; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0016829 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0016829
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionribosome production factor 1
Genome locationchr04:7014195..7016439
RNA-Seq ExpressionPI0016829
SyntenyPI0016829
Gene Ontology termsGO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008443155.1 PREDICTED: ribosome production factor 1 isoform X1 [Cucumis melo]3.9e-0567.44Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK ++ PK L+TT  FNS IGPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
XP_022156150.1 ribosome production factor 1-like [Momordica charantia]2.0e-0465.12Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK +  PK L+TT  FNS IGP+ I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
XP_024932636.1 ribosome production factor 1 [Ziziphus jujuba]2.0e-0465.12Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSI+K ++ PK L+TTF FNS  GPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
XP_031737500.1 ribosome production factor 1 [Cucumis sativus]3.9e-0567.44Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK ++ PK L+TT  FNS IGPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
XP_038906205.1 ribosome production factor 1 [Benincasa hispida]1.5e-0465.12Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK  + PK L+TT  FNS IGP  I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LH42 Brix domain-containing protein1.9e-0567.44Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK ++ PK L+TT  FNS IGPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
A0A1S3B854 ribosome production factor 1 isoform X11.9e-0567.44Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK ++ PK L+TT  FNS IGPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
A0A5A7UHC7 Ribosome production factor 1 isoform X11.9e-0567.44Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK ++ PK L+TT  FNS IGPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
A0A6J1DPH5 ribosome production factor 1-like9.5e-0565.12Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSIIK +  PK L+TT  FNS IGP+ I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
A0A6P6GES9 ribosome production factor 19.5e-0565.12Show/hide
Query:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        NDA+EFSSI+K ++ PK L+TTF FNS  GPA I ELL  IPN
Subjt:  NDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G01560.1 Ribosomal RNA processing Brix domain protein1.4e-0552.38Show/hide
Query:  DANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN
        DA+EF+ +++  + PK L+TT  FNS  GPA I ELL  IPN
Subjt:  DANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPN

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAATTAACTAAGTTTAATACAAGTAGAACAACGGCTGCAGCTGTTTGCTGGAATCGAAATGATGCCAATGAATTTAGTTCCATCATAAAGTGCAACGTTTTCCCAAA
ATATTTAGTCACTACTTTTCACTTTAATTCTATTATTGGACCTGCTTCTATTCCAGAGTTGCTTCCAGAGATCCCAAATGAATCTTCTGTTATAATGAACTCACAGAACA
GAAGGAAAAGAAAAATTAGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAAATTAACTAAGTTTAATACAAGTAGAACAACGGCTGCAGCTGTTTGCTGGAATCGAAATGATGCCAATGAATTTAGTTCCATCATAAAGTGCAACGTTTTCCCAAA
ATATTTAGTCACTACTTTTCACTTTAATTCTATTATTGGACCTGCTTCTATTCCAGAGTTGCTTCCAGAGATCCCAAATGAATCTTCTGTTATAATGAACTCACAGAACA
GAAGGAAAAGAAAAATTAGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MKLTKFNTSRTTAAAVCWNRNDANEFSSIIKCNVFPKYLVTTFHFNSIIGPASIPELLPEIPNESSVIMNSQNRRKRKIRK