CuGenDBv2

Gene ID	Moc10g02260
Organism	Momordica charantia cv. OHB3-1 (Bitter gourd (OHB3-1) v2)
Description	protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic
Genome location	chr10:1453500..1456217
RNA-Seq Expression	Moc10g02260
Synteny	Moc10g02260
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR038789 - Protein LOW PSII ACCUMULATION 2 like

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6600161.1 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

9.7e-77

81.86

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP IPL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEK
        K  +
Subjt:  KGEK

XP_022140851.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Momordica charantia]

1.1e-101

100

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

XP_022941727.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita moschata]

1.3e-78

82.93

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP IPL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

XP_022973018.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita maxima]

1.1e-77

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP  PL FPSK  F+IKSQ  S SESEK ISK VDDA+V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

XP_023554492.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]

5.1e-78

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP  PL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3AXX6 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

5.7e-75

79.31

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQI+ HSPSSFT+KPY LP   L F SK  F+IKSQN   SESEK ISK+VDDA +ATSSK S+SS QGFGSS  QSTS  + K+TP   KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVG+VDE+ AKEQ RNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+  VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEK K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A5A7VJY0 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2

1.7e-74

78.82

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQI+ HSPSSFT+KPY LP   L F SK  F+IKSQN   SESEK ISK+VDDA +ATSSK  +SS+QGFGSS  QSTS  + K+TP   KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVG+VDE+ AKEQ RNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+  VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEK K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A6J1CH98 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

5.5e-102

100

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A6J1FNA7 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

6.5e-79

82.93

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP IPL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

A0A6J1IBT8 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

5.5e-78

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTRKPY LP  PL FPSK  F+IKSQ  S SESEK ISK VDDA+V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4KDA6 Protein LPA2

2.8e-42

54.9

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQI  HSP SF+ +PY L      F + RN  F IK QNS      ++ S   +D S    SK SSSS  GFG SP  S+S     +  + G +KGK 
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        +R  + RR+PVEKPVF+ +     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK  VKY+YP FTP+V LFVAGT AYGVLKY+QNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEK
        KG++
Subjt:  KGEK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G51545.1 low psii accumulation2

2.0e-43

54.9

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQI  HSP SF+ +PY L      F + RN  F IK QNS      ++ S   +D S    SK SSSS  GFG SP  S+S     +  + G +KGK 
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        +R  + RR+PVEKPVF+ +     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK  VKY+YP FTP+V LFVAGT AYGVLKY+QNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEK
        KG++
Subjt:  KGEK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTACAAATAATCCCCCACTCTCCCTCTTCTTTCACCAGGAAACCCTATCGCCTTCCCACCATACCTCTTCAATTTCCCTCAAAACGTAATTTCGTCATCAAATC
ACAGAATTCGTCGGAGTCGGAGTCGGAGAAGCTCATTTCGAAGGTTGTTGATGATGCTTCAGTTGCGACGTCATCCAAGGCGTCGAGCTCATCTGCTCAAGGTTTTGGTT
CTTCACCGACTCAATCAACAAGCAAATTGAGTCCGAAGGCCACTCCTTCTAAGGGGAAGCAGAAGGGCAAGCGGCAGAGGGCATCGATTATTCGGCGTTCGCCGGTGGAG
AAACCGGTGTTTGTTGGACAGGTAGATGAAGAGGCGGCTAAGGAGCAGGGCAGGAATGAGAGCTATTTTCTTCTTACTTGGTTGGGTCTTGGTGCTGTGATCCTCGTCGA
GGGCATTGTGCTCGCGGCATCCGGTTTCTTACCGGAAGAGTGGGATAAGTTCCTTGTCAAATATTTGTATCCATCCTTTACACCAACCGTTTCTCTGTTTGTTGCTGGAA
CTGTTGCATATGGAGTTTTGAAGTATCTTCAGAACGAGAAAACTAAAGGTGAGAAATCATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQIIPHSPSSFTRKPYRLPTIPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQRASIIRRSPVE
KPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKGEKS

Moc10g02260 (gene) of Bitter gourd (OHB3-1) v2 genome