; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0004775 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0004775
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionprotein Iojap, chloroplastic
Genome locationchr07:6431275..6435997
RNA-Seq ExpressionPI0004775
SyntenyPI0004775
Gene Ontology termsGO:0017148 - negative regulation of translation (biological process)
GO:0090071 - negative regulation of ribosome biogenesis (biological process)
GO:0000427 - plastid-encoded plastid RNA polymerase complex (cellular component)
GO:0042644 - chloroplast nucleoid (cellular component)
GO:0043023 - ribosomal large subunit binding (molecular function)
InterPro domainsIPR004394 - Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS
IPR043519 - Nucleotidyltransferase superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0062957.1 Oligomerization domain-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]2.2e-10794.2Show/hide
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TYK16385.1 Oligomerization domain-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]7.7e-10894.2Show/hide
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XP_004147757.1 protein Iojap, chloroplastic [Cucumis sativus]4.4e-11195.65Show/hide
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XP_038876537.1 protein Iojap, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida]2.3e-10492.72Show/hide
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XP_038876545.1 protein Iojap, chloroplastic isoform X2 [Benincasa hispida]4.7e-10592.75Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KVG5 Uncharacterized protein2.1e-11195.65Show/hide
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A0A5A7V7J6 Oligomerization domain-containing protein1.1e-10794.2Show/hide
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A0A5D3CY15 Oligomerization domain-containing protein3.7e-10894.2Show/hide
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A0A6J1FNP0 protein Iojap, chloroplastic7.1e-9985.99Show/hide
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A0A6J1IZC7 protein Iojap, chloroplastic6.0e-9885.99Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P73658 Ribosomal silencing factor RsfS2.8e-0433.33Show/hide
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        D  PP+  ++     DA +    V ++A+ A + KA D+ +L V  + Y   +F+I T FSR Q+ AI   I    E  +G+ P+   + NS   W L D
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Q41822 Protein Iojap, chloroplastic1.8e-3556.3Show/hide
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        A    +++   SN+N    DD D + ++L K++G VV+ S     P+ E DDDAE LSFAVS+AK AS++KA DIRVL V+ LVYWTRFFII TAFS  Q
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Q9LDY9 Protein Iojap, chloroplastic5.6e-6161.35Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G12930.1 Lojap-related protein4.0e-6261.35Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CATTGTTCGCCGTCGGAGGAGAAGCCGAAAATGGCTTTTTATCGAATATGAATGATGATACTGATGACATGTATGATGAATTGTTCAAAAAATATGGGAATGTGGTATTC
AAGAGCAATGACCAAAAGCCTCCTAGTGCAGAAATTGACGACGACGCAGAAAGCCTTTCATTTGCTGTATCAATGGCGAAGGTTGCAAGTGATGTAAAGGCTGCAGATAT
CCGAGTTCTATTTGTGAAACCTCTAGTTTATTGGACAAGATTTTTCATCATTGCAACAGCATTTTCTCGCCCTCAGATCGATGCTATAGGATCCCGGATAAGAGATCTTG
CCGAGAAGAAGTATGGAAGAAGTCCTTCTGGTGACGTAAAGCCAAATTCCTGGACTTTATTGGATTTTGGTATGCACTATTTGTATTTCAATTTGAAGATATATGAGTGT
TCCGTTAGAGATGATGGATGCACCAGAAACTTGGACAGAGAACCAATTAGAAAGAAACAAGTCCAAGTACCAATTAGAAAGAAACAACTTACGTTAAACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTAGCTAAATTTGAAAATCATTCCATTGTTTAATCTAAAAATGGATCTCCTTGAACAGAAGAATTGAGTTCACTCAAAATTTCAATAAAAATGGGGAGTCTTGGACAA
AATGTTCCATTAAAAAAATGTAAACTTAAAGTGTGTTTTTCTTTGAATTTTCATGAATTTGGAGACAAGCAAGAGCAACACCACCCCTATATTTTATCGGTTAATATCGA
GTTTAATTTCATACATGAATGAAATCATGAAAATACGACAATTCGATTTCACAAATAAACATTGCTTCATCGTTTAAAAATATCTTCCCTTACGGCAAAAGGAACAAGCA
TGGCGTTATCCACTACCTTATCTCTTCACGGCGCCGGCGCCGGAATTTTGTTCAGCGGTGAGCTCCGGCAATTGGGTCACGATTATTTCGGAGTTTTCAAAAGACCCAGA
AAACAAATTTTCTGCTCATGCTGGAATGGGTCTCCATTTCCATACCGAAACTGCATTTGGAGGCTACCCTCTGCCAATAACTTCCATTTGAAGTCAATGGAGTCCTCGCC
ATTGTTCGCCGTCGGAGGAGAAGCCGAAAATGGCTTTTTATCGAATATGAATGATGATACTGATGACATGTATGATGAATTGTTCAAAAAATATGGGAATGTGGTATTCA
AGAGCAATGACCAAAAGCCTCCTAGTGCAGAAATTGACGACGACGCAGAAAGCCTTTCATTTGCTGTATCAATGGCGAAGGTTGCAAGTGATGTAAAGGCTGCAGATATC
CGAGTTCTATTTGTGAAACCTCTAGTTTATTGGACAAGATTTTTCATCATTGCAACAGCATTTTCTCGCCCTCAGATCGATGCTATAGGATCCCGGATAAGAGATCTTGC
CGAGAAGAAGTATGGAAGAAGTCCTTCTGGTGACGTAAAGCCAAATTCCTGGACTTTATTGGATTTTGGTATGCACTATTTGTATTTCAATTTGAAGATATATGAGTGTT
CCGTTAGAGATGATGGATGCACCAGAAACTTGGACAGAGAACCAATTAGAAAGAAACAAGTCCAAGTACCAATTAGAAAGAAACAACTTACGTTAAACTAATAGCTATAC
GAAAATATGTAAGTATACTAGAGAAAAAAAAACTCCCGAAATGATCCCGTGAAAAGAAAAAAAAAAAGGGATCAGAGAACCAAAACGAGAAAAAATAGGTTCCTGTTGAT
GGAAATAAAACAAAAAAAGGATACTTACAAAAAGTGCATGTTAACAAAATTTTTAAAATTTAGCCTTGTCTATTAAAAGGTGCAAACTTTGGTGTTAAGGACTTGAAATG
TTTGGATAAATCCTTCTAGGTACTAGTTCAAGCTCTTTGGTGGATGCTTCTAAAAGCAGCTTTTATAGTGAGCAAAATTTTTCTGAGATTTAGTAGTAGGGATGGATCAT
GAACATAATGCAAGTAGTGAGGCCATTCGATTTGGTGGCATCCCATTTATATGAAAAAAGAATTGTTATTGTATAGATGTCCATAGCGAAGATCCAAAGAACATTAGACT
CTAAGCTCATGAAGTACCAATGCTTCAATCTTTAAAAAAAACATTTCAGATTAAGTCTACCGAAATGAAATGTGATTTTCCACCTATGCTCATCATTTACTATAGAAGCG
GATGGCTTCGAGACCTCTTTGTGACTATAGGATCATTTCATCGTCGCTTTATTATCAGTGCTGCTATGCCTTTTTCCATATCATGTGCGAACTCCGTTTTGGAATTCAGT
TAAAATATTAGTCCAAAACGTGCATTGATTGATCTTTGATACCGATGAACTAAGAAGTCAAGCAAATTGCTCTGCTGTCTTTTGTTCTCAGGAGATGTGGTTATCCATAT
TTTTCTACCCCAGCAGAGGGCATTCTATAACTTGGAAGAGTTCTATGGCAATGCAACTCCCGTGGAGCTACCGTTCGAAAACCAACGGCCTTTTTGAAGTAAAAACCGCA
GCGGATTCCCCCCGTTCAGCTGATGGTGAAGGAAAAATGCAGTTTGTTGGCAACTGGTGAGGCAGATTGCTTATGTTTGTTGTGTCCTCTCATGAAAACAGCTACCATGT
GAAGTGTTGCAGAAGCAGCTGCATGAGTTGGGAGTTCCAACTTCTGACTGCTTGAGGTTGAAGACAGAATCACTTGGCAGATGGTGGTATTATTGAGAGCCCTATCCCAA
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TAAGGATCAGAAAATCTCCATTTCATACTATTGTATTCATATTGTTCTCATGGTTGAAGTGAGAATTGATTTTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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SVRDDGCTRNLDREPIRKKQVQVPIRKKQLTLN