; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0014435 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0014435
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationchr08:13693034..13695007
RNA-Seq ExpressionPI0014435
SyntenyPI0014435
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.6e-8495.48Show/hide
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KGN53959.2 hypothetical protein Csa_021575 [Cucumis sativus]4.3e-8291.33Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]2.0e-8797.96Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.9e-8595.98Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-8093.88Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.6e-8897.96Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.6e-8897.96Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.6e-8897.96Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.0e-8695.98Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit9.0e-8695.98Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.7e-3958.37Show/hide
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          GDKFYI   KLLPL RFLP+PK                         G   SRGGGRGGGRG   G RGGGGF      GRGG PRGGRGG  RGGGR
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 15.7e-3764.36Show/hide
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        FG + + YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P G+  P RGGGRGGGRG GR   GGR GGGGFR GRGG  GG GG  RG   GGF
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR14.4e-3757.56Show/hide
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        EG+ ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK              G    RGG RG  GGRG  RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG RGG
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 13.9e-6279.9Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 22.2e-5273.85Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein2.8e-6379.9Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.5e-5373.85Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGACCTCCAAGAGGCGGTGGCGGCTTCAGGGGAGGCCGTGATGGTGGTAGAGGAGGTGGACGTGGCGGCGGTGGCGGCTTCAGGGGAGGTGGCCGCTTTGGTGGTCG
TGGCGGCGGAGGCTTCCGTGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTCGTTGAGGTTTCTACTTTCCTTCATGCATGCGAGGGAGATGCAGTCACAAAGCTCACAAATGAGAAGA
TTCCTTTCTTTAATGCTCCTATTTATCTTCAGAACAAGACTCAGATAGGGAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAATCTTACTTCTCGATCAAAATGATGGAA
GGAATTGTCGCAACCTCTTACGCTTCTGGGGATAAATTTTATATTGATCCAGCAAAACTCCTACCACTTGCTAGATTTCTCCCACAACCAAAGGGACAGTTTCCCTCTAG
AGGCGGAGGTCGTGGAGGGGGCAGAGGTAGTGGCAGAGGTGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGAGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGTGGCCCTCCAAGAGGTG
GTGGCCGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCATAAAACCCTAAAAACCCTACGCGAGAATTTTGCAATGAGCCTCCGATAGACAAAAGCTCACTCCTTTTCTCCTTTCCGCACACCAAGAGTAGAAGAATGAGACCTCC
AAGAGGCGGTGGCGGCTTCAGGGGAGGCCGTGATGGTGGTAGAGGAGGTGGACGTGGCGGCGGTGGCGGCTTCAGGGGAGGTGGCCGCTTTGGTGGTCGTGGCGGCGGAG
GCTTCCGTGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTCGTTGAGGTTTCTACTTTCCTTCATGCATGCGAGGGAGATGCAGTCACAAAGCTCACAAATGAGAAGATTCCTTTCTTT
AATGCTCCTATTTATCTTCAGAACAAGACTCAGATAGGGAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAATCTTACTTCTCGATCAAAATGATGGAAGGAATTGTCGC
AACCTCTTACGCTTCTGGGGATAAATTTTATATTGATCCAGCAAAACTCCTACCACTTGCTAGATTTCTCCCACAACCAAAGGGACAGTTTCCCTCTAGAGGCGGAGGTC
GTGGAGGGGGCAGAGGTAGTGGCAGAGGTGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGAGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGTGGCCCTCCAAGAGGTGGTGGCCGTGGT
GGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAGATTAGCATTATGTAATATCATAGTTTTACCAATTTTCCATTTGCAATGTTGTTTTGAGAAGCGTTTGCAAGAGTCTTTCGTTT
GTACTGTATTTTATTTGGAATTGAACCTCTTGGTATTGAAGCTACTACCTAATTTAATTCTACTCCAAATTTTAACGTTTTACTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GIVATSYASGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKGQFPSRGGGRGGGRGSGRGGRGGGGFRGRGGPRGGRGGPPRGGGRGGFRGRGRF