CuGenDBv2

Gene ID	MS021416
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	ATP citrate synthase
Genome location	scaffold358:1826051..1831380
RNA-Seq Expression	MS021416
Synteny	MS021416
Gene Ontology terms	GO:0000166 - nucleotide binding (molecular function) GO:0003878 - ATP citrate synthase activity (molecular function) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR013650 - ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type IPR016102 - Succinyl-CoA synthetase-like IPR032263 - ATP-citrate synthase, citrate-binding domain

Homology

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GenBank top hits

e value

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XP_004135571.1 ATP-citrate synthase alpha chain protein 2 [Cucumis sativus]

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XP_022159525.1 ATP-citrate synthase alpha chain protein 2 [Momordica charantia]

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XP_022968728.1 ATP-citrate synthase alpha chain protein 2 [Cucurbita maxima]

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XP_038880224.1 ATP-citrate synthase alpha chain protein 2 [Benincasa hispida]

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A0A0A0LY92 ATP citrate synthase

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A0A1S3BNS4 ATP citrate synthase

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A0A5D3CJ91 ATP citrate synthase

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A0A6J1DYZ6 ATP citrate synthase

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A0A6J1HYY6 ATP citrate synthase

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O80526 ATP-citrate synthase alpha chain protein 3

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        PFTLV+GEP+PLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRVLS TE+F+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCAT++PDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKE++LKA++MHIYVRRGGPNYQTGLA+MRALGEELGVPLE
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        V
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Q2QNG7 ATP-citrate synthase alpha chain protein 3

2.3e-210

89.28

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        MARKKIREYDSKRLL+EHLKRLA IDL I SAQV +STDF EL N EPWLSS +LVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLDLAQV +FVK RLGV+VEMGGCKA
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        PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLG TISFSECGGIEIEENWDKVKT+FLPTEK  T +ACAPLIATLPLE+R KIGDFI GV++VFQDLDFSFLEMN
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        PFT+VNGEPYPLDMRGELDDTA FKNF KWGNI+FPLPFGRVLSP+ESF+H LDEKTS+SLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAPNEEEVLQYARVV+DCAT++PDGRKRALLIGGGIANFTDVAATF+GIIRALREKESKLKAA+M+IYVRRGGPNYQTGLAKMR LG ELGVP+E
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Query:  V
        V
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Q2QZ86 ATP-citrate synthase alpha chain protein 2

1.7e-213

91.02

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        MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLA IDLQI SAQV QSTDF EL N +PWLS+ +LVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLD+AQV EFVK RLGV+VEMGGCKA
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Query:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN
        PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLG TISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKP T +ACAPLIATLPLE RGKIGDFI GVFAVFQDLDFSFLEMN
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        PFT+VNGEPYPLDMRGELDDTA FKNF KWGNIEFPLPFGRVLS TE F+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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Query:  YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPLE
        YAEYSGAPNEEEVLQYARVV+DCAT++PDGRKRALLIGGGIANFTDV ATF+GIIRALREKESKLKAA+MHIYVRRGGPNYQTGLAKMR LG ELGVP+E
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Query:  V
        V
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Q53JY8 ATP-citrate synthase subunit alpha chain protein 1

1.2e-195

85.57

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        MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLA IDLQI SAQV QSTDF EL N +PWLS+ +LVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLD+AQV EFVK RLGV+VEMGGCKA
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Query:  PFTLVNGEPYPLDMRGELDDTAGFK-NFMKWGNIEFPLPFGRVLSPTESFVHSLDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELG
        PFT+VNGEPYPLDMRGELDDTA FK +  KWGNIEFPLPFGRVLS TE F+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGG                 EL 
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Query:  NYAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPL
        NYAEYSGAPNEEEVLQYARVV+DCAT++PDGRKRALLIGGGIANFTDV ATF+GIIRALREKESKLKAA+MHIYVRRGGPNYQTGLAKMR LG ELGVP+
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Query:  EV
        EV
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Q9SGY2 ATP-citrate synthase alpha chain protein 1

1.5e-193

81.05

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Query:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN
        PITTFIVEPFVPH++EYYL++VS+RLGC+ISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPT    T E CAPL+ATLPLEI+ +I +FI  +F +FQDLDF+FLEMN
Subjt:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN

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        PFTLV+G PYPLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRV+SPTESF+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAP E+EVLQYARVVIDCAT+ PDG+ RAL+IGGGIANFTDVAATFNGIIRAL+EKE+KLKAA+MHI+VRRGGPNYQ GLAKMRALG+++GVP+E
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Query:  V
        V
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G09430.1 ATP-citrate lyase A-3

3.0e-213

90.02

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        MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLANIDLQI SAQV +STDF ELTN E WLSST+LVVKPDMLFGKRGKSGLVAL LDLA+VA+FVK RLG +VEM GCKA
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        PFTLV+GEP+PLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRVLS TE+F+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCAT++PDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKE++LKA++MHIYVRRGGPNYQTGLA+MRALGEELGVPLE
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Query:  V
        V
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AT1G10670.1 ATP-citrate lyase A-1

1.1e-194

81.05

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        PITTFIVEPFVPH++EYYL++VS+RLGC+ISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPT    T E CAPL+ATLPLEI+ +I +FI  +F +FQDLDF+FLEMN
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        PFTLV+G PYPLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRV+SPTESF+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAP E+EVLQYARVVIDCAT+ PDG+ RAL+IGGGIANFTDVAATFNGIIRAL+EKE+KLKAA+MHI+VRRGGPNYQ GLAKMRALG+++GVP+E
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        V
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AT1G10670.2 ATP-citrate lyase A-1

1.1e-194

81.05

Show/hide

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        MARKKIREYDSKRL+KEH KRL+  +L I S Q+N++TD  EL   EPWLSS +LVVKPDMLFGKRGKSGLVAL LD A VA FVK RLG +VEM GCK 
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Query:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN
        PITTFIVEPFVPH++EYYL++VS+RLGC+ISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPT    T E CAPL+ATLPLEI+ +I +FI  +F +FQDLDF+FLEMN
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        PFTLV+G PYPLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRV+SPTESF+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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        YAEYSGAP E+EVLQYARVVIDCAT+ PDG+ RAL+IGGGIANFTDVAATFNGIIRAL+EKE+KLKAA+MHI+VRRGGPNYQ GLAKMRALG+++GVP+E
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Query:  V
        V
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AT1G10670.4 ATP-citrate lyase A-1

1.1e-194

81.05

Show/hide

Query:  MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLANIDLQICSAQVNQSTDFAELTNNEPWLSSTRLVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLDLAQVAEFVKIRLGVQVEMGGCKA
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        PFTLV+G PYPLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFPLPFGRV+SPTESF+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
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Query:  YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPLE
        YAEYSGAP E+EVLQYARVVIDCAT+ PDG+ RAL+IGGGIANFTDVAATFNGIIRAL+EKE+KLKAA+MHI+VRRGGPNYQ GLAKMRALG+++GVP+E
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Query:  V
        V
Subjt:  V

AT1G60810.1 ATP-citrate lyase A-2

9.1e-194

80.3

Show/hide

Query:  MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLANIDLQICSAQVNQSTDFAELTNNEPWLSSTRLVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLDLAQVAEFVKIRLGVQVEMGGCKA
        MARKKIREYDSKRL+KEH KRL+  +L I S Q+NQ TD  EL   EPWLSS +LVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLD A VA FVK RLG +VEM GCK 
Subjt:  MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLANIDLQICSAQVNQSTDFAELTNNEPWLSSTRLVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLDLAQVAEFVKIRLGVQVEMGGCKA

Query:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN
        PITTFIVEPFVPH++E+YL+IVS+RLGC+ISFSECGGI+IEENWDKVKTI +PT    T E CAPL+ATLPLEI+G++ DFI  +F +F+DLDF+FLEMN
Subjt:  PITTFIVEPFVPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMN

Query:  PFTLVNGEPYPLDMRGELDDTAGFKNFMKWGNIEFPLPFGRVLSPTESFVHSLDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
        PFTLV+G+PYPLDMRGELDDTA FKNF KWG+IEFP+PFGRV+S TESF+H LDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN
Subjt:  PFTLVNGEPYPLDMRGELDDTAGFKNFMKWGNIEFPLPFGRVLSPTESFVHSLDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGN

Query:  YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPLE
        YAEYSGAP E+EVLQYARVVIDCAT+ PDG+ RAL+IGGGIANFTDVAATFNGIIRAL+EKE+KLKAA+MHI+VRRGGPNYQ GLAKMR+LG+E+GVP+E
Subjt:  YAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDGRKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPLE

Query:  V
        V
Subjt:  V

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCCAGGAAGAAGATTAGAGAGTATGACTCCAAGAGGCTTCTGAAGGAGCATCTCAAACGCCTCGCCAATATCGACCTCCAGATCTGCTCTGCTCAGGTAAATCAATC
GACTGACTTTGCTGAGCTGACAAATAATGAACCATGGTTGTCATCCACTAGGTTGGTAGTGAAACCGGACATGTTATTTGGGAAACGTGGAAAAAGTGGTTTGGTAGCTT
TGAATTTGGATCTAGCTCAAGTTGCCGAGTTTGTGAAGATACGCCTTGGTGTGCAGGTTGAGATGGGTGGTTGCAAGGCCCCAATCACTACATTCATCGTTGAGCCATTT
GTTCCCCATGATCAAGAGTACTACCTATCTATTGTCTCTGAAAGGCTTGGCTGCACCATAAGTTTTTCAGAGTGTGGTGGTATTGAAATTGAAGAGAACTGGGATAAAGT
CAAGACTATTTTCCTTCCAACGGAAAAACCTTTTACACTTGAGGCGTGTGCTCCTTTAATAGCTACACTTCCTTTGGAGATTCGAGGAAAGATTGGTGACTTCATAATGG
GTGTGTTTGCTGTATTTCAAGATTTGGACTTCAGTTTCCTGGAGATGAATCCGTTTACCCTGGTCAATGGGGAGCCGTATCCACTGGATATGAGGGGGGAGTTGGATGAC
ACTGCTGGCTTCAAAAACTTTATGAAATGGGGAAACATTGAATTTCCACTGCCCTTTGGTCGAGTGCTAAGCCCTACAGAAAGCTTTGTCCACTCTTTAGATGAAAAGAC
AAGTGCATCCCTGAAATTCACAGTTTTGAACCCAAAAGGGCGCATTTGGACAATGGTGGCAGGAGGGGGTGCTAGTGTTATATATGCGGACACTGTTGGAGATTTGGGTT
ATGCATCAGAGCTCGGTAATTATGCAGAATACAGTGGAGCTCCAAATGAGGAGGAGGTGTTGCAGTATGCCCGAGTTGTTATAGATTGTGCTACTTCTGAACCTGATGGT
CGTAAGCGAGCCCTTCTAATTGGAGGAGGAATAGCTAATTTCACAGATGTTGCTGCCACTTTTAATGGAATTATCCGAGCTCTAAGAGAGAAAGAATCAAAATTGAAGGC
CGCAAAAATGCATATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCAAATTATCAGACTGGTCTTGCCAAGATGCGGGCTCTAGGAGAAGAGCTTGGAGTCCCCCTTGAGGTA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MARKKIREYDSKRLLKEHLKRLANIDLQICSAQVNQSTDFAELTNNEPWLSSTRLVVKPDMLFGKRGKSGLVALNLDLAQVAEFVKIRLGVQVEMGGCKAPITTFIVEPF
VPHDQEYYLSIVSERLGCTISFSECGGIEIEENWDKVKTIFLPTEKPFTLEACAPLIATLPLEIRGKIGDFIMGVFAVFQDLDFSFLEMNPFTLVNGEPYPLDMRGELDD
TAGFKNFMKWGNIEFPLPFGRVLSPTESFVHSLDEKTSASLKFTVLNPKGRIWTMVAGGGASVIYADTVGDLGYASELGNYAEYSGAPNEEEVLQYARVVIDCATSEPDG
RKRALLIGGGIANFTDVAATFNGIIRALREKESKLKAAKMHIYVRRGGPNYQTGLAKMRALGEELGVPLEV

MS021416 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome