CuGenDBv2

Gene ID	Moc06g30400
Organism	Momordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
Description	Photosystem II D2 protein
Genome location	chr6:22855891..22856829
RNA-Seq Expression	Moc06g30400
Synteny	Moc06g30400
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0010242 - oxygen evolving activity (molecular function) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000484 - Photosynthetic reaction centre, L/M IPR005868 - Photosystem II D2 protein IPR036854 - Photosystem II protein D1/D2 superfamily

Homology

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        MTIAIGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG
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Query:  DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNLFHMM
        DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLN FHMM
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Query:  GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
        GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
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Query:  SQEIRAAEDPEF
        SQEIRAAEDPEF
Subjt:  SQEIRAAEDPEF

Q4VZN8 Photosystem II D2 protein

2.7e-182

99.36

Show/hide

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        MTIA+GKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG
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        DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLN FHMM
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Query:  GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
        GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
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Query:  SQEIRAAEDPEF
        SQEIRAAEDPEF
Subjt:  SQEIRAAEDPEF

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00020.1 photosystem II reaction center protein A

6.1e-36

29.53

Show/hide

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        ++   L+    +W+   +  +++GW G+L+ P    A   +             G+    + S L G N ++ A+   + ++      +W          
Subjt:  KDENDLFDIMDDWL-RRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGL----ASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQGDFTR

Query:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNLFHMMGVAG
        W   GG +  + LH   G+  +M R++EL+  + +RP+ A+A+S P+A   +VFLIYP+GQ  +      G++  F F++ FQ  HN  ++ FHM+GVAG
Subjt:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNLFHMMGVAG

Query:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF
        V G +L  A+HG+ V ++L  E  +  +    +   Q EETY++V A+ ++ ++     +F+N R LHFF+   PV G+W +ALG+  +A NL  ++F
Subjt:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF

ATCG00270.1 photosystem II reaction center protein D

5.3e-181

98.08

Show/hide

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        MTIA+GKFTKDE DLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFA+GGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG
Subjt:  MTIAIGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG

Query:  DFTRWCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNLFHMM
        DFTRWCQLGGLW FVALHGAF LIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLN FHMM
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Query:  GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
        GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
Subjt:  GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV

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        SQEIRAAEDPEF
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGACTATAGCCATTGGTAAATTTACCAAAGACGAAAATGATTTATTCGATATTATGGATGACTGGTTACGGAGGGACCGTTTCGTTTTTGTAGGTTGGTCCGGT
CTATTGCTCTTTCCTTGTGCCTATTTTGCCGTAGGAGGTTGGTTTACAGGTACAACCTTTGTAACTTCATGGTATACCCATGGATTGGCAAGTTCCTATTTGGAA
GGATGCAACTTCTTAACCGCCGCAGTATCTACTCCTGCTAATAGCTTAGCACACTCTTTGTTGTTACTATGGGGTCCTGAAGCACAAGGAGATTTTACTCGTTGG
TGTCAATTAGGTGGTCTGTGGACTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGGACTAATAGGTTTCATGTTACGTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGTTCAATTGCGA
CCTTATAATGCAATCGCATTCTCGGGTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGTATTCCTGATTTATCCACTAGGTCAGTCTGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGT
GTAGCAGCTATATTTCGATTCATCCTCTTTTTCCAAGGGTTTCATAATTGGACATTGAACCTATTTCATATGATGGGAGTTGCCGGTGTATTGGGCGCTGCTCTG
CTATGCGCTATTCATGGTGCTACCGTAGAAAATACCTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCTGAAGAAACTTAT
TCAATGGTCACTGCTAACCGCTTTTGGTCCCAAATCTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACCGGTTTA
TGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTTGGTCTGGCCCTGAACCTACGTGCCTATGACTTCGTTTCTCAGGAAATCCGTGCAGCGGAAGATCCGGAATTTTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

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MTIAIGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQGDFTRW
CQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNLFHMMGVAGVLGAAL
LCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEF

Moc06g30400 (gene) of Bitter gourd (OHB3-1) v2 genome