CuGenDBv2

Gene ID	PI0012688
Organism	Cucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description	DNA ligase 1
Genome location	chr12:5071399..5073512
RNA-Seq Expression	PI0012688
Synteny	PI0012688
Gene Ontology terms	GO:0007131 - reciprocal meiotic recombination (biological process) GO:0099086 - synaptonemal structure (cellular component) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004146600.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]

7.6e-104

98.15

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIPTAKTRSRKRVSDTDL+SSDQRK+TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_008442500.1 PREDICTED: DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis melo]

1.4e-102

97.69

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPTAKTRSRKRVSDTDLTSS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_022927498.1 DNA ligase 1 [Cucurbita moschata]

9.6e-99

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP AKTR+RKRVSD+DLTSSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_023001751.1 DNA ligase 1 [Cucurbita maxima]

5.6e-99

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP AKTR+RKRVSD DLTSSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_038895277.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Benincasa hispida]

9.2e-102

95.83

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMK PT K R RKRVSDTDLTSSDQRKRTNDD+DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIE+VKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKF+ALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLF KYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LRW7 Uncharacterized protein

3.7e-104

98.15

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIPTAKTRSRKRVSDTDL+SSDQRK+TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A1S3B5C2 DNA ligase 1 isoform X1

6.9e-103

97.69

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPTAKTRSRKRVSDTDLTSS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A5D3DS94 DNA ligase 1 isoform X1

6.9e-103

97.69

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPTAKTRSRKRVSDTDLTSS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A6J1EL64 DNA ligase 1

4.6e-99

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP AKTR+RKRVSD+DLTSSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A6J1KJH3 DNA ligase 1

2.7e-99

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP AKTR+RKRVSD DLTSSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G33793.1 unknown protein

9.0e-63

68.13

Show/hide

Query:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA
        +LD+D+S D KGI+SAL Q +E+AH+D +KK EE+ISSV+TE+++ I+E+KSKLEK+RQNF+KALSKSSKECEN LKDE AKF+ L++KF K+KA HLQ 
Subjt:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA

Query:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD
        +KDTISKFEE+KERL+ +YEQLRK+E+++I+EQEK C EK+AQLEESLK+KK+ DKTFS+LRKTLGSFL+   SDE+FP D+
Subjt:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGGAACATGAAAATTCCTACTGCTAAAACAAGATCCAGGAAGCGAGTCTCCGATACCGATCTCACGAGCTCCGATCAAAGGAAGCGAACCAACGATGATATCGACCT
TGATCTCGACCTTTCCGACGATCTCAAAGGAATAGTGTCGGCATTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCATAAGGACGACCAGAAGAAGAATGAAGAGACGATCTCAAGTG
TAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGGCAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGT
TTGAAGGACGAAACTGCTAAATTTCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTTCAGGCCATAAAAGATACCATTTCAAAATTTGAAGAGGAGAA
AGAAAGGCTGTTCGCGAAATATGAACAACTGAGAAAGAGAGAAAGGAGCTTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCCGAAAAGATTGCTCAATTGGAAGAGTCTTTGA
AAAGGAAAAAGCAGGATGATAAGACTTTCAGTCTTCTGAGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTTGATACTGGCTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGNMKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENC
LKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDTGSDEDFPADD

PI0012688 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome