; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS018659 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS018659
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationscaffold313:806943..811215
RNA-Seq ExpressionMS018659
SyntenyMS018659
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6579070.1 hypothetical protein SDJN03_23518, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.9e-9596.69Show/hide
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KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.9e-9697.24Show/hide
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XP_018855586.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Juglans regia]2.1e-9498.3Show/hide
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XP_022141702.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Momordica charantia]3.2e-95100Show/hide
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XP_022939214.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucurbita moschata]1.4e-9595.63Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein1.0e-9498.3Show/hide
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A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.5e-95100Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.0e-9498.3Show/hide
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A0A6J1FGH6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X16.9e-9695.63Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.0e-9498.3Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 71.0e-9192.61Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.5e-9597.13Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.6e-5254.07Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.6e-5254.07Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.6e-5254.65Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0429.89Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.3e-1434.38Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.7e-1432.58Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II7.1e-9392.61Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
CAACAGGTAGAGACAGCCACCATGTTCTTCCACATAGTGTTGGAAAGGAATATGCAGCTGCACCCTCGGCACTTCGGTCGTAACCTCCGTGAGAATCTGGTTTCCAAACT
CATGAAAGATGTCGAGGGGACTTGCAGCGGACGACATGGTTTTGTAGTAGCAATTACAGGAATTGAGAATATTGGGAAGGGATTGATTCGTGACGGCACAGGTTTTGTCA
CTTTTCCTGTTAAATACCAATGTGTTGTTTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTTCAATGGTAAACAAGATGGGTTTTTTCGCTGAAGCTGGACCT
GTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATATCCCAAACTACACCACTTCAGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAG
TGAAGTTCGATTAAAGATTATTGGGACTCGAGTAGACGCGACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATAAATGATCCTGCAGCAGCT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CAACAGGTAGAGACAGCCACCATGTTCTTCCACATAGTGTTGGAAAGGAATATGCAGCTGCACCCTCGGCACTTCGGTCGTAACCTCCGTGAGAATCTGGTTTCCAAACT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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