; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS022865 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS022865
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionribosomal protein L16
Genome locationscaffold29:247026..247406
RNA-Seq ExpressionMS022865
SyntenyMS022865
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005739 - mitochondrion (cellular component)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000114 - Ribosomal protein L16
IPR016180 - Ribosomal protein L10e/L16
IPR020798 - Ribosomal protein L16, conserved site
IPR036920 - Ribosomal protein L10e/L16 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
QEX95844.1 ribosomal protein L16 [Cercis canadensis]2.2e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFR+NGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

WP_131747059.1 50S ribosomal protein L16 [Candidatus Frankia meridionalis]3.7e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRA IGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

YP_009913655.1 ribosomal protein L16 [Luffa acutangula]2.8e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGT+SCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

YP_009941482.1 ribosomal protein L16, partial [Fagus sylvatica]3.7e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVS GQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

YP_010021234.1 ribosomal protein L16 [Malania oleifera]9.7e-67100Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A344A016 Ribosomal protein L163.0e-6698.43Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGT+LGFGRYGTKSC+AGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

A0A5J6NIR7 Ribosomal protein L161.0e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFR+NGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

A0A7D6C0E5 Ribosomal protein L161.4e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGT+SCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

A0A7L7TAZ3 Ribosomal protein L161.8e-6699.21Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVS GQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

A0A7L9QAD0 Ribosomal protein L164.7e-67100Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P27927 60S ribosomal protein L16, mitochondrial8.8e-6393.7Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRG +PDGTQLGFGRYGTKS RAGRLSYRAIEAARRA IGQF RAMSGQFRRN KIWVRVLADLPITGKP EVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAA LAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

P46801 60S ribosomal protein L16, mitochondrial2.9e-6696.06Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGC+PDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRA IGQFHRAMSGQFRRN KIWVRVLADLPITGKP EVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSLSNARQAA LAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

P49389 60S ribosomal protein L16, mitochondrial5.2e-6392.97Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIG-QFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMD
        SRGCKPDGT+LGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRA IG  F RAMSGQFRRN KIWVRVLADLPITGKP EVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMD
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIG-QFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMD

Query:  GVSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        GVSL+NARQAA LAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  GVSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

Q04715 60S ribosomal protein L16, mitochondrial1.4e-5596.33Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIG FHRAMSGQFRRNGKIWVRVLAD+PITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVS GQI FEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQA
        VSLSNARQA
Subjt:  VSLSNARQA

Q95747 60S ribosomal protein L16, mitochondrial8.8e-6392.13Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGT+LGFGRYG KSC+AG LSYRAIEAARRAIIG FHRAMSGQFRRNGKIWVRV ADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQI FEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSL+NARQAATLAAHK C STKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G28830.1 PLANT U-BOX 122.4e-1540Show/hide
Query:  RYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDGVSLSNARQAATLAA
        RY  ++     ++ R IEA RRA+     R ++        + V + AD P+T +P E RMGRGKG P  W+A V  G+I +EM GVS   AR+A ++AA
Subjt:  RYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDGVSLSNARQAATLAA

Query:  HKPCSSTKFV
         K  + TKF+
Subjt:  HKPCSSTKFV

ATCG00790.1 ribosomal protein L162.5e-2041.46Show/hide
Query:  RGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDGV
        +G    G ++ FGRY  ++     ++ R IEA R        RAM+   RR GKIWVR+  D P+T +P E RMG GKG+P  W+A V  G+I +EM GV
Subjt:  RGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDGV

Query:  SLSNARQAATLAAHKPCSSTKFV
          + AR+A ++AA K    T+F+
Subjt:  SLSNARQAATLAAHKPCSSTKFV

ATMG00080.1 ribosomal protein L161.4e-6896.06Show/hide
Query:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
        SRGCKPDGT+LGFGRYGTKSC+AGRLSYRAIEAARRAIIG FHRAMSGQFRRNGKIWVRV ADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG
Subjt:  SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDG

Query:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
        VSL+NARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS
Subjt:  VSLSNARQAATLAAHKPCSSTKFVQWS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
AGTAGGGGTTGCAAACCGGACGGTACACAACTTGGTTTTGGAAGATATGGCACTAAAAGTTGTAGAGCTGGTCGTCTTTCATATCGAGCCATTGAAGCAGCGCGTCGGGC
TATAATCGGACAATTCCATCGTGCTATGAGCGGACAATTCCGAAGAAATGGTAAAATATGGGTAAGAGTTCTCGCAGATCTCCCTATTACCGGGAAACCTACAGAAGTAA
GAATGGGAAGAGGAAAAGGAAATCCTACGGGTTGGATTGCTCGTGTGTCCACGGGACAAATCCCATTTGAAATGGATGGTGTGAGTTTGTCAAATGCTCGACAAGCCGCT
ACATTAGCGGCGCATAAACCATGTTCGTCAACCAAGTTTGTTCAGTGGTCG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGTAGGGGTTGCAAACCGGACGGTACACAACTTGGTTTTGGAAGATATGGCACTAAAAGTTGTAGAGCTGGTCGTCTTTCATATCGAGCCATTGAAGCAGCGCGTCGGGC
TATAATCGGACAATTCCATCGTGCTATGAGCGGACAATTCCGAAGAAATGGTAAAATATGGGTAAGAGTTCTCGCAGATCTCCCTATTACCGGGAAACCTACAGAAGTAA
GAATGGGAAGAGGAAAAGGAAATCCTACGGGTTGGATTGCTCGTGTGTCCACGGGACAAATCCCATTTGAAATGGATGGTGTGAGTTTGTCAAATGCTCGACAAGCCGCT
ACATTAGCGGCGCATAAACCATGTTCGTCAACCAAGTTTGTTCAGTGGTCG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
SRGCKPDGTQLGFGRYGTKSCRAGRLSYRAIEAARRAIIGQFHRAMSGQFRRNGKIWVRVLADLPITGKPTEVRMGRGKGNPTGWIARVSTGQIPFEMDGVSLSNARQAA
TLAAHKPCSSTKFVQWS