; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Moc02g17460 (gene) of Bitter gourd (OHB3-1) v2 genome

Gene IDMoc02g17460
OrganismMomordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
DescriptionReverse transcriptase Ty1/copia-type domain-containing protein
Genome locationchr2:13075396..13075935
RNA-Seq ExpressionMoc02g17460
SyntenyMoc02g17460
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG8497686.1 hypothetical protein CXB51_007144 [Gossypium anomalum]6.0e-0631.93Show/hide
Query:  SNGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPS-----PPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTT
        +NG+IYVSRHV F+E  FPF T    IP  ++P+  +  +   LF  S+S SS+P+     PPT   P L       C  + + S  ++  PS++   T 
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Query:  IHVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIV-NAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSS
        +H   ++    SH++  S                  P +  N HPM TR K+G+ K K +++T SS
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KAG8502752.1 hypothetical protein CXB51_000614 [Gossypium anomalum]2.1e-0632.53Show/hide
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        +NG+IYVSRHV F+E VFPF T    IP  ++P+  +  +   LF  S+S SS+P+     PPT   P L       C  + + S   +  PS++   T 
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Query:  IHVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIV-NAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSS
        +H   ++    SH++  S                  P +  N HPM TR K+G+ K K +++T SS
Subjt:  IHVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIV-NAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSS

TQE01264.1 hypothetical protein C1H46_013171 [Malus baccata]3.5e-0635.08Show/hide
Query:  KIYVSRHVIFDENVFPF-------------ATSSQSIPPSTSPLFPSSD----SPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHS
        KIYVSRHV+FDE  FP+             ++ S  + P   P   +S     SPIPL AS  S S   +PP  S   LS     L  +    S T+L S
Subjt:  KIYVSRHVIFDENVFPF-------------ATSSQSIPPSTSPLFPSSD----SPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHS

Query:  PSSSAPYTTIHVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPL-IVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPILEPTSFVKASKL
        P      T +    T ++ P         ++ V           LP+ +V+ HPMQTR KSGISKKKVF A + S+  + EP +F  A K+
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VVA39357.1 PREDICTED: Retrovirus-related Pol poly from, partial [Prunus dulcis]3.5e-0637.7Show/hide
Query:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSA------PYTTIH
        +IY+SRHV+FDE  FPF +SS S P ST PL        PL  S +  SS  S  T+ +  L             SS T L SP S+A      P  +  
Subjt:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSA------PYTTIH

Query:  VSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPL-IVNAHPMQTRGKSGISKKK-VFLA--TVSSTDPILEPTSFVKASKL
        +S T++ +P+H    S    ++D +VD      LP    N+HPMQTR KSGI K +  FLA  T S   P  EP ++ +A+K+
Subjt:  VSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPL-IVNAHPMQTRGKSGISKKK-VFLA--TVSSTDPILEPTSFVKASKL

VVA41245.1 PREDICTED: Retrovirus-related Pol poly from, partial [Prunus dulcis]3.5e-0637.7Show/hide
Query:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSA------PYTTIH
        +IY+SRH+IFDE  FPF +SS S P ST PL        PL  S +  SS  S  T+ +  L             SS T L SP S+A      P  +  
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Query:  VSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPL-IVNAHPMQTRGKSGISKKK-VFLA--TVSSTDPILEPTSFVKASKL
        +S T++ +P+H    S    ++D +VD      LP    N+HPMQTR KSGI K +  FLA  T S   P  EP ++ +A+K+
Subjt:  VSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPL-IVNAHPMQTRGKSGISKKK-VFLA--TVSSTDPILEPTSFVKASKL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A2N9E6N0 Uncharacterized protein2.0e-0738.24Show/hide
Query:  VSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSS-PS----PPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDT
        VSRHV FDE+VFPF   S +   +  P    + +P  L A    HS S PS    PPT  +   +     L   S T  ++    PSS+AP +T   +  
Subjt:  VSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSS-PS----PPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDT

Query:  IAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF
           + + V SSS  +    ++       S PL+ NAHPMQTRGKSGI+KKK  L T S+ D +  EP SF
Subjt:  IAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF

A0A2N9FEG6 Uncharacterized protein7.7e-0734.45Show/hide
Query:  SNGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQS-----IPPST--SPLFPSSD------SPIPLFASSTSHSSSP--SPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNT----SSA
        +  +IY++R+V+FDE+VFPFATSS S     +PPST   P  P  +       P P  + + S + SP  SPP IS P  +    +L T S +     S+
Subjt:  SNGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQS-----IPPST--SPLFPSSD------SPIPLFASSTSHSSSP--SPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNT----SSA

