; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0017226 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0017226
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr04:6697129..6698399
RNA-Seq ExpressionPI0017226
SyntenyPI0017226
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035620.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-16677.93Show/hide
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KAA0051057.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-16477.13Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TWH8 Retrotransposon protein5.5e-16476.78Show/hide
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A0A5A7TXW1 Retrotransposon protein3.1e-16778.19Show/hide
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A0A5A7U476 Retrotransposon protein8.5e-16577.13Show/hide
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A0A5A7U9H2 Retrotransposon protein8.5e-16577.13Show/hide
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A0A5D3BDX0 Retrotransposon protein9.1e-16777.93Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein1.1e-3435.29Show/hide
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AT5G12010.1 unknown protein2.0e-1725.73Show/hide
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Query:  RWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYI-----KVNVSA--SDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGY
        R    RF  V+  P +  ++  T+I     K++V++  + R   R +K   ++ +  V + KG F  +  GW GS  D ++L   +            G 
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Query:  YYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNL--INREMTN
        +     G+P  +  L PY  Q           NL T ++  FN K S  + V + AFG LKGRWA L+ R+   ++     + AC +LHN+  +  E   
Subjt:  YYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNL--INREMTN

Query:  ADILDEV
         +++ EV
Subjt:  ADILDEV

AT5G28730.1 unknown protein1.1e-2030.4Show/hide
Query:  IHESDLVCRQSTRMDRRCFTILCHLLRTVAGLQSTEIIDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNLVLLAVLRLHDELLAKPQPMTSTC
        I+ +++ C+   RM    FT LC +L    GLQS+  I ++E VA+FL + A +   R I   F  + ET+ R F+ VL A+ RL  E + +P+ +    
Subjt:  IHESDLVCRQSTRMDRRCFTILCHLLRTVAGLQSTEIIDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNLVLLAVLRLHDELLAKPQPMTSTC

Query:  SDARWRWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYIKVNVSASDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGYYY
        + +     + R+     WP +   L                     G  + NVL +CD    F +   G  GS  D+R+L   IS  + L  V P   YY
Subjt:  SDARWRWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYIKVNVSASDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGYYY

Query:  LCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNV
        L D+GY N  G+LAPYR +    Q+      L     E  N+K     NV
Subjt:  LCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNV

AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.8e-2945.27Show/hide
Query:  FVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRW
        F++VL+GWEGSA DSR+L D + +            +YL D G+ N   FLAP+RG RYHLQE+ G    P T  E FN++H S RNVIER FG+ K R+
Subjt:  FVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRW

Query:  AILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNLINREMTN--ADILDEV-DEGD
        AI +    +  + Q   +L CA LHN + +E  +  AD  DEV +EGD
Subjt:  AILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNLINREMTN--ADILDEV-DEGD

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)4.5e-4132.77Show/hide
Query:  FRMIHESDLVCRQSTRMDRRCFTILCHLLRTVAGLQSTEIIDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNLVLLAVLRLHDELLAKPQPMT
        +++++  +  C ++ RMD+  F  LC LL+T   L+ T  I +E  +A+FL ++ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL AV+ +  +   +P   +
Subjt:  FRMIHESDLVCRQSTRMDRRCFTILCHLLRTVAGLQSTEIIDVEEMVAMFLHVLAHDVKNRVIQREFVRSGETVSRHFNLVLLAVLRLHDELLAKPQPMT

Query:  STCSDARWRWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYIKVNVSASDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIG
         T  +               +      +D  +I V V   ++  +R   G +  NVL        F +VLAGWEGSA+D ++L   ++R N L    P G
Subjt:  STCSDARWRWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYIKVNVSASDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFVLAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIG

Query:  YYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNLINRE
         YY+ D  YPN  GF+APY G   + +E          +KE FN +H      I R FG LK R+ IL     YP++ Q + ++A   LHN +  E
Subjt:  YYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGRSYYPVEVQTRTILACALLHNLINRE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACACACAGAACGATATTGCGTACCTGCTTAACGTGTTCATAACATCCCAACGTCAGTTGCTATTGACGTTGGAATTGTTATTGAATGACAACAAGAGGATACCGCA
AGTACCTTCGGACACGAGGCATATGATTAGACAGTTGGCTTACTTTCGCATGATCCATGAGAGCGACCTCGTGTGTCGTCAAAGTACGCGAATGGATAGACGATGCTTCA
CCATCTTATGCCACCTACTTCGTACTGTGGCGGGATTACAGTCGACCGAAATTATAGATGTCGAAGAAATGGTCGCCATGTTCCTTCACGTATTGGCGCACGACGTGAAA
AATCGTGTGATTCAACGTGAGTTTGTGCGGTCCGGTGAGACTGTTTCACGTCACTTCAATCTAGTACTACTGGCCGTTCTACGACTCCATGACGAGCTTCTGGCAAAACC
CCAACCGATGACGAGCACTTGTTCTGATGCACGTTGGAGGTGGTTCGAGGTACGATTTGTCTTTGTCACAGTCTGGCCAACAATAACGCGTGCACTGGATGGCACATACA
TCAAAGTTAACGTGAGTGCATCTGATCGACCTGCATACAGAACACGCAAGGGTGAAATTGCAATGAATGTGCTCGGTGTGTGTGATACGAAGGGAGATTTCGTGTTCGTT
TTAGCCGGTTGGGAGGGTTCCGCAGCGGACTCGCGCATCCTTCGAGATGTCATTTCTAGACCGAACGGACTTATGTCGGTTTTTCCAATAGGGTACTACTACCTGTGTGA
CGCGGGATATCCTAATGCAGAGGGGTTTCTTGCTCCGTACCGAGGGCAACGATACCACCTTCAGGAGTGGCGCGGGGCGGGTAATTTGCCAACAACGTCCAAAGAGTTCT
TCAACATGAAACATTCTTCCGCACGGAATGTCATCGAAAGAGCGTTCGGCCTGTTGAAGGGTCGATGGGCAATCCTCCGAGGAAGGTCATACTATCCTGTCGAAGTGCAA
ACTCGAACGATACTCGCATGTGCCTTACTGCACAATCTCATAAATCGGGAGATGACGAACGCTGACATACTGGACGAAGTTGATGAGGGTGACTCAACGTACGCCACCAC
TGGTGGGGAGGACATACACTATATAGAGACGTCCAACGCATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AGTACCTTCGGACACGAGGCATATGATTAGACAGTTGGCTTACTTTCGCATGATCCATGAGAGCGACCTCGTGTGTCGTCAAAGTACGCGAATGGATAGACGATGCTTCA
CCATCTTATGCCACCTACTTCGTACTGTGGCGGGATTACAGTCGACCGAAATTATAGATGTCGAAGAAATGGTCGCCATGTTCCTTCACGTATTGGCGCACGACGTGAAA
AATCGTGTGATTCAACGTGAGTTTGTGCGGTCCGGTGAGACTGTTTCACGTCACTTCAATCTAGTACTACTGGCCGTTCTACGACTCCATGACGAGCTTCTGGCAAAACC
CCAACCGATGACGAGCACTTGTTCTGATGCACGTTGGAGGTGGTTCGAGGTACGATTTGTCTTTGTCACAGTCTGGCCAACAATAACGCGTGCACTGGATGGCACATACA
TCAAAGTTAACGTGAGTGCATCTGATCGACCTGCATACAGAACACGCAAGGGTGAAATTGCAATGAATGTGCTCGGTGTGTGTGATACGAAGGGAGATTTCGTGTTCGTT
TTAGCCGGTTGGGAGGGTTCCGCAGCGGACTCGCGCATCCTTCGAGATGTCATTTCTAGACCGAACGGACTTATGTCGGTTTTTCCAATAGGGTACTACTACCTGTGTGA
CGCGGGATATCCTAATGCAGAGGGGTTTCTTGCTCCGTACCGAGGGCAACGATACCACCTTCAGGAGTGGCGCGGGGCGGGTAATTTGCCAACAACGTCCAAAGAGTTCT
TCAACATGAAACATTCTTCCGCACGGAATGTCATCGAAAGAGCGTTCGGCCTGTTGAAGGGTCGATGGGCAATCCTCCGAGGAAGGTCATACTATCCTGTCGAAGTGCAA
ACTCGAACGATACTCGCATGTGCCTTACTGCACAATCTCATAAATCGGGAGATGACGAACGCTGACATACTGGACGAAGTTGATGAGGGTGACTCAACGTACGCCACCAC
TGGTGGGGAGGACATACACTATATAGAGACGTCCAACGCATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDTQNDIAYLLNVFITSQRQLLLTLELLLNDNKRIPQVPSDTRHMIRQLAYFRMIHESDLVCRQSTRMDRRCFTILCHLLRTVAGLQSTEIIDVEEMVAMFLHVLAHDVK
NRVIQREFVRSGETVSRHFNLVLLAVLRLHDELLAKPQPMTSTCSDARWRWFEVRFVFVTVWPTITRALDGTYIKVNVSASDRPAYRTRKGEIAMNVLGVCDTKGDFVFV
LAGWEGSAADSRILRDVISRPNGLMSVFPIGYYYLCDAGYPNAEGFLAPYRGQRYHLQEWRGAGNLPTTSKEFFNMKHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGRSYYPVEVQ
TRTILACALLHNLINREMTNADILDEVDEGDSTYATTGGEDIHYIETSNA