; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0016772 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0016772
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr04:14048020..14049158
RNA-Seq ExpressionPI0016772
SyntenyPI0016772
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004148579.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Cucumis sativus]1.6e-14898.87Show/hide
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XP_038903667.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]7.2e-14998.49Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LCY3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.8e-14998.87Show/hide
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.1e-15099.25Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.1e-15099.25Show/hide
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A0A6J1J722 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.5e-14796.98Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.6e-14897.36Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic3.7e-13287.27Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)1.7e-13288.42Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic2.2e-13288.3Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic3.2e-13186.69Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic4.1e-13186.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 38.3e-12783.9Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 28.3e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 16.4e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B22.2e-12784.27Show/hide
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        + MALSS  F GK V        +S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B14.0e-12984.59Show/hide
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        + MALSS   TGK V L   +  +S V   GR++MRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKVVPLNAPTELSSSVRSNGRVSMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCGTCCTCGGTTCGCAGCAACGGTAGAGTCTCAATGAGGAA
ATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGGGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCC
CTGGTGACTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGATCCAGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCTGAGCTTCTTTCTAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTTAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCACTCGGAGAGA
TTACCGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTTGGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGCCGTCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTCGTACAAGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCTTGATTGGTTGAGTGAGATAATGAAGATTGTTGGGTTCTAGATATCTTCTCATCAACCAATTAGAAGAGGATGAAGTTCCACAAAGGATAGACTTTGTGGGTCTCACC
AGACACTATATAAGCAGAATCTATACTTCAGGGATTTTCATCAATAAACTCAATTCAAAAGCACTTTGAGGACTTGCTTCCTTTGAGTTGAAGTTGGTAGGCAATGGCAG
CCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCGTCCTCGGTTCGCAGCAACGGTAGAGTCTCAATGAGGAAATCTGGA
AAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGGGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCCCTGGTGA
CTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGATCCAGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTAGGATGTG
TATTCCCTGAGCTTCTTTCTAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTTAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGGAAACCCA
AGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCACTCGGAGAGATTACCGA
TCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTTGGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGCCGTCTTGCAATGTTTT
CCATGTTCGGGTTTTTCGTACAAGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACC
AACTTTGTACCTGGAAAGTGAAATTACTAAGTAGTGTTCAAACAAGCTTTCAATTTCACTACAATGTTAGCTTGTACAATGTAAAATGTACAATCAAAATGTTGAAAATC
AACAATCAATGTTATAATCACTAAAACTATCTCGAGCAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKVVPLNAPTELSSSVRSNGRVSMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK