; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0001942 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0001942
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionRetrotransposon gag protein
Genome locationchr08:10194515..10195696
RNA-Seq ExpressionPI0001942
SyntenyPI0001942
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR005162 - Retrotransposon gag domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031967.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-18078.83Show/hide
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KAA0056713.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]4.8e-14971.92Show/hide
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        ND Q   QA  +S+NQG+NLE ++KALATNT SFQ EMKQQ++QLT AISK++GKGKL AQPDHANVSAISLRS  I Q P
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KAA0058150.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold274G004630 [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-16073.6Show/hide
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        GSITTWG LKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQA GESLS+YWERFKELCAS PH+HI DPSLIQYFYSGLL+ DRNTVDAA GGALADKTPTEAR+L
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        ISRM ENSQ+FGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQG  +KV KCGVCGL+ HPNDKCP+++E+ N++R+YDPH                 
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                        G+NLED++KALATNT+SFQ EMKQQM+QLT AISK++GKGKLPAQPDHAN          + QTP    L N+K P N
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KAA0061138.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]1.3e-14981.5Show/hide
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        +RPHG+ +EQLNLRAFPFSLTD AKRWLYY+EPGSITTWG LKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQA GESLS+YW+R KELCASFPHHHISDPSLIQ
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        YF+SGLL+ DRNT+D  AGGALADKTPTEARELISRM ENSQ+FGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQG   KV KCGVCGL+ HPNDKC
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          ++E+ N++R+YDPH NTYN+GWRDNPNLRWGND Q+  QA S+S+NQG+NLED++KAL TNT+SFQ EMKQQM+QLT AISK++GKGKLPAQPD+ANV
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Query:  SAISLRSGTILQTPLSNEK
        SAISLRSG IL TP + EK
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TYK10613.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]5.3e-14870.73Show/hide
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        MG+VREKTLREL+EP+EDQRPLCIVIPPTTQPFELK  LIHLLPI+KG                                                  +P
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         SITTWG LKKKFLEKFF ASRANNIRKEIYGIRQA  ESLSEYWERFKELCASFPHHHI DPSL QYFYSGLL++DRNTVDA AG ALADKTPTEA EL
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SRF5 Retrotransposon gag protein5.1e-18178.83Show/hide
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        MG+VREKT+R+L E +EDQRPLCIVI  TTQPFELKPRLIHLLPI+KG+SGE+PHKHLKDFHM CDS+RPHG+ EEQLNLRAFPFSLTD AKRWLYYLEP
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A0A5A7ULC7 Retrotransposon gag protein2.3e-14971.92Show/hide
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        MG+VREKTL+EL +P+EDQRPLCIVIPPTTQPFELK  LIHLLPI+KG                                           KRWLYYLEP
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        GSITTWG LKKKFLEKFFPAS+ANNIRKEIYGIRQA GESLS YWERFKELCASFP  HIS+PSLIQYFYSGLL++D+NTVDAAAGGALADKTP EA+EL
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        ISRMAENSQ+FGNRASEL NSLTKEVSE+KSQMLNMTTLLTSFVQG  +KV KCGV G + HPNDKCP+++E+ N+++KYDPHGNTYN+GWRDNPNLRWG
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A0A5A7USL5 Retrotrans_gag domain-containing protein7.7e-16173.6Show/hide
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        MG+VREK LREL+EPNED RPLCIVIPPTTQPFELKP LIHLLPI+KGSSGE+PHKHLKDFHM CDS+RP+ + EEQLNLRAFPF LTD AK WLYYLEP
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        GSITTWG LKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQA GESLS+YWERFKELCAS PH+HI DPSLIQYFYSGLL+ DRNTVDAA GGALADKTPTEAR+L
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        ISRM ENSQ+FGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQG  +KV KCGVCGL+ HPNDKCP+++E+ N++R+YDPH                 
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Query:  NDAQRSAQATSSSNNQGSNLEDLVKALATNTISFQNEMKQQMSQLTNAISKLEGKGKLPAQPDHANVSAISLRSGTILQTP----LSNEKVPSN
                        G+NLED++KALATNT+SFQ EMKQQM+QLT AISK++GKGKLPAQPDHAN          + QTP    L N+K P N
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A0A5A7V0Q7 Retrotransposon gag protein6.1e-15081.5Show/hide
Query:  IRPHGVFEEQLNLRAFPFSLTDTAKRWLYYLEPGSITTWGGLKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQALGESLSEYWERFKELCASFPHHHISDPSLIQ
        +RPHG+ +EQLNLRAFPFSLTD AKRWLYY+EPGSITTWG LKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQA GESLS+YW+R KELCASFPHHHISDPSLIQ
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Query:  YFYSGLLTTDRNTVDAAAGGALADKTPTEARELISRMAENSQNFGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQGGNMKVAKCGVCGLIRHPNDKC
        YF+SGLL+ DRNT+D  AGGALADKTPTEARELISRM ENSQ+FGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQG   KV KCGVCGL+ HPNDKC
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          ++E+ N++R+YDPH NTYN+GWRDNPNLRWGND Q+  QA S+S+NQG+NLED++KAL TNT+SFQ EMKQQM+QLT AISK++GKGKLPAQPD+ANV
Subjt:  PDLVEEANVIRKYDPHGNTYNAGWRDNPNLRWGNDAQRSAQATSSSNNQGSNLEDLVKALATNTISFQNEMKQQMSQLTNAISKLEGKGKLPAQPDHANV

Query:  SAISLRSGTILQTPLSNEK
        SAISLRSG IL TP + EK
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A0A5D3CFE7 Retrotransposon gag protein2.6e-14870.73Show/hide
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        MG+VREKTLREL+EP+EDQRPLCIVIPPTTQPFELK  LIHLLPI+KG                                                  +P
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Query:  GSITTWGGLKKKFLEKFFPASRANNIRKEIYGIRQALGESLSEYWERFKELCASFPHHHISDPSLIQYFYSGLLTTDRNTVDAAAGGALADKTPTEAREL
         SITTWG LKKKFLEKFF ASRANNIRKEIYGIRQA  ESLSEYWERFKELCASFPHHHI DPSL QYFYSGLL++DRNTVDA AG ALADKTPTEA EL
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Query:  ISRMAENSQNFGNRASELDNSLTKEVSELKSQMLNMTTLLTSFVQGGNMKVAKCGVCGLIRHPNDKCPDLVEEANVIRKYDPHGNTYNAGWRDNPNLRWG
        ISRMAEN Q+FGNRAS+L+N LTKEVSELKS+MLNMTTLLTSFVQG   KV KCGVCGL+ HPNDKCP+++E+ N++R+YDPHGNTYN GWRD PNLRWG
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        ND Q   QA S+S+NQG+NLED++KAL TNT+SFQ EMKQQM+QLT AISK++GKGKLPAQPDHANVSAISLRSG IL TP + EK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGCCAAGTTAGAGAAAAAACTCTTAGAGAGCTTTCTGAACCTAATGAAGACCAAAGGCCCCTATGTATAGTAATTCCCCCAACAACTCAACCCTTCGAGCTTAAACC
TAGACTAATCCACCTCTTACCAATTTATAAAGGTAGCTCAGGTGAAAACCCTCATAAACACCTTAAGGATTTCCATATGTTTTGTGACTCTATAAGACCCCACGGAGTTT
TTGAAGAACAACTTAATCTTAGAGCCTTTCCATTCTCCTTAACCGATACGGCCAAACGATGGCTTTATTACTTAGAACCAGGGTCTATCACAACTTGGGGAGGACTTAAA
AAGAAATTCCTAGAAAAATTCTTTCCCGCTTCTAGAGCAAATAACATTAGGAAGGAAATCTATGGAATTAGGCAAGCCCTTGGGGAGTCTTTATCAGAATATTGGGAACG
TTTCAAAGAGCTTTGCGCTAGCTTTCCCCACCATCATATTTCTGACCCCTCTTTAATACAGTATTTTTATTCTGGACTACTAACCACGGATAGAAATACAGTAGATGCTG
CAGCAGGTGGTGCCTTAGCTGATAAAACCCCTACTGAAGCAAGAGAGCTAATTTCACGGATGGCTGAGAACTCTCAGAACTTTGGCAACAGAGCATCCGAGCTCGACAAT
TCCTTAACAAAAGAGGTTAGTGAACTTAAATCACAAATGTTGAATATGACTACACTGCTCACTTCTTTTGTACAAGGTGGAAATATGAAAGTTGCAAAATGTGGAGTTTG
CGGTCTCATTAGACATCCTAATGACAAGTGTCCCGACCTTGTGGAAGAGGCAAATGTCATTAGGAAGTACGATCCTCATGGAAACACTTATAATGCCGGTTGGAGAGACA
ACCCTAACCTTAGATGGGGAAATGACGCCCAACGATCCGCACAAGCAACTTCATCCTCGAACAATCAAGGTAGTAATTTGGAAGATTTGGTAAAAGCTCTTGCTACCAAC
ACAATTTCTTTCCAAAATGAAATGAAGCAACAAATGTCCCAATTGACCAATGCAATAAGCAAACTAGAAGGTAAAGGCAAGCTTCCAGCTCAGCCCGATCACGCAAATGT
AAGTGCCATCTCGCTTAGAAGCGGTACAATTCTGCAAACCCCTCTAAGCAATGAAAAGGTACCTTCTAACCTACCCTTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGCCAAGTTAGAGAAAAAACTCTTAGAGAGCTTTCTGAACCTAATGAAGACCAAAGGCCCCTATGTATAGTAATTCCCCCAACAACTCAACCCTTCGAGCTTAAACC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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