; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Moc09g40200 (gene) of Bitter gourd (OHB3-1) v2 genome

Gene IDMoc09g40200
OrganismMomordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationchr9:30751295..30757602
RNA-Seq ExpressionMoc09g40200
SyntenyMoc09g40200
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]4.6e-9193.55Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]9.3e-9293.58Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.2e-9193.09Show/hide
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XP_022151054.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Momordica charantia]6.2e-96100Show/hide
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XP_038892593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Benincasa hispida]9.3e-9296.13Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.5e-9293.58Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X12.2e-9193.55Show/hide
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A0A6J1DBV4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.0e-96100Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X11.4e-8891.44Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like7.9e-8993.01Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.7e-5767.17Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.5e-6576.84Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A3.2e-5567.39Show/hide
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        M RVY+GNLDPRVT R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS NA    GG   R R G  + KCYECGE GH
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        FARECR R  S  +G G RRS S  R RSP Y R   YGRRS SP G RSPRRRS++ P R RSYSRSP Y   R  SP Y NG
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ218.0e-5465.03Show/hide
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        M R+Y+GNLDPRVT  +LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDD+RDA DA++ LDGKNGWRVELS N+   GG    R R GG ++KCYECGE GH
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        FARECR R     +G G RRS S  R RSP Y +   YGRRS SPR  RSPRRRS++ P RGRSYSRSP     R  SPYA+G
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.5e-5765.62Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRVTER+LEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ +DGKNGWRVE SHN  G GG GG RG G      GG DLKCYE
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        CGE GHFARECRSRG S    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 213.2e-6676.84Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 213.2e-6676.84Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 213.9e-6475.14Show/hide
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        FARECR     R  G   RRSPSPRRRRSP Y      S SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +RR SP
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.9e-5867.17Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.9e-5867.17Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRVTER+LEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ALDGKNGWRVE SHN        +G   GGGGG RG  GG DLK
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCGAGCTAAGATTTGAACAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGCCGGCGCCGCTTCTTACCTTATCACCGGGGGATCTGATCGAACTCTTTGACGATTT
TGAGAGATCGTTTCTCTTGGTGGTTCTTCGCTTGTTCGGAACAATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTC
GAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGCGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTGGAT
GGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCATAACGCTAAAGGCAGTGGAGGTGGTGGCGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGATGATCTGAAATGTTATGAATGTGG
TGAACCTGGTCATTTTGCTCGAGAATGTCGCTCCCGTGGGGCTTCACGAAGCATAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCCCCTCGTCGTCGTAGGAGTCCTAGTTATG
AAAGATATGGTCGCAGGAGCAACAGTCCTCGTGGCAAAAGATCCCCAAGACGCCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGGAGCTACAGCAGGTCTCCTCCATACCGC
CATGCTCGTCGCAGTTCACCTTATGCTAATGGAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTTCGAGCTAAGATTTGAACAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGCCGGCGCCGCTTCTTACCTTATCACCGGGGGATCTGATCGAACTCTTTGACGATTT
TGAGAGATCGTTTCTCTTGGTGGTTCTTCGCTTGTTCGGAACAATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFELRFEQTSEHRSSATTPAPLLTLSPGDLIELFDDFERSFLLVVLRLFGTMTRVYIGNLDPRVTERDLEDEFRMFGVLRSVWVARRPPGYAFIEFDDRRDALDAIQALD
GKNGWRVELSHNAKGSGGGGGRRGRGGGDDLKCYECGEPGHFARECRSRGASRSIGGGLRRSPSPRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKRSPRRRSITPPKRGRSYSRSPPYR
HARRSSPYANGD