; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0018525 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0018525
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationchr07:20375327..20381593
RNA-Seq ExpressionPI0018525
SyntenyPI0018525
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008465435.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo]2.7e-19898.81Show/hide
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X16.5e-18293.24Show/hide
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A0A6J1FEP9 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like7.2e-18192.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 13.6e-2044.19Show/hide
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        +R RRS  SGS SSSRSRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B3.0e-1943.41Show/hide
Query:  SRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVR
        ++ RRS  SGS SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RRSR+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
Subjt:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR

Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P    + P      M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 14.0e-1943.02Show/hide
Query:  SRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVR
        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S SRS SSS+S S S SS S SP P R+   +  RRSR+   P KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRT-VNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR452.9e-11067.44Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS

Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR

Query:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        +  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 452.0e-11167.44Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP

Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS

Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRR

Query:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        +  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  V--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 451.9e-10966.82Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP

Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPL
        +  PKRD PK +N   DAEKD   R+    PR +  SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    SP 
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPL

Query:  ARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV-
         RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++PR++ 
Subjt:  ARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRV-

Query:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
         SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 453.2e-10965.68Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPP

Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
Subjt:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV

Query:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS
        +  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    S
Subjt:  ATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPS

Query:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSA
        P  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+
Subjt:  PLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPGAAGRRGRSSSYSA

Query:  SPSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        SPSPR++PR++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  SPSPRKVPRRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCAGGTTCGTCCTCACGTTCCCGCTCATTGTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGTAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCAC
ATTGACGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTTAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAGGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACAT
TACCCCAAAGACAAAAGATGCCAACACCACCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCCGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGATTCTCCACGCCG
TCGTCCGGAGTCTCCTCCACGTCGCCGCGTAGAATCTCCTTTTCGTCGTGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGGGGGGGCCGTTCCCCATCGC
CTTTGGCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCG
GCCGGGCGCTGCTGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTTCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAA
GAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CGCAGAATTACATCTCGACCATTTTTCTGTATCGCATCTCCTTTTCATCGTCTCTGACGGGTTTAAGCTAGGGTTTCAATCTTCACTCTGCACCCATTGCCGGCCATGGC
GAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCAGGTTCGTCCTCACGTTCCCGCTCATTGTCCGGCTCTGATTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTCCAGGT
CTGCATCTGTGTCCCGCTCACGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGTAGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGT
CCGACTGAAACAGCTCGGAGGTCTCGTGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGA
CGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATTTTTAGTAATTTTGGTGAAGTCGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTAAACCTTCCTAAAG
GATATGGATATGTTGAATTTAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAGGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATACGAGCAAGATTTACATTACCC
CAAAGACAAAAGATGCCAACACCACCAAGGACTGTAGCAACTGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCCGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATGAAAAG
ACAGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGAAAACCTCCTTCACCTAGAAGGCGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCTGATTCTCCACGCCGTCGTC
CGