; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Moc07g04110 (gene) of Bitter gourd (OHB3-1) v2 genome

Gene IDMoc07g04110
OrganismMomordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
DescriptionRetrotransposable element Tf2
Genome locationchr7:3562376..3562585
RNA-Seq ExpressionMoc07g04110
SyntenyMoc07g04110
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0032916.1 Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa]1.0e-0657.97Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V +  D DDL  DA S ASVN   + D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

KAA0056777.1 Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa]8.0e-0754.41Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V + D +D   +  S ASVNN    D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

KAA0060292.1 hypothetical protein E6C27_scaffold22G00670 [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-1471.01Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDV-EDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MSSLAG GSQ +FN V+NTVAVQI D DDLQA+ANS  S+NN + EDDEDDF+ +  YDINDP+LDSQP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDV-EDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

KAA0063832.1 Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa]6.1e-0754.41Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V + D +D   +  S ASVNN    D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

TYK28077.1 polyprotein [Cucumis melo var. makuwa]8.0e-0757.97Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V +  D DDL  DA S ASVN   + D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SS94 Retrotransposable element Tf25.0e-0757.97Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V +  D DDL  DA S ASVN   + D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

A0A5A7UVN1 Retrotransposable element Tf23.9e-0754.41Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V + D +D   +  S ASVNN    D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

A0A5A7UWR6 Uncharacterized protein8.6e-1571.01Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDV-EDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MSSLAG GSQ +FN V+NTVAVQI D DDLQA+ANS  S+NN + EDDEDDF+ +  YDINDP+LDSQP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDV-EDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

A0A5A7V6D1 Retrotransposable element Tf23.0e-0754.41Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V + D +D   +  S ASVNN    D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

A0A5D3DW87 Polyprotein3.9e-0757.97Show/hide
Query:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP
        MS+LAGA +Q +FNSV+N V V +  D DDL  DA S ASVN   + D+ D+DP+EG DINDP+LD+QP
Subjt:  MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIF-DLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGCTCACTAGCTGGAGCCGGATCTCAAGCCGACTTCAACTCAGTTCTCAATACCGTCGCCGTTCAAATCTTTGATCTAGACGACCTTCAGGCGGATGCTAATTCCTC
CGCCTCTGTCAATAATGATGTTGAAGACGACGAAGACGACTTCGATCCCTTCGAAGGATACGACATCAACGATCCATATCTAGATTCACAGCCCTGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGCTCACTAGCTGGAGCCGGATCTCAAGCCGACTTCAACTCAGTTCTCAATACCGTCGCCGTTCAAATCTTTGATCTAGACGACCTTCAGGCGGATGCTAATTCCTC
CGCCTCTGTCAATAATGATGTTGAAGACGACGAAGACGACTTCGATCCCTTCGAAGGATACGACATCAACGATCCATATCTAGATTCACAGCCCTGCTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSSLAGAGSQADFNSVLNTVAVQIFDLDDLQADANSSASVNNDVEDDEDDFDPFEGYDINDPYLDSQPC