; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS027354 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS027354
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionextensin-3-like
Genome locationscaffold1336:106244..106675
RNA-Seq ExpressionMS027354
SyntenyMS027354
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0058948.1 extensin-3-like [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-1252.38Show/hide
Query:  STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP---------IYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQW
        S  RPIVPY+PFIFPPP  K   + T   PPLPP     RPIVPYYP++FPPPP          YHAFP  +   P++K Y     +++PPPPPK+PYQW
Subjt:  STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP---------IYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQW

Query:  PKKMI
        PK  I
Subjt:  PKKMI

KAF7821775.1 uncharacterized protein G2W53_027230 [Senna tora]6.1e-0944.85Show/hide
Query:  LFFLMALVS-PVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPP--PSLQGRPIVPYYPFRF--PPPPIYHAFPHDS
        L  L+AL+S   LP + +A +YI+ SPP  SP P     P  PYY +  PPPPPK PY   SPP PP  P     P  P  P+ +  PPPP    + + S
Subjt:  LFFLMALVS-PVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPP--PSLQGRPIVPYYPFRF--PPPPIYHAFPHDS

Query:  TPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWPKKMIHKSPPPP
         P  KT Y + S PPPPPK+PY++P      SPPPP
Subjt:  TPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWPKKMIHKSPPPP

XP_008466986.1 PREDICTED: extensin-3-like, partial [Cucumis melo]1.2e-0951.79Show/hide
Query:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPS-LSPSPL-STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--------
        F LF ++ L+S  LPS FAA    H  P S LSP P+ S  RPIVPY+PFIFPPP  K   + T   PPLPP     RPIVPYYP++FPPPP        
Subjt:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPS-LSPSPL-STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--------

Query:  -IYHAFPHDSTP
          YHAFP  + P
Subjt:  -IYHAFPHDSTP

XP_022141653.1 extensin-3-like [Momordica charantia]4.6e-6599.24Show/hide
Query:  MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH
        MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAA+QYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH
Subjt:  MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH

Query:  AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP
        AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP
Subjt:  AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP

XP_022141655.1 leucine-rich repeat extensin-like protein 3 [Momordica charantia]2.3e-0843.1Show/hide
Query:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYHAFPH-DSTPSQKTYYRFKSSPPPPP---KRP
        Y H SPP   PSP++   PIVPY+PF++ P P  +PY+ TSPP P P     PIVPY+PF F P P    + H    PS K  YR   +  PP    +  
Subjt:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYHAFPH-DSTPSQKTYYRFKSSPPPPP---KRP

Query:  YQWPKKMIHKSPPPPF
          WP     K+ PPPF
Subjt:  YQWPKKMIHKSPPPPF

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KD80 Uncharacterized protein5.7e-1346.36Show/hide
Query:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPL--STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQ--GRPIVPYYPFRFP---------PP
        F LF +M+L+S  LPS  A     H  P SL   PL     RPIVP++PF FP P  K       PP  PP+ Q   RPIVPY+P++FP         PP
Subjt:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPL--STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQ--GRPIVPYYPFRFP---------PP

Query:  PIYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQWPKKMIHKSPPPPF
        P YHAFP  +    ++K Y     +++PPPPP +PYQWPK  I KSPPPPF
Subjt:  PIYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQWPKKMIHKSPPPPF

A0A1S3CSG8 extensin-3-like5.9e-1051.79Show/hide
Query:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPS-LSPSPL-STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--------
        F LF ++ L+S  LPS FAA    H  P S LSP P+ S  RPIVPY+PFIFPPP  K   + T   PPLPP     RPIVPYYP++FPPPP        
Subjt:  FVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPS-LSPSPL-STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--------

Query:  -IYHAFPHDSTP
          YHAFP  + P
Subjt:  -IYHAFPHDSTP

A0A5D3CVI1 Extensin-3-like5.7e-1352.38Show/hide
Query:  STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP---------IYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQW
        S  RPIVPY+PFIFPPP  K   + T   PPLPP     RPIVPYYP++FPPPP          YHAFP  +   P++K Y     +++PPPPPK+PYQW
Subjt:  STGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQT--SPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP---------IYHAFPHDS--TPSQKTYYR--FKSSPPPPPKRPYQW

Query:  PKKMI
        PK  I
Subjt:  PKKMI

A0A6J1CIP8 leucine-rich repeat extensin-like protein 31.1e-0843.1Show/hide
Query:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYHAFPH-DSTPSQKTYYRFKSSPPPPP---KRP
        Y H SPP   PSP++   PIVPY+PF++ P P  +PY+ TSPP P P     PIVPY+PF F P P    + H    PS K  YR   +  PP    +  
Subjt:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYHAFPH-DSTPSQKTYYRFKSSPPPPP---KRP

Query:  YQWPKKMIHKSPPPPF
          WP     K+ PPPF
Subjt:  YQWPKKMIHKSPPPPF

A0A6J1CL44 extensin-3-like2.2e-6599.24Show/hide
Query:  MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH
        MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAA+QYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH
Subjt:  MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYH

Query:  AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP
        AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP
Subjt:  AFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQWP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G21310.1 extensin 39.7e-0535.67Show/hide
Query:  MPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYY---PFIFPPPPPKKPYQQTSPPLP-----PPSLQGRPIVP--YYPFRFPPP
        M   V   L+  +S    S+  A  Y + SP    P P+    P V +Y   P    PPPPKK Y+  SPP P     PP +   P  P  +Y ++ PPP
Subjt:  MPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYY---PFIFPPPPPKKPYQQTSPPLP-----PPSLQGRPIVP--YYPFRFPPP

Query:  PIYHAFP---HDSTPSQKTYYRFKSSPPP-----PPKRPYQWP---KKMIHKSPPPP
        P+ H  P   + S P  K +Y +KS PPP     PP   +  P   K  ++KSPPPP
Subjt:  PIYHAFP---HDSTPSQKTYYRFKSSPPP-----PPKRPYQWP---KKMIHKSPPPP

AT3G54580.1 Proline-rich extensin-like family protein1.5e-0536.08Show/hide
Query:  PPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPP------------PKKPYQQTSPP----LPPPSLQGRPIVPYYPF
        PP+V     +   P   S    V Y  P PP  SPSP    +   P Y +  PPPP            P  PY  +SPP     P P +Q +   P Y +
Subjt:  PPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPP------------PKKPYQQTSPP----LPPPSLQGRPIVPYYPF

Query:  RFPPPPIYHAFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPP-----PKRPYQWPK-KMIHKSPPPPF
          PPPP Y       +PS K YY+   SPPPP     P  PY  P  K+ +KSPPPP+
Subjt:  RFPPPPIYHAFPHDSTPSQKTYYRFKSSPPPP-----PKRPYQWPK-KMIHKSPPPPF

AT3G54590.1 hydroxyproline-rich glycoprotein7.4e-0536.92Show/hide
Query:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPL-----PPPSLQGRPIVPYYP------FRFPPPPIYHAFPHDSTPSQKTYYRFKSSP
        Y  P PP  SPSP    +   P  P+++  PPP  PY   SP +     PPP +   P  PYY       ++ PPPP Y       +PS K YY+   SP
Subjt:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPL-----PPPSLQGRPIVPYYP------FRFPPPPIYHAFPHDSTPSQKTYYRFKSSP

Query:  P-------PPPKRPYQWPKKMIHKSPPPPF
        P       PPP   Y    K+++KSPPPP+
Subjt:  P-------PPPKRPYQWPKKMIHKSPPPPF

AT4G08410.1 Proline-rich extensin-like family protein7.4e-0537.98Show/hide
Query:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPP---PKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYY------PFRFPPPPIYHAFPHDS--TPSQKTYYRFKSSP
        Y  P PP  SPSP    +   P Y +  PPPP   P    +  SP  PPP +   P  PYY       ++ PPPP  ++ P     +PS K  Y+   SP
Subjt:  YIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPP---PKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYY------PFRFPPPPIYHAFPHDS--TPSQKTYYRFKSSP

Query:  PPP-----PKRPYQWPK-KMIHKSPPPPF
        PPP     P  PY  P  K+ +KSPPPP+
Subjt:  PPP-----PKRPYQWPK-KMIHKSPPPPF

AT4G13340.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein7.4e-0536.03Show/hide
Query:  PVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPP-----KKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--IYHAFP------HDST
        P  P  +++    H SPP  SP P  +  P  P YP++ PPPPP       P    SPP PPP ++  P  P   +  PPPP  ++++ P      + S 
Subjt:  PVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPP-----KKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPP--IYHAFP------HDST

Query:  PSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQW-PKKMIHKSPPPP
        P    YY   SSPPPPP   Y   P   +H   PPP
Subjt:  PSQKTYYRFKSSPPPPPKRPYQW-PKKMIHKSPPPP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGTGTCTGCAATTGCAATGCCCCCTTTTGTTCTGTTCTTCCTCATGGCATTGGTTTCTCCAGTTCTGCCATCAAAGTTTGCTGCAGTACAATACATCCACCCCTCTCC
TCCGTCGCTGTCGCCGTCGCCACTTTCCACCGGCAGACCCATAGTTCCTTATTACCCTTTTATATTCCCACCACCACCACCCAAGAAGCCTTACCAACAAACATCACCGC
CGCTACCGCCACCGTCGCTGCAGGGAAGGCCAATAGTACCTTATTATCCCTTTAGATTTCCGCCACCTCCGATCTACCACGCCTTTCCCCACGACTCAACACCGTCGCAA
AAGACGTATTACAGATTCAAGTCATCACCTCCACCGCCTCCAAAGAGGCCGTATCAGTGGCCAAAGAAGATGATTCATAAATCTCCCCCACCTCCTTTCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGTGTCTGCAATTGCAATGCCCCCTTTTGTTCTGTTCTTCCTCATGGCATTGGTTTCTCCAGTTCTGCCATCAAAGTTTGCTGCAGTACAATACATCCACCCCTCTCC
TCCGTCGCTGTCGCCGTCGCCACTTTCCACCGGCAGACCCATAGTTCCTTATTACCCTTTTATATTCCCACCACCACCACCCAAGAAGCCTTACCAACAAACATCACCGC
CGCTACCGCCACCGTCGCTGCAGGGAAGGCCAATAGTACCTTATTATCCCTTTAGATTTCCGCCACCTCCGATCTACCACGCCTTTCCCCACGACTCAACACCGTCGCAA
AAGACGTATTACAGATTCAAGTCATCACCTCCACCGCCTCCAAAGAGGCCGTATCAGTGGCCAAAGAAGATGATTCATAAATCTCCCCCACCTCCTTTCTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MVSAIAMPPFVLFFLMALVSPVLPSKFAAVQYIHPSPPSLSPSPLSTGRPIVPYYPFIFPPPPPKKPYQQTSPPLPPPSLQGRPIVPYYPFRFPPPPIYHAFPHDSTPSQ
KTYYRFKSSPPPPPKRPYQWPKKMIHKSPPPPF