; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS022820 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS022820
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionRibosomal protein S13
Genome locationscaffold29:90578..90901
RNA-Seq ExpressionMS022820
SyntenyMS022820
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005739 - mitochondrion (cellular component)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR001892 - Ribosomal protein S13
IPR010979 - Ribosomal protein S13-like, H2TH
IPR018269 - Ribosomal protein S13, conserved site
IPR027437 - 30s ribosomal protein S13, C-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
AEN56112.1 ribosomal protein S13 [Cucumis melo subsp. melo]6.8e-5398.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

AUD38520.1 ribosomal protein S13 [Cubanola domingensis]5.7e-5296.3Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDG P+RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

XP_038887163.1 ribosomal protein S13, mitochondrial [Benincasa hispida]5.2e-5399.07Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSV DKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

YP_009565407.1 ribosomal protein S13 [Morus notabilis]3.4e-5296.3Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTK+DGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQID+IEQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

YP_009913633.1 ribosomal protein S13 [Luffa acutangula]1.4e-53100Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A2H4WYY1 Ribosomal protein S132.8e-5296.3Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDG P+RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

A0A3S9JII2 Ribosomal protein S133.3e-5398.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

A0A411GS20 Ribosomal protein S131.6e-5296.3Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVAD+QVRIASTK+DGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQID+IEQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

A0A7D6C5F5 Ribosomal protein S136.6e-54100Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

G3EU28 Ribosomal protein S133.3e-5398.15Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARSVADKQVRIAST+IDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFIS+SCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P05488 Ribosomal protein S13, mitochondrial2.4e-5394.44Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR V D+QVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDH+VHWELKRGERADIER ISISCYRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

P07924 Ribosomal protein S13, mitochondrial8.0e-4987.96Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARS+ D+QVRIASTK+DGIGPKKAIQ+RYRLGISGNIK+ ELTKYQIDQIEQMI QDH+VHWELKRGERADIER ISIS YRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNART R
Subjt:  HTNARTCR

P08977 Ribosomal protein S13, mitochondrial4.7e-4988.89Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGARS+ D+QVRIASTK+DGIGPKKAIQ+RYRLGISGNIKI ELTKYQIDQIEQMI QDH+VHWELKRGERADIER ISIS YRGIRHQDG PLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNART R
Subjt:  HTNARTCR

P15758 Ribosomal protein S13, mitochondrial5.2e-4889.81Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR VAD+QVRIASTK+DGIGPKKAIQVR RLG  GNIK KELTKYQIDQIEQM GQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQR+
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNART R
Subjt:  HTNARTCR

P23209 Ribosomal protein S13, mitochondrial2.7e-5293.52Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        ISGAR VADKQVRIA TK+ GIGPKKAIQV YRLGISGNIKIKELTKYQIDQ+EQMIGQDH+VHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
        HTNARTCR
Subjt:  HTNARTCR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22780.1 Ribosomal protein S13/S18 family7.3e-0529.66Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR
        RH  GL +RGQ T T  R
Subjt:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR

AT1G34030.1 Ribosomal protein S13/S18 family7.3e-0529.66Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR
        RH  GL +RGQ T T  R
Subjt:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR

AT1G77750.1 Ribosomal protein S13/S18 family1.5e-1337.74Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        +  A    +K ++    ++ GIG +K+ QV   LGI+  +  ++LT  ++  + + +GQ H    EL+R   ++I+R + + CYRG RH+ GLP RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNART
         TNART
Subjt:  HTNART

AT4G09800.1 S18 ribosomal protein7.3e-0529.66Show/hide
Query:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI
        +++  A T I GIG + A  V  +  +  N +  EL+  +ID +  ++    Q  I  W L R +                   R D+ER   I  +RG+
Subjt:  KQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIG---QDHIVHWELKRGE-------------------RADIERFISISCYRGI

Query:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR
        RH  GL +RGQ T T  R
Subjt:  RHQDGLPLRGQRTHTNAR

AT5G14320.1 Ribosomal protein S13/S18 family5.8e-1031.48Show/hide
Query:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT
        + G    A+K++  +   I GIG  +A Q+   L +   I  K++ + ++  +   + + +++  +L+R     I+R   I CYRG+RH  GLP RGQRT
Subjt:  ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRT

Query:  HTNARTCR
          N RT +
Subjt:  HTNARTCR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATTTCAGGAGCTAGATCAGTTGCCGATAAACAAGTAAGAATTGCCTCAACAAAAATTGATGGAATTGGACCTAAAAAAGCCATTCAGGTTCGTTATCGATTAGGTATCAG
TGGGAACATAAAGATCAAAGAGTTAACTAAGTATCAGATCGACCAAATTGAACAAATGATAGGTCAAGATCATATTGTTCATTGGGAATTGAAGAGGGGAGAACGAGCAG
ACATCGAACGATTCATTTCGATTTCTTGTTATCGTGGAATTCGTCATCAAGATGGATTGCCCTTACGCGGTCAACGAACTCATACTAATGCTAGGACTTGTCGC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTCAGGAGCTAGATCAGTTGCCGATAAACAAGTAAGAATTGCCTCAACAAAAATTGATGGAATTGGACCTAAAAAAGCCATTCAGGTTCGTTATCGATTAGGTATCAG
TGGGAACATAAAGATCAAAGAGTTAACTAAGTATCAGATCGACCAAATTGAACAAATGATAGGTCAAGATCATATTGTTCATTGGGAATTGAAGAGGGGAGAACGAGCAG
ACATCGAACGATTCATTTCGATTTCTTGTTATCGTGGAATTCGTCATCAAGATGGATTGCCCTTACGCGGTCAACGAACTCATACTAATGCTAGGACTTGTCGC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
ISGARSVADKQVRIASTKIDGIGPKKAIQVRYRLGISGNIKIKELTKYQIDQIEQMIGQDHIVHWELKRGERADIERFISISCYRGIRHQDGLPLRGQRTHTNARTCR