CuGenDBv2

Gene ID	MS023765
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	30S ribosomal protein S3, chloroplastic
Genome location	scaffold486:187009..187368
RNA-Seq Expression	MS023765
Synteny	MS023765
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function) GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001351 - Ribosomal protein S3, C-terminal IPR005704 - Ribosomal protein S3, bacterial-type IPR009019 - K homology domain superfamily, prokaryotic type IPR036419 - Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

YP_009456099.1 ribosomal protein S3 [Momordica charantia]

1.3e-57

98.33

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

YP_009751860.1 ribosomal protein S3 [Indofevillea khasiana]

6.6e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

YP_009752365.1 ribosomal protein S3 [Bryonia marmorata]

6.6e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

YP_009752704.1 ribosomal protein S3 [Ampelosycios humblotii]

6.6e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

YP_009752873.1 ribosomal protein S3 [Baijiania yunnanensis]

8.6e-57

96.67

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQ+QIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A2I6C046 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

6.4e-58

98.33

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A0A6H0ERM9 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

3.2e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A0A6H0ES22 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

3.2e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A0A6H0ETK4 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

3.2e-57

97.5

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A0A6H0EVT0 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

4.1e-57

96.67

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQ+QIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A4QJF3 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

8.3e-55

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +I+M FPKLLIE   R++EELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI+ PYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQA TKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTI AKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A4QJN7 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

8.3e-55

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +I+M FPKLLIE   R++EELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI+ PYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQA TKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTI AKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

A4QL57 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

6.4e-55

90.83

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +I+M FPKLLIE   R+IEELQ+NVQKELNCVNRKLNIAITRI+NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQA TKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTI AKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

Q49KW0 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

9.8e-56

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +I+M FPKLL+EG +R+IEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKA+KKAIELTEQA TKGIQVQIAGR+DGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEW+REGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

Q4VZN0 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

2.2e-55

91.67

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +IFM FPKL+I+ GSRKIEELQ+NVQKE N  NRKLNIAITRI NPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTIRAKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00800.1 structural constituent of ribosome

1.3e-55

Show/hide

Query:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA
        +I+M FPKLLIE   R++EELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRI+NPYG PNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQA TKGIQVQIAGRIDGKEIA
Subjt:  MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIA

Query:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID
        RVEWIREGRVPLQTI AKID
Subjt:  RVEWIREGRVPLQTIRAKID

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGATCTTTATGACATTCCCAAAGTTATTAATAGAAGGTGGGTCTCGCAAAATCGAAGAATTACAGATGAATGTACAAAAAGAATTAAATTGTGTGAACCGAAAACTCAA
CATTGCTATTACAAGAATAGCAAACCCTTATGGACACCCTAATATTCTTGCAGAATTTATAGCCGGACAATTAAAGAATAGAGTTTCATTTCGCAAAGCAATGAAAAAAG
CTATTGAATTAACTGAACAGGCGGGTACAAAGGGAATTCAAGTACAAATTGCGGGGCGTATAGACGGAAAAGAAATTGCACGTGTCGAATGGATCAGAGAAGGGAGGGTT
CCTCTACAAACCATTCGAGCTAAAATTGAT

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MIFMTFPKLLIEGGSRKIEELQMNVQKELNCVNRKLNIAITRIANPYGHPNILAEFIAGQLKNRVSFRKAMKKAIELTEQAGTKGIQVQIAGRIDGKEIARVEWIREGRV
PLQTIRAKID

MS023765 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome