CuGenDBv2

Gene ID	PI0001594
Organism	Cucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description	Photosystem II PsbX
Genome location	chr05:152256..152624
RNA-Seq Expression	PI0001594
Synteny	PI0001594
Gene Ontology terms	GO:0015979 - photosynthesis (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0019904 - protein domain specific binding (molecular function)
InterPro domains	IPR009518 - Photosystem II PsbX

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0061475.1 membrane family protein [Cucumis melo var. makuwa]

2.5e-51

100

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_008459641.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103498700 [Cucumis melo]

2.7e-50

98.36

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISM MPITNAAQKR RRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_011648590.1 uncharacterized protein LOC105434533 [Cucumis sativus]

2.1e-50

99.18

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_022946746.1 uncharacterized protein LOC111450721 [Cucurbita moschata]

6.9e-46

90.16

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

XP_038890010.1 uncharacterized protein LOC120079733 [Benincasa hispida]

3.9e-49

96.72

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRAR AEAFAKPLPLRPSNKP+ SS+SSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LIL7 Uncharacterized protein

1.0e-50

99.18

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAG GVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A1S3CAS0 uncharacterized protein LOC103498700

1.3e-50

98.36

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISM MPITNAAQKR RRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A5A7V6L0 Membrane family protein

1.2e-51

100

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A6J1G4H3 uncharacterized protein LOC111450721

3.4e-46

90.16

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVVTAILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

A0A6J1KCH8 uncharacterized protein LOC111493667

1.3e-45

89.34

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+SMAMPITNA QKRAR  +AFAK LPLRPSNKP+ SS+S AKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        VVV AILGA+IGV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G06520.1 photosystem II subunit X

1.5e-27

55.74

Show/hide

Query:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG
        MASTSA+S+  P+         R+  F KPLPL+PS     +   + + QV+A   +KA+ G++A ALTASMV+PE+AEAAG G+SPSLKNFLLSIA+GG
Subjt:  MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGG

Query:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT
        +V+T I+G V+GV+NFDPVKRT
Subjt:  VVVTAILGAVIGVANFDPVKRT

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCTTCAACTTCTGCAATTTCAATGGCGATGCCAATTACTAATGCGGCACAGAAGAGAGCGAGGAGGGCCGAAGCCTTTGCCAAACCATTGCCTTTGAGGCCTTCCAA
CAAGCCAAGTGGCTCCTCAAGCTCCAGCGCCAAGTTCCAAGTGCGGGCTTCTTTGAAGGAGAAGGCTGTTGCTGGACTGGCTGCAACGGCACTAACAGCTTCCATGGTCC
TTCCTGAGGTGGCTGAAGCTGCTGGCCCTGGAGTTAGTCCCTCTCTCAAGAATTTCTTGCTCAGCATTGCCGCCGGTGGAGTAGTCGTCACTGCTATCTTGGGTGCAGTT
ATCGGCGTCGCCAATTTCGATCCTGTCAAGCGGACCTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MASTSAISMAMPITNAAQKRARRAEAFAKPLPLRPSNKPSGSSSSSAKFQVRASLKEKAVAGLAATALTASMVLPEVAEAAGPGVSPSLKNFLLSIAAGGVVVTAILGAV
IGVANFDPVKRT

PI0001594 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome