; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0009309 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0009309
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description50S ribosomal protein l3
Genome locationchr06:5772533..5777139
RNA-Seq ExpressionPI0009309
SyntenyPI0009309
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005762 - mitochondrial large ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR000597 - Ribosomal protein L3
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR019926 - Ribosomal protein L3, conserved site
IPR019927 - Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0052153.1 50S ribosomal protein L3-2 [Cucumis melo var. makuwa]7.5e-17296.57Show/hide
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XP_022138212.1 50S ribosomal protein L3-2, chloroplastic [Momordica charantia]1.3e-15284.45Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LAV0 Uncharacterized protein3.0e-17495.12Show/hide
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A0A1S3AYD1 50S ribosomal protein L3-2, chloroplastic6.4e-17796.65Show/hide
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A0A5A7U8A2 50S ribosomal protein L3-23.6e-17296.57Show/hide
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A0A6J1CAF7 50S ribosomal protein L3-2, chloroplastic6.5e-15384.45Show/hide
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E5GC40 50S ribosomal protein l36.4e-17796.65Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2G8Y0 50S ribosomal protein L32.4e-5950.91Show/hide
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Q2W2J1 50S ribosomal protein L31.3e-5752.27Show/hide
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Q5FTY3 50S ribosomal protein L33.4e-5853.12Show/hide
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        V I+DA+ K  +  A  P  T  A
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Q5LLU6 50S ribosomal protein L31.5e-5854.09Show/hide
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        F+ GQ VDV+GTS GKGF G MKRH F G+ ASHG S+SHRS GSTGQ   PG+VFKG+KMAG MG  + T +N+ + K DA R L+++KG +PG +  +
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        V +KDA+ KK  +   LPFP
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Q9LRN8 50S ribosomal protein L3-2, mitochondrial1.2e-12471.08Show/hide
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        M+A+ RGL+SR  + LSI      SIT S  SS S  + S ++  R FS+        GS      + IIEAK   MSS S RTG+IAVKCGM+ALWDKW
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Query:  GARIPITVLWVDDNIVSQVKTIEKEGITALQIGCGQKKEKHLSKPELGHFRAQGVPLKRKLREFPVSQDALLPVGTEIGARHFVPGQYVDVTGTSRGKGF
        G RIPI++LWVDDNIVSQVKT+EKEGI ALQIGCGQKK KHLSK  +GHFRAQGVPLKRKLREFPV++DALLPVGT +G RHFVPGQYVDVTG +RGKGF
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        QG MKRHGF GMPASHGASLSHRSGGSTGQRDAPGKVFKGRKMAGRMG  QRTVKNVW+YKID ARNL+WV+G +PGAEG+FVFIKDA  KK + S  LP
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        FPTY A + ED  +LEPLVADLGEVDPFM+ +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G43030.1 Ribosomal protein L3 family protein4.9e-3637.22Show/hide
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        S PS  ++T  S   F   F            LPA S   +I++ P+T     SS     GV+  K GM + +++ G  +P+TV+ + + NIV+Q+KT+ 
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Query:  KEGITALQIGCGQKKEKHLSKPELGHFRAQGVPLKRKLREFPVSQ-DALLPVGTEIGARHFVPGQYVDVTGTSRGKGFQGVMKRHGFKGMPASHGASLSH
         +G  A+QIG  + ++K L+KPE GH +  G    R L+EF ++  +   P    +    F  G  VDV GT+ GKGFQG +KRH FK    +HG S SH
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Query:  RSGGSTGQRDAPGKVFKGRKMAGRMGGKQRTVKNVWIYKIDAARNLIWVKGPIPGAEGSFVFIKDA
        R+ GS G    PG+V+KG+KM GRMGG +  ++ + I K+D   N++ +KG +PG  G+ + I  A
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AT3G17465.1 ribosomal protein L3 plastid8.7e-12671.08Show/hide
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        M+A+ RGL+SR  + LSI      SIT S  SS S  + S ++  R FS+        GS      + IIEAK   MSS S RTG+IAVKCGM+ALWDKW
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Query:  GARIPITVLWVDDNIVSQVKTIEKEGITALQIGCGQKKEKHLSKPELGHFRAQGVPLKRKLREFPVSQDALLPVGTEIGARHFVPGQYVDVTGTSRGKGF
        G RIPI++LWVDDNIVSQVKT+EKEGI ALQIGCGQKK KHLSK  +GHFRAQGVPLKRKLREFPV++DALLPVGT +G RHFVPGQYVDVTG +RGKGF
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        QG MKRHGF GMPASHGASLSHRSGGSTGQRDAPGKVFKGRKMAGRMG  QRTVKNVW+YKID ARNL+WV+G +PGAEG+FVFIKDA  KK + S  LP
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        FPTY A + ED  +LEPLVADLGEVDPFM+ +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TGCGTCCTGTTACTACTTCTTCCGTGCTTTCAGTACCCAGGATTTAACTCAGGCTAGCGATGGGTCTTTGCCAGCTTCTTCGATTATTGAAGCTAAACCTCGTACCATGA
GCAGTAACTCTACGCGGACGGGTGTTATTGCCGTCAAGTGTGGAATGTCGGCGTTGTGGGATAAATGGGGAGCTAGGATACCCATCACTGTGCTCTGGGTTGATGATAAT
ATCGTGTCTCAGGTCAAGACCATTGAGAAAGAAGGTATCACAGCTCTACAGATTGGCTGTGGACAGAAGAAGGAAAAGCATTTGAGTAAACCTGAATTAGGCCATTTTAG
GGCTCAAGGTGTTCCATTGAAGAGGAAGCTGAGGGAGTTCCCAGTGTCACAAGATGCACTTCTTCCAGTTGGTACAGAAATTGGCGCTCGCCATTTTGTTCCTGGACAGT
ATGTCGATGTGACAGGAACAAGTAGAGGGAAAGGTTTTCAGGGAGTGATGAAAAGGCATGGTTTCAAAGGAATGCCTGCATCCCACGGAGCATCATTATCTCATAGGAGC
GGTGGTTCTACGGGTCAGAGGGATGCTCCTGGAAAGGTTTTCAAAGGCAGAAAGATGGCTGGGCGTATGGGTGGGAAGCAGAGAACTGTGAAAAATGTGTGGATATACAA
AATTGATGCTGCAAGGAACTTGATATGGGTGAAAGGACCAATCCCCGGCGCTGAAGGAAGCTTTGTATTTATAAAAGATGCCATGCACAAGAAACTCAATAAGTCGGCAA
TCCTTCCATTTCCTACGTACTTTGCAACCGATGGTGAGGACACAGACAAGTTGGAACCTCTTGTTGCTGATCTTGGAGAAGTAGATCCATTTATGATTGGAGATTGA
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ATTTTGAATGTGATCGATTTTGCTTTCTTAGAACCCTAAACCCCAAGTCGCAACCTGCTGCCGCTCCCTTACACTGCATCAGTTGCATAACACGAGAGAGGAAGACAATG
AAATTTCATAGTCTCCGAGATCGAAATCAACCCTAAAATTTGAACCAAACCCTTCTTCTTCCTATCCGATTTTTCCCAACTTCGCATCATAATCGTTGTGATTGGTTCTC
ACCATGTCAGCTTTATCTAGAGGTCTCATTTCTCGTTTTCGTATTCTCTCGATCAATTCCGGCGCTTCTCATTCAATTACTTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCAAGGAC
AAATGCGTCCTGTTACTACTTCTTCCGTGCTTTCAGTACCCAGGATTTAACTCAGGCTAGCGATGGGTCTTTGCCAGCTTCTTCGATTATTGAAGCTAAACCTCGTACCA
TGAGCAGTAACTCTACGCGGACGGGTGTTATTGCCGTCAAGTGTGGAATGTCGGCGTTGTGGGATAAATGGGGAGCTAGGATACCCATCACTGTGCTCTGGGTTGATGAT
AATATCGTGTCTCAGGTCAAGACCATTGAGAAAGAAGGTATCACAGCTCTACAGATTGGCTGTGGACAGAAGAAGGAAAAGCATTTGAGTAAACCTGAATTAGGCCATTT
TAGGGCTCAAGGTGTTCCATTGAAGAGGAAGCTGAGGGAGTTCCCAGTGTCACAAGATGCACTTCTTCCAGTTGGTACAGAAATTGGCGCTCGCCATTTTGTTCCTGGAC
AGTATGTCGATGTGACAGGAACAAGTAGAGGGAAAGGTTTTCAGGGAGTGATGAAAAGGCATGGTTTCAAAGGAATGCCTGCATCCCACGGAGCATCATTATCTCATAGG
AGCGGTGGTTCTACGGGTCAGAGGGATGCTCCTGGAAAGGTTTTCAAAGGCAGAAAGATGGCTGGGCGTATGGGTGGGAAGCAGAGAACTGTGAAAAATGTGTGGATATA
CAAAATTGATGCTGCAAGGAACTTGATATGGGTGAAAGGACCAATCCCCGGCGCTGAAGGAAGCTTTGTATTTATAAAAGATGCCATGCACAAGAAACTCAATAAGTCGG
CAATCCTTCCATTTCCTACGTACTTTGCAACCGATGGTGAGGACACAGACAAGTTGGAACCTCTTGTTGCTGATCTTGGAGAAGTAGATCCATTTATGATTGGAGATTGA
TTAGGAGTTGGCCTTCAGCGCAAGTTGTGCACTTTGCTCTGCTTTTTCCTTTTATTGATGGTGTTTGCAGGTATGCTTATTGACCAACCCTTACGGGTAGTCAATTTCAC
TATAGAACTGCAGTCAGAGGATCTCTCCGAGGTGATCGAATCTTCTAATCCGATGGTATTCTTCTACAGTTATATTTTTCTTTTTAAAAATTTTCTCACCATCTCAAACC
TGTACCGGAAAAAACCATTTTGAAATAAAGAGTAGAGAGAAGAAAAAAAAAAGCTATGATTATTCAGAATTTTTGGTTGAGTGATCTTATAACTTCTTTTGGGAATTGAA
GTTAATGTTTATGTGAACTTAGAAGAAGATATTGTTCATGGCTGCCAATTGCGTTAGCAATTTCTTACTATTCGAACCAAGTGTCAAACCTCTCTTTTCTTTATATTATT
TATAATGTAATTCCTTTGCATTTTGATTTTGGAATTGTGATCCGTTCTATAAACAATGTTTGACTCATGTTGAGTCAAAAGTCAACATGAATTGATGGTTCAAAATGTGA
AGTTTAATCAAAATGATACATTTCAGGAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSALSRGLISRFRILSINSGASHSITSSSPSSSSRTNASCYYFFRAFSTQDLTQASDGSLPASSIIEAKPRTMSSNSTRTGVIAVKCGMSALWDKWGARIPITVLWVDDN
IVSQVKTIEKEGITALQIGCGQKKEKHLSKPELGHFRAQGVPLKRKLREFPVSQDALLPVGTEIGARHFVPGQYVDVTGTSRGKGFQGVMKRHGFKGMPASHGASLSHRS
GGSTGQRDAPGKVFKGRKMAGRMGGKQRTVKNVWIYKIDAARNLIWVKGPIPGAEGSFVFIKDAMHKKLNKSAILPFPTYFATDGEDTDKLEPLVADLGEVDPFMIGD