Query:  TTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIAITPSHVT-SSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVN---AHPMQTRGKSGISKKKVFL----------ATVSSTD-PILE
          +  P+S  P  T   S    I  S ++ + S+        V       +P  V     HPMQTRGK  ISK KVF           A +++TD    E
Subjt:  TTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIAITPSHVT-SSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVN---AHPMQTRGKSGISKKKVFL----------ATVSSTD-PILE

Query:  PTSFVKASK
        PTS+  ASK
Subjt:  PTSFVKASK

A0A2N9GWG5 Uncharacterized protein2.0e-0735.12Show/hide
Query:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIA
        + +VSRHV FDE+VFPF   S +                P F+   +HS + S P  SVP +                     PSS+AP +T   +    
Subjt:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIA

Query:  ITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF
         + + V SSS       ++       S PL+ NAHPMQTRGKSGI+KKK  L T S+ D +  EP SF
Subjt:  ITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF

A0A2N9HH98 Uncharacterized protein2.0e-0735.12Show/hide
Query:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIA
        + +VSRHV FDE+VFPF   S +                P F+   +HS + S P  SVP +                     PSS+AP +T   +    
Subjt:  KIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIA

Query:  ITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF
         + + V SSS       ++       S PL+ NAHPMQTRGKSGI+KKK  L T S+ D +  EP SF
Subjt:  ITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF

A0A2N9HKM9 Uncharacterized protein3.1e-0837.71Show/hide
Query:  NGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSS-PS----PPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTI
        + + +VSRHV FDE+VFPF   S +   S  P    + +P  L A    HS S PS    PPT  +   +     L   S T  ++    PSS+AP +T 
Subjt:  NGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSS-PS----PPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTI

Query:  HVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF
          +     + + V SSS       ++       S PL+ NAHPMQTRGKSGI+KKK  L T S+ D +  EP SF
Subjt:  HVSDTIAITPSHVTSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPI-LEPTSF

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGCAATGGCAAAATCTATGTTTCTCGGCATGTTATCTTTGATGAAAATGTTTTTCCATTTGCTACATCTTCTCAATCTATCCCTCCGTCTACTTCTCCTTTATTCCC
TTCCTCTGATTCTCCAATTCCTCTGTTTGCCTCCTCTACTTCTCACTCTAGTTCCCCTTCTCCTCCTACAATATCTGTACCACAATTGTCTGGTGATGGTCATGTTTTGT
GTACTAATTCTAATACATCTTCAGCCACTACTCTTCATTCACCATCATCTTCTGCCCCTTATACTACTATTCATGTTTCTGATACTATTGCCATAACACCTTCACATGTT
ACTTCTTCATCTGCTGGTGTTGCTAATGTTGATAATGTTGTTGATAATGGTGGTGGTGGCTCTCTTCCTCTTATTGTTAATGCCCATCCTATGCAAACTCGAGGCAAGTC
CGGTATCTCTAAGAAGAAGGTCTTTCTTGCTACTGTTTCTTCTACTGATCCCATTTTGGAACCTACTTCATTTGTCAAGGCATCTAAACTACATGTATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGCAATGGCAAAATCTATGTTTCTCGGCATGTTATCTTTGATGAAAATGTTTTTCCATTTGCTACATCTTCTCAATCTATCCCTCCGTCTACTTCTCCTTTATTCCC
TTCCTCTGATTCTCCAATTCCTCTGTTTGCCTCCTCTACTTCTCACTCTAGTTCCCCTTCTCCTCCTACAATATCTGTACCACAATTGTCTGGTGATGGTCATGTTTTGT
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CGGTATCTCTAAGAAGAAGGTCTTTCTTGCTACTGTTTCTTCTACTGATCCCATTTTGGAACCTACTTCATTTGTCAAGGCATCTAAACTACATGTATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSNGKIYVSRHVIFDENVFPFATSSQSIPPSTSPLFPSSDSPIPLFASSTSHSSSPSPPTISVPQLSGDGHVLCTNSNTSSATTLHSPSSSAPYTTIHVSDTIAITPSHV
TSSSAGVANVDNVVDNGGGGSLPLIVNAHPMQTRGKSGISKKKVFLATVSSTDPILEPTSFVKASKLHV