; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0013730 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0013730
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionPentatricopeptide repeat-containing protein
Genome locationchr01:22926106..22927942
RNA-Seq ExpressionPI0013730
SyntenyPI0013730
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0009734 - auxin-activated signaling pathway (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002885 - Pentatricopeptide repeat
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0059626.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]8.9e-6170.24Show/hide
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KAA0059627.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-6981.6Show/hide
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KAE8646288.1 hypothetical protein Csa_016114 [Cucumis sativus]4.7e-7072.68Show/hide
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XP_016901059.1 PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial-like isoform X1 [Cucumis melo]1.1e-6981.6Show/hide
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XP_016901072.1 PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like isoform X3 [Cucumis melo]4.0e-6167.61Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S4DYL3 pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like isoform X31.9e-6167.61Show/hide
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A0A1S4DYM0 pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial-like isoform X15.1e-7081.6Show/hide
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A0A5A7UYB2 Pentatricopeptide repeat-containing protein5.1e-7081.6Show/hide
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A0A5D3CCW0 Pentatricopeptide repeat-containing protein4.3e-6170.24Show/hide
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A0A6J1JSG4 pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like4.5e-5869.64Show/hide
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        I+RRGY PNIVTY++LIKGLCMEHRISEA+ LF RMQKLGCRPNVITYGTL+KGL         LKLH
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0WKV3 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial1.1e-2638.61Show/hide
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        +F  R  ++ +  RSG + +  ++A+D F+ M+ S P P +  F+ L + + K K Y  V +L   M L G+  + YT +I+INC C   ++    +AM 
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         I++ GY PN +T+STLI GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P++IT  TL+ GL L
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Q9ASZ8 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g126201.8e-2439.07Show/hide
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        ++ +  RSG + + E  A+D FQ+M  S P P +  F+ L + + + K Y  V  L   M L G+  + YT +I+INC C   +++   +AM  I++ GY
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         P+ VT+STLI GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P +IT   L+ GL L
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Q9CAM8 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g631509.1e-2439.46Show/hide
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        L+N  S  I +++A+D F  M+ S P P I  FN LL+ + K+  +  V SL   M+  G+  D YT++I INC C  ++++  LA +A +M+ GY P+I
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        VT S+L+ G C   RIS+A  L  +M ++G +P+  T+ TL+ GL L
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Q9LPX2 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial7.0e-2436.08Show/hide
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        +F  R  ++     SG + +  ++A+D F+ M+ S P P +  FN L + + K K Y  V +L   M   G+    YT +I+INC C   +++   + M 
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         IM+ GY P+ V ++TL+ GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P +IT  TL+ GL L
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Q9SI78 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g627209.1e-2437.14Show/hide
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        +LI G C  +R+ +A  L  +M+++G RP+V+ Y T++ G
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G12300.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein8.1e-2838.61Show/hide
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        +F  R  ++ +  RSG + +  ++A+D F+ M+ S P P +  F+ L + + K K Y  V +L   M L G+  + YT +I+INC C   ++    +AM 
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         I++ GY PN +T+STLI GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P++IT  TL+ GL L
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AT1G12620.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein1.3e-2539.07Show/hide
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        ++ +  RSG + + E  A+D FQ+M  S P P +  F+ L + + + K Y  V  L   M L G+  + YT +I+INC C   +++   +AM  I++ GY
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         P+ VT+STLI GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P +IT   L+ GL L
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AT1G12775.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein4.9e-2536.08Show/hide
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        +F  R  ++     SG + +  ++A+D F+ M+ S P P +  FN L + + K K Y  V +L   M   G+    YT +I+INC C   +++   + M 
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         IM+ GY P+ V ++TL+ GLC+E R+SEA  L  RM ++G +P +IT  TL+ GL L
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AT1G62720.1 Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein6.4e-2537.14Show/hide
Query:  RSGKITLNEALDFFQQMMCSNPTPPISSFNHLLAGLTKIKHYSQVFSLYNLMRLAGLFPDCYTFNILINCLCNVNRINEGLAAMAGIMRRGYFPNIVTYS
        +   + L E +D F +M+ S P P I  F+ +L+ + K K+Y  V SL++ M + G+  D Y++NI+INCLC  +R    L+ +  +M+ GY P++VT S
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        +LI G C  +R+ +A  L  +M+++G RP+V+ Y T++ G
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AT1G63150.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein6.4e-2539.46Show/hide
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        VT S+L+ G C   RIS+A  L  +M ++G +P+  T+ TL+ GL L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTTTCCTTTCAACACCGTCTTCAAACCTTTCTACAGAATTGCAGATCTGGTAAGATTACCTTAAATGAAGCATTAGATTTCTTTCAACAAATGATGTGTTCAAATCC
TACCCCTCCCATTTCTTCTTTCAATCATTTACTTGCCGGACTTACTAAGATTAAGCATTACTCTCAAGTCTTTTCGCTCTATAATCTAATGCGCCTAGCTGGACTTTTCC
CTGATTGCTACACATTCAATATCTTGATTAATTGCCTTTGTAATGTGAATCGGATAAACGAAGGTCTTGCGGCCATGGCGGGGATTATGAGGAGAGGTTACTTTCCTAAT
ATAGTTACATATAGTACCTTGATTAAGGGATTGTGTATGGAGCATAGGATTAGTGAAGCTTCACTGCTATTTAGGAGAATGCAAAAGTTAGGTTGTAGGCCTAATGTGAT
TACTTATGGGACTTTAATGAAGGGGCTCTTATTAAAATTGCATTTGAGTTGCATAAAAAAATGCTCAGTGACACTGGTCCATATGGGATTAATTGTAAGCCTGATGCTAT
TTCCTATAGTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAGCCATCCATCCCTCCCTATTTTTTTTACAAAGGAAAAGATTAAAAATGAAGATTAGGTCACGCAAATGGAGTCTCTCAAAGCATAAATACAAAACCACAAATCAAATG
TCACTCATCAAATTTGGCTTCAAAGACGCTGCCACCTCCAATTTCGCCGGAAAACTTCAATACAATGCTTTCCTTTCAACACCGTCTTCAAACCTTTCTACAGAATTGCA
GATCTGGTAAGATTACCTTAAATGAAGCATTAGATTTCTTTCAACAAATGATGTGTTCAAATCCTACCCCTCCCATTTCTTCTTTCAATCATTTACTTGCCGGACTTACT
AAGATTAAGCATTACTCTCAAGTCTTTTCGCTCTATAATCTAATGCGCCTAGCTGGACTTTTCCCTGATTGCTACACATTCAATATCTTGATTAATTGCCTTTGTAATGT
GAATCGGATAAACGAAGGTCTTGCGGCCATGGCGGGGATTATGAGGAGAGGTTACTTTCCTAATATAGTTACATATAGTACCTTGATTAAGGGATTGTGTATGGAGCATA
GGATTAGTGAAGCTTCACTGCTATTTAGGAGAATGCAAAAGTTAGGTTGTAGGCCTAATGTGATTACTTATGGGACTTTAATGAAGGGGCTCTTATTAAAATTGCATTTG
AGTTGCATAAAAAAATGCTCAGTGACACTGGTCCATATGGGATTAATTGTAAGCCTGATGCTATTTCCTATAGTATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLSFQHRLQTFLQNCRSGKITLNEALDFFQQMMCSNPTPPISSFNHLLAGLTKIKHYSQVFSLYNLMRLAGLFPDCYTFNILINCLCNVNRINEGLAAMAGIMRRGYFPN
IVTYSTLIKGLCMEHRISEASLLFRRMQKLGCRPNVITYGTLMKGLLLKLHLSCIKKCSVTLVHMGLIVSLMLFPIV