; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0016878 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0016878
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionserine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33
Genome locationchr04:6115087..6119622
RNA-Seq ExpressionPI0016878
SyntenyPI0016878
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8651124.1 hypothetical protein Csa_000954 [Cucumis sativus]4.8e-10395.26Show/hide
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XP_011652066.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucumis sativus]1.9e-10495.71Show/hide
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XP_011652068.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X2 [Cucumis sativus]1.9e-10495.71Show/hide
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XP_031739396.1 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X1 [Cucumis sativus]4.8e-10395.26Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LGW4 RRM domain-containing protein9.4e-10595.71Show/hide
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A0A1S3B7U0 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL335.0e-10696.67Show/hide
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A0A6J1DCY5 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL331.1e-9489.62Show/hide
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        SRSRSYSRSY R
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A0A6J1KYI3 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X36.7e-8784.43Show/hide
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        QVLLG ELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRGRSYSY  R SPL+YS+SP + R YSRSPEYYSPARSRRYSR  SPR +  R +SYSRSPY+SR R YSR
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        SRSRS SRSYSR
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A0A6J1L0E4 serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL33 isoform X26.7e-8784.43Show/hide
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        QVLLG ELTVVFAEENRKRPE+MRARDSSRGRSYSY  R SPL+YS+SP + R YSRSPEYYSPARSRRYSR  SPR +  R +SYSRSPY+SR R YSR
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        SRSRS SRSYSR
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O75494 Serine/arginine-rich splicing factor 104.1e-2542.86Show/hide
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        TSL VRN+  D R EDLR  FGR+GP+ D+Y+P D+Y+  PRGF +VQF D  DA DA + LD + + G ++ + FA+ +RK P +M+A++     S S 
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           +   R SRS  Y+R  SRS  +       YSP  SR     P GR  R++S+S    +  R RS+SRS+S S SRS S+
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Q1PDV2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL283.3e-3047.66Show/hide
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        R RS SYSP     SPPR        R    PS R   S     P+ LL+RNL  D RP DLR  F RFGPLKDIYLPR+YY+GEPRGFGFV++  A DA
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        A+A   ++ +V+ G E+ +VFAEENRK P+EMR  + + GR   Y   SHR    RY     SRS P  +  +S  R  + YSP  RSR  SRS  PR  
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        R       RSP +       R R  SRSRSRS SR
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Q8L3X8 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL305.0e-3146.12Show/hide
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        MR  S  Y   P R YG R RSP P           G G RR     SLLVRN+  DCRPE+LR  F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVDA D
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Query:  AADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLR-YSRSPHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSRSPRGRRFRAQSYSRSPY
        A +A+  ++ +   G E+TVV A E+RKRPEEMR +  +R R  S S   S  R  SRS    R+  R  +  S  RSR YS +PR R          P 
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             +YSR   RSYS  Y
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Q9LHP2 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL30A1.0e-5563.18Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  GSR  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGF+QF+D ADAA+AK+++
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        DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMR RD     +     R SP RYSRSP      R+ SRS  Y SP   R  SR  SP+ RR+ + +SYSRSP    
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        SR RS S  R +S+SRS  R
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Q9SEU4 Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL333.5e-5663.96Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR G R RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YSRS    P   R+ SRS +YYSP   R + R  SPR  R+   +SYSRSP    
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        SRGRS +  R +SRS S S  R
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 332.5e-5763.96Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR G R RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YSRS    P   R+ SRS +YYSP   R + R  SPR  R+   +SYSRSP    
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        SRGRS +  R +SRS S S  R
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AT1G55310.2 SC35-like splicing factor 331.9e-5764.06Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR G R RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGFVQF+D ADAADAK+ +D
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        G +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   GR +    R  P  YSRS    P   R+ SRS +YYSP   R + R  SPR  R+   +SYSRSP    
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Query:  SRGRSYSRSRSRSYSRS
        SRGRS +  R +S S S
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AT1G55310.3 SC35-like splicing factor 333.9e-5560.26Show/hide
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        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR G R RDLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G            +PRGFGFVQF+D
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Query:  AADAADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSRS----PHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSR--SPRGRRFRA
         ADAADAK+ +DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMRAR+   G  +    R  P  YSRS    P   R+ SRS +YYSP   R + R  SPR  R+  
Subjt:  AADAADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSRS----PHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSR--SPRGRRFRA

Query:  -QSYSRSPYD--SRGRSYS--RSRSRSYSRSYSR
         +SYSRSP    SRGRS +  R +SRS S S  R
Subjt:  -QSYSRSPYD--SRGRSYS--RSRSRSYSRSYSR

AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A7.2e-5763.18Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGR--GSRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYEL
        MRGR  SY+PSPPR YGRR RSPSPRGR  GSR  DLPTSLLVRNLRHDCR EDLR  F +FGP+KDIYLPRDYY+G+PRGFGF+QF+D ADAA+AK+++
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGR--GSRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYEL

Query:  DGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSRSP---HYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSR--SPRGRRF-RAQSYSRSP--YD
        DG +LLG ELTVVFAEENRK+P EMR RD     +     R SP RYSRSP      R+ SRS  Y SP   R  SR  SP+ RR+ + +SYSRSP    
Subjt:  DGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSRSP---HYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSR--SPRGRRF-RAQSYSRSP--YD

Query:  SRGRSYSRSRSRSYSRSYSR
        SR RS S  R +S+SRS  R
Subjt:  SRGRSYSRSRSRSYSRSYSR

AT3G55460.1 SC35-like splicing factor 303.6e-3246.12Show/hide
Query:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSP----------RGRGSRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAAD
        MR  S  Y   P R YG R RSP P           G G RR     SLLVRN+  DCRPE+LR  F RFGP++D+Y+PRDYYSG+PRGF FV+FVDA D
Subjt:  MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSP----------RGRGSRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAAD

Query:  AADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLR-YSRSPHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSRSPRGRRFRAQSYSRSPY
        A +A+  ++ +   G E+TVV A E+RKRPEEMR +  +R R  S S   S  R  SRS    R+  R  +  S  RSR YS +PR R          P 
Subjt:  AADAKYELDGQVLLGHELTVVFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLR-YSRSPHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSRSPRGRRFRAQSYSRSPY

Query:  DSRGRSYSRSRSRSYSRSY
             +YSR   RSYS  Y
Subjt:  DSRGRSYSRSRSRSYSRSY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAGGTAGAAGTTACAGTTACAGTCCATCACCACCAAGGAGTTATGGCAGAAGATATCGTAGCCCCAGTCCAAGGGGTCGTGGAAGCCGTCGAAGGGACCTGCCAAC
AAGTCTTTTGGTTAGGAACTTGAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGTGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCTCTTAAGGACATTTACTTGCCACGAGATTATTATT
CTGGAGAACCGCGTGGTTTTGGATTTGTTCAGTTCGTTGATGCTGCTGATGCTGCTGATGCCAAGTATGAATTGGATGGCCAAGTTCTCCTAGGTCATGAACTAACTGTT
GTGTTTGCTGAGGAGAACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCACGAGACTCATCAAGGGGTCGGTCCTACAGTTATAGCCACCGACATTCACCGTTGCGATATTCACG
ATCACCACACTATGATCGAAACTATTCACGTAGTCCAGAGTATTACTCCCCTGCACGGTCCAGACGATATTCAAGGTCGCCTAGGGGCCGGAGGTTCAGGGCGCAATCCT
ACTCAAGGTCACCATATGATTCAAGGGGCCGCAGTTACAGCCGAAGCAGGAGCCGTAGCTATAGCCGAAGTTATTCTAGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GGTGAAATAAGGAACATCCAACAATTTTGCTCTTCCAGATTTAACGAAGCGGCTCCGTTTGCTTTATCGGTTCTCCGATTCTCAGGAAATTGAAAATGAGAGGTAGAAGT
TACAGTTACAGTCCATCACCACCAAGGAGTTATGGCAGAAGATATCGTAGCCCCAGTCCAAGGGGTCGTGGAAGCCGTCGAAGGGACCTGCCAACAAGTCTTTTGGTTAG
GAACTTGAGGCACGACTGCAGGCCAGAGGACCTACGTGGATTATTTGGGCGGTTTGGTCCTCTTAAGGACATTTACTTGCCACGAGATTATTATTCTGGAGAACCGCGTG
GTTTTGGATTTGTTCAGTTCGTTGATGCTGCTGATGCTGCTGATGCCAAGTATGAATTGGATGGCCAAGTTCTCCTAGGTCATGAACTAACTGTTGTGTTTGCTGAGGAG
AACAGGAAGAGACCTGAAGAGATGAGAGCACGAGACTCATCAAGGGGTCGGTCCTACAGTTATAGCCACCGACATTCACCGTTGCGATATTCACGATCACCACACTATGA
TCGAAACTATTCACGTAGTCCAGAGTATTACTCCCCTGCACGGTCCAGACGATATTCAAGGTCGCCTAGGGGCCGGAGGTTCAGGGCGCAATCCTACTCAAGGTCACCAT
ATGATTCAAGGGGCCGCAGTTACAGCCGAAGCAGGAGCCGTAGCTATAGCCGAAGTTATTCTAGGTGAGTAAAAATACTCTATTGAAGTTTTAAGAAGCTAGCTGATCTT
TCTGAAGACCCAGAAACTATGATTTTAATTATGTTTGGAATTTGGATTTCGGAGGCTTGTATATGTTTTCTTTCTAGAAATATGCTTGTTTAAGAGATAACTGATTTTTA
TGCTCTTATTCAACAAATTTATTAGCTTTATGGCTGTTTTCTCCATGTGAAATGAAACTTGGGATTTTTAGACTTCTTTCTAAAATGCTCCCCAACATTTCTTTCAAAAT
CATGTCTTAATGTTTGTCTGCTAGTGAGTGAGGTTATCAGAGATTAACATTGAGACTGTATCCTAAAAACTATAATAGATGGGACTGTTGGGTTATACCTTATTTTTTCT
TTTAAATTTTAATTATGTAAGTTTATCAATAGTGAATAATTAATAACTAAAATTTCATTAAGTTCGAATATAAAATACCAAATATCTATGATGTTTAATACAAATAACAA
AGAAAAGTATATATTTTTAAATCAATCATTTTTTATGGGTACAAGTTTGGTTATATGATGATTGAAAACAGCTAATCATAGTCTAATTATGTCAAAATTAAGGTTCGTTT
GATGTTTCAGACCATTTATATATTTGCCTTGTACTCTAAAAAGTGAAATGCCCATCTTCGTTTTTGTTCTATTATATTATAATAATTTAGAATCAAAGGATGTCGATTTG
TATTATTGAACTTTGGAGCATGTAAGTATACATTTCAATGCTTGTCTACTAGATTTTTCGACTTTCGTTTTTTCTTAATCTATAATTATGAGGATCGTTAGTTAAATTAT
ATTTTAAAGAACTAATCAATAAAAACCACTTACAAAGTTATATATTCATTATTTCTAAGTAATCTTTTGTTATAAGTCTCAATCTGATTTTTAATTGAACCTAAAGCTTG
GAAATAATTTTTGAAGAATCTCCGAGTAGAGTTAGCAGTTGATATAATATTATTGTAGTTCGACCCTATACTATTATATCTAAATCCTCCCATGTAAATAAAAATGTTGA
TTTGTATTTTTGAACTTTTGAGTTATTTATATGCATAGTCATTGATACACTTTTGAATTATTTATATCATATTAATTAAAAATTGCGGACCTTAACGTTCATGTTCAACT
TAGATTTTGAATGGATTAATATTGGAACTTTGGCCTCATGGCATTTAATGGTTTGTGCCAAAAGTAAATGAACGTCATTGAATTATAAAAATGTCAATGTTAATGAAAAC
TATAAAAATATTGATGTCAATAATTATATTAATTTATTAATGCCAAGAGAGTATAAATATTAAAGTAGGTTAGTTGTGAGACTAAAGTGTATCGGTGGTGATAGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRGRSYSYSPSPPRSYGRRYRSPSPRGRGSRRRDLPTSLLVRNLRHDCRPEDLRGLFGRFGPLKDIYLPRDYYSGEPRGFGFVQFVDAADAADAKYELDGQVLLGHELTV
VFAEENRKRPEEMRARDSSRGRSYSYSHRHSPLRYSRSPHYDRNYSRSPEYYSPARSRRYSRSPRGRRFRAQSYSRSPYDSRGRSYSRSRSRSYSRSYSR