; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0001896 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0001896
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like
Genome locationchr12:20179745..20184701
RNA-Seq ExpressionPI0001896
SyntenyPI0001896
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR001857 - Ribosomal protein L19
IPR008991 - Translation protein SH3-like domain superfamily
IPR038657 - Ribosomal protein L19 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_031743853.1 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic isoform X2 [Cucumis sativus]1.1e-10594.04Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LV41 Uncharacterized protein5.2e-10694.04Show/hide
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A0A1S3CHC3 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic-like isoform X13.2e-10392.69Show/hide
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A0A1S3CHF9 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic-like isoform X21.3e-10493.12Show/hide
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A0A6J1GUP7 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X21.7e-8578.9Show/hide
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        FQS + H FQLAEIA PFSSRGIATTSSMESA QGS  +D  +  PRIKFKRLDKTS+HIMQILDKEAVEEVKA REIPDI+PGYIVQLKVEVPENKRR+
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A0A6J1I0B3 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic-like isoform X11.5e-8478.9Show/hide
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        FQS RPH +QLAEIA PFSSRGIA TSS ES+ QGSP VD  +   RIKFK LDKTS+HIMQILDKEA  EVKA REIPDI+ GYIVQLKVEVPENKRR+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B6IP95 50S ribosomal protein L192.9e-0544.26Show/hide
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        +I+Q L++E V ++ A + IP   PG  V++ V+V E  R R+   +G+VIAR+NAGLNS+
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P82413 50S ribosomal protein L19, chloroplastic1.4e-1035.85Show/hide
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        R FS S N  S    + +S   F       SS FS+  S  +R  F     AE ++   +  +A  +  E  ++     ++   PPR +  +L      I
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        M IL+K+AV   +  R +P IR G IVQ+++EVPENKRR+S  KGIVI+R+NAG+++T+
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Q2G8H1 50S ribosomal protein L193.8e-0545Show/hide
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        +++Q L+ EA+ E KA +EIPD R G  V++ V V E +R R+   +G+ IAR N GL S
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Q8RXX5 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic2.7e-1134.85Show/hide
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        H+SS   F+     R  F   AE +T   +  +   A  +  E   + + A +++  P + + K  D     IM +L+K+A+E  +  R +P +R G IV
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        ++K+EVPENKRR+S  KGIV++R+NAG+++T+
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Q8W463 50S ribosomal protein L19-1, chloroplastic1.4e-1040Show/hide
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        T  ++E  ++  P        PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+IR G IV++K+EVPENKRR+S  KGIV++R+NAG+++T+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24240.1 Ribosomal protein L19 family protein1.3e-3257.86Show/hide
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        N S ++ F       ++T+         F  LA +    FSSR  +TT     ++QGSP   D VVP RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV+  REI
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        P+I+PGYIVQLKVEVPENKRR+S +KG+VIARRNAGLNST
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AT4G11630.1 Ribosomal protein L19 family protein1.3e-3252.76Show/hide
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        S+S +L  + S S   +SE   N S ++ F   P  + A+   S+ +++      + +    ++SR  +TT   +S++QGSP   D VVP RIKFKRLDK
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        T++HIMQI+DKEAVEEV++ REIP+I+PGYIVQLKVEVPENKRR+S +KG+VIARRNAGLNST
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AT4G17560.1 Ribosomal protein L19 family protein9.6e-1240Show/hide
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        T  ++E  ++  P        PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+IR G IV++K+EVPENKRR+S  KGIV++R+NAG+++T+
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AT5G11750.1 Ribosomal protein L19 family protein1.9e-3153.37Show/hide
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        S+S +L   S S S   +SE    M     F P  + A+   S+ ++       + +    +S R  +TT  S++S  QGSP   D VVP RIKFKRLDK
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AT5G47190.1 Ribosomal protein L19 family protein1.9e-1234.85Show/hide
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        H+SS   F+     R  F   AE +T   +  +   A  +  E   + + A +++  P + + K  D     IM +L+K+A+E  +  R +P +R G IV
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        ++K+EVPENKRR+S  KGIV++R+NAG+++T+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGCTCCAATGTCGATGGAAAACAGTTTTACTATTCCTTGTCTTTTTGGGAAGTCATATGGGTCTTTGAGTGGTTCCCTCTTGAGGTCTTTCTCGAGGTCGGGCAATCAAT
ATTCGGAAGCCTTCAAAAATATGAGCTCTCAAATGGAATTTGTGCCTTTGAGGAAACATGCATCTTCAACTTTTTCAGCATTCCAAAGTTCTAGGCCACATTTTTTTCAG
TTGGCAGAAATTGCAACTCCTTTTTCTAGTAGGGGCATTGCTACGACAAGCTCGATGGAATCAGCTCTACAGGGATCCCCTGCAGTTGATGATTCTGTTGTACCACCTCG
CATCAAATTTAAGAGACTTGATAAAACTTCAAGACACATAATGCAGATTTTAGATAAGGAAGCTGTTGAGGAGGTAAAAGCACATAGGGAAATTCCAGATATAAGGCCAG
GCTATATTGTGCAGCTCAAAGTGGAAGTACCTGAGAACAAGCGACGTATCTCAACATTGAAAGGTATTGTGATAGCCAGACGAAATGCCGGTCTAAACTCAACTTTAGAA
TAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TCTTCTTCTTCATCTTAACGCCGTCTCCTCCTCTGTTTCACCCCATTGGTTTCGCCTCCGCCGTCGTCTTTTTTACGCTCGTGCCGCCGAACCCTCTTTCCCTGCGGTTT
TGCACTGATTTCTAACTCCTTTGTTGTTTCTGGTATTCTTCCAATCTTCATCTACGTCTTTTTTTTCACTTGAAAACACATGGGTTTGAACTTGTCCAATGAAACAATGA
AGGAGTTTTTTCATTTTTTTTAATAAAAAAATTGAAACGTGGTTTGTATTTGGCTGATCTGATTCGGACGTGAATCAATCATCCAATTCTCTACTTTTTTTTTCTTTTTT
GGTTTCATTTTTCGAATTTCTTGTTTACTTGTGATCCAGAATAAGCTGACATCTCCAGAAATCTTGATCAGCAATGTATATTTAAGCTACATTGTTTATACGCTGCTTCA
CTTCCATCGTGTTTCTTCTCACCTGCCTGTTTTGTAACAATTCTACGGAGATTGTTTTATATTACTCAACGCTCATGGAGTTTCTGTGGATAATGCAGCTGGAAATCTAG
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AGGCCAGGCTATATTGTGCAGCTCAAAGTGGAAGTACCTGAGAACAAGCGACGTATCTCAACATTGAAAGGTATTGTGATAGCCAGACGAAATGCCGGTCTAAACTCAAC
TTTAGAATAAGGAGGGTAGTTGCTGGTGTTGGGATTGAGTCCCTCTTCCCTCTATACTCACCGAACATAAAAGAGATTAAGGTGTTGGAGAAGAAGAAAGTGCGCAGAGC
TAAGCTTTACTATCTTAGGGACAAAATGAACGCGCTTAAGAAGCAGTAGCAAGGTTTCTATTCAATGGGATCAGAAGTGTTTCCGTAACATGGAGCGTTTAAATTCTTTT
GAGCGAAACATCTCACGAGCTTTCATGACTATTTTATCCTGTTTATGCCTGGAGGATCAGCATGAGAAACTAGTGGAGCTAAAATAAGAAATAAAAAAATGACTTCACAT
TGATTGCCTCAAGAAGAAAATGTTCGTTCTTTTATATGATTAGTTGCTGAAGCAAACCATGTCATCATTTTATCTTTTTGCTGATCGGTTGCCTGATTTTGCCCCTTCTT
TGGAATGCTAAAGAGCTTGCTGGTTGTAATGTCTGTGGCTGATGAATATTATCATCTTTCTGAATGAAGGATATATTTATTATTAATCATTAACAGGGTTTCCATTCCTT
ACAAACCTTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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