CuGenDBv2

Gene ID	MS020317
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	Histone H2A
Genome location	scaffold665:964158..964439
RNA-Seq Expression	MS020317
Synteny	MS020317
Gene Ontology terms	GO:0031507 - heterochromatin assembly (biological process) GO:0000786 - nucleosome (cellular component) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0046982 - protein heterodimerization activity (molecular function)
InterPro domains	IPR002119 - Histone H2A IPR007125 - Histone H2A/H2B/H3 IPR009072 - Histone-fold IPR032454 - Histone H2A, C-terminal domain

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

GAV79014.1 Histone domain-containing protein [Cephalotus follicularis]

1.1e-43

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

PKI63630.1 hypothetical protein CRG98_016013 [Punica granatum]

1.1e-43

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

XP_018805508.1 histone H2A variant 1 [Juglans regia]

1.1e-43

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

XP_030947999.1 histone H2A variant 1 [Quercus lobata]

1.1e-43

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

XP_031407628.1 histone H2A variant 1 [Punica granatum]

1.1e-43

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3BLU8 Histone H2A

5.4e-44

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

A0A218WS78 Histone H2A

5.4e-44

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

A0A2I4G293 Histone H2A

5.4e-44

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

A0A6J1CX53 Histone H2A

5.4e-44

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

A0A6J1K687 Histone H2A

5.4e-44

100

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O23628 Histone H2A variant 1

2.3e-44

95.74

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Q84MP7 Probable histone H2A variant 3

7.5e-43

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R  ANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Q8H7Y8 Probable histone H2A variant 1

5.7e-43

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK+R SA+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Q8S857 Probable histone H2A variant 2

8.8e-44

94.68

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R+SANGRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Q9SII0 Probable histone H2A variant 2

1.5e-43

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G52740.1 histone H2A protein 9

2.6e-43

91.49

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGR+HR LKTR +A+GRVGATAAVY A+ILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRI+PRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

AT2G38810.1 histone H2A 8

1.1e-44

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

AT2G38810.2 histone H2A 8

1.1e-44

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

AT2G38810.3 histone H2A 8

1.1e-44

93.62

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LK R+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSL+NK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

AT3G54560.1 histone H2A 11

1.7e-45

95.74

Show/hide

Query:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
        FPVGRIHR LKTR+SA+GRVGATAAVY ASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK
Subjt:  FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

TTCCCTGTGGGACGAATTCATAGGCATCTTAAGACAAGAATATCTGCAAATGGGCGAGTTGGTGCAACTGCTGCAGTGTACTTAGCATCAATTCTGGAGTATCTCACGGC
CGAAGTGCTTGAGTTGGCTGGAAACGCGAGCAAGGATCTGAAAGTGAAGAGAATCACTCCAAGACACCTTCAGCTGGCCATCCGAGGAGATGAAGAGCTTGATACCCTGA
TCAAAGGAACCATTGCTGGAGGTGGTGTAATTCCCCACATTCACAAGTCCCTCATTAACAAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

FPVGRIHRHLKTRISANGRVGATAAVYLASILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINK

MS020317 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome