT+TV TPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFP LRSILCHLSFFSSCSLLLSPLIC+TLPSSTSTLTSSFLIPGRSALK WACGVS
Subjt:  MSMDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVS

Query:  FQSIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDMLLQ
        FQS+RVLAKAEVS AEE ALA   E   GKPS GSQ S+EKGSK LLRRPPKMLG   M+++
Subjt:  FQSIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDMLLQ

A0A0D9Z549 SHSP domain-containing protein2.6e-3463.98Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        MDL SGF  S LGTVTVSTPFSM A   S L FSGS NL  N PLLRS  CHLS FSSCSLL SPLICR LPSSTSTLTSSF  PG SAL T A GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSE----AEEWALANAVEL--GNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGIS
        S+R  AKA VSE     ++  +   + L    GKPS GSQ S EKGS MLLRR   ++GI+
Subjt:  SIRVLAKAEVSE----AEEWALANAVEL--GNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGIS

A0A103YMN4 Uncharacterized protein (Fragment)2.7e-3967.32Show/hide
Query:  SGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQSIRV
        +GFF+S  GTV VSTPFS+ AFT S  AFSG+LNLL+NFPLLRS LCH+SF SS S  LSPLIC+ L SSTST TSSFLIPGRSALKT A GVSFQS RV
Subjt:  SGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQSIRV

Query:  LAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDM
          KAEVS  E    ++  E+G GK  NGSQ S   GSKML RRPPK LG+ D+
Subjt:  LAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDM

A0A484M1B1 Uncharacterized protein2.8e-3663.86Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        MDL SGFF+S LGTVTVSTPFSM AFT S  AFSGS N   N PLLRS  CHLS FSS SLLLSPLIC+ LPSSTST TSSF  PGRSAL TW  GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLR-RPPKMLGISDMLLQILMKL
        SIR  A A+VS      L       NG P  GSQ S E GS   LR RPPK LGI ++L Q   +L
Subjt:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLR-RPPKMLGISDMLLQILMKL

A0A7C9D9Y3 Uncharacterized protein1.0e-3867.3Show/hide
Query:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ
        M   SGFFSS LGTVTVSTPFS+ AFTSS LAFSG  N   N PL RS  CHLSFFSSCSL+LSPLI R LPSSTST TSSFL PGRS L TWA GVSFQ
Subjt:  MDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQ

Query:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGK-PSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDML
        S  VL   +VS A E  L   +E    K PSNGSQTS E GS  L+ R PK LGISDM+
Subjt:  SIRVLAKAEVSEAEEWALANAVELGNGK-PSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDML

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCAATGGACTTGATTTCTGGTTTCTTCTCTTCCATTTTGGGCACTGTCACAGTCAGCACTCCATTCTCTATGCTGGCCTTCACCTCCTCAACTTTGGCATTCTCCGG
CAGCCTGAATCTCCTCATGAATTTTCCACTGCTCCGCTCGATTCTGTGCCATTTGTCGTTCTTCTCCTCCTGCTCTTTGCTTCTCTCTCCACTAATCTGCAGAACTCTTC
CCTCTTCAACCTCCACTTTGACTTCCTCCTTTTTGATCCCTGGAAGATCGGCCTTGAAGACGTGGGCTTGTGGGGTCTCCTTCCAGTCGATTCGAGTGCTGGCAAAAGCA
GAGGTTTCAGAAGCAGAGGAATGGGCGTTGGCCAATGCTGTGGAATTGGGAAATGGGAAGCCCTCGAACGGATCCCAAACATCCAGCGAGAAGGGGTCGAAGATGTTGCT
GCGGCGGCCACCGAAAATGCTTGGAATCAGCGACATGCTTCTTCAAATTTTGATGAAATTGGAGGACTCAGAGAGAGGGATTGTGGATTTGATTGATGGATTGGAAATTG
GGGGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCAATGGACTTGATTTCTGGTTTCTTCTCTTCCATTTTGGGCACTGTCACAGTCAGCACTCCATTCTCTATGCTGGCCTTCACCTCCTCAACTTTGGCATTCTCCGG
CAGCCTGAATCTCCTCATGAATTTTCCACTGCTCCGCTCGATTCTGTGCCATTTGTCGTTCTTCTCCTCCTGCTCTTTGCTTCTCTCTCCACTAATCTGCAGAACTCTTC
CCTCTTCAACCTCCACTTTGACTTCCTCCTTTTTGATCCCTGGAAGATCGGCCTTGAAGACGTGGGCTTGTGGGGTCTCCTTCCAGTCGATTCGAGTGCTGGCAAAAGCA
GAGGTTTCAGAAGCAGAGGAATGGGCGTTGGCCAATGCTGTGGAATTGGGAAATGGGAAGCCCTCGAACGGATCCCAAACATCCAGCGAGAAGGGGTCGAAGATGTTGCT
GCGGCGGCCACCGAAAATGCTTGGAATCAGCGACATGCTTCTTCAAATTTTGATGAAATTGGAGGACTCAGAGAGAGGGATTGTGGATTTGATTGATGGATTGGAAATTG
GGGGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSMDLISGFFSSILGTVTVSTPFSMLAFTSSTLAFSGSLNLLMNFPLLRSILCHLSFFSSCSLLLSPLICRTLPSSTSTLTSSFLIPGRSALKTWACGVSFQSIRVLAKA
EVSEAEEWALANAVELGNGKPSNGSQTSSEKGSKMLLRRPPKMLGISDMLLQILMKLEDSERGIVDLIDGLEIGG