; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0016437 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0016437
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionhistone deacetylase complex subunit SAP18
Genome locationchr06:1539726..1542202
RNA-Seq ExpressionPI0016437
SyntenyPI0016437
Gene Ontology termsGO:0045892 - negative regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003714 - transcription corepressor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR010516 - Sin3 associated polypeptide p18
IPR042534 - Sin3 associated polypeptide p18 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049010.1 histone deacetylase complex subunit SAP18 [Cucumis melo var. makuwa]4.2e-6098.35Show/hide
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XP_004133896.1 histone deacetylase complex subunit SAP18 isoform X2 [Cucumis sativus]6.5e-6198.33Show/hide
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XP_038879427.1 histone deacetylase complex subunit SAP18 [Benincasa hispida]5.5e-6097.5Show/hide
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A0A0A0L6C9 Uncharacterized protein3.1e-6198.33Show/hide
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A0A1S3AVL4 histone deacetylase complex subunit SAP188.3e-6299.17Show/hide
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A0A5A7U0S8 Histone deacetylase complex subunit SAP182.0e-6098.35Show/hide
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A0A5D3D2K7 Histone deacetylase complex subunit SAP188.3e-6299.17Show/hide
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A0A6J1D024 histone deacetylase complex subunit SAP183.8e-5994.17Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O00422 Histone deacetylase complex subunit SAP185.2e-2954.17Show/hide
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O55128 Histone deacetylase complex subunit SAP186.8e-2954.17Show/hide
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O64644 Histone deacetylase complex subunit SAP181.5e-4473.33Show/hide
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Q3T022 Histone deacetylase complex subunit SAP185.2e-2954.17Show/hide
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Q5RDT5 Histone deacetylase complex subunit SAP185.2e-2954.17Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G45640.1 SIN3 associated polypeptide P181.1e-4573.33Show/hide
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AT2G45640.2 SIN3 associated polypeptide P185.0e-4371.67Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCATTTCAATGAAGACTTTGCTGTGAGAGGCAAGGAGCCGAGGGATGAGGTTCAAATTTATACCTGGAAAGATGCTACTCTTCGCGAACTAACTGATCTGGTCAAAGAGG
TAGCTCCAGAAGCCAGGAGGAGAAATGCTAAACTTTCCTTCGCTTTGGTTTATCCCGATAGACATGGTCGGTTTATATTGAGAGAGGTAGGGAAGACATTCTCATTTGGA
AATAGACGATTAGACGACAGCTTGGCTTTGGGAGAACTCGGTTTTCAGATTGGAGATTACTTGGATGTGGCAATTATATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CGTTGATCGGGAAAAGACTTGTCCTTTGCTGCTTCGTGTTTTCACGAAGATTGGGAGTCATCATTTCAATGAAGACTTTGCTGTGAGAGGCAAGGAGCCGAGGGATGAGG
TTCAAATTTATACCTGGAAAGATGCTACTCTTCGCGAACTAACTGATCTGGTCAAAGAGGTAGCTCCAGAAGCCAGGAGGAGAAATGCTAAACTTTCCTTCGCTTTGGTT
TATCCCGATAGACATGGTCGGTTTATATTGAGAGAGGTAGGGAAGACATTCTCATTTGGAAATAGACGATTAGACGACAGCTTGGCTTTGGGAGAACTCGGTTTTCAGAT
TGGAGATTACTTGGATGTGGCAATTATATAGGGTATGTGTGTGTTTATATACTAATAATGCCTATATCGACCGGAAAAGGTATCGGGATTCCTTTTTCTAGTGAAGAACA
AAACGAATGAGGATATTAGCTTCAATCTTGTAATGTATATTCCATTTAAGAATTGGTGAAAATCCTTTACTTGTATGTCTTGTTCCCCTGTGCCATATGAGGTAGATCGT
GATAGTCATTGTCATGTTCATTTGAGTTAACTTCTTGATGTATTGCATTGGATGAACCAGGCCTTGTGATTGAGTTTTCGTTAGGACGATAATGTTGGAACTATTTTAGG
CCTATGATTACATTAACATTGGTTTTTCGTTTTAAAAATTAAGTCTTTGTTGCAGGCGTTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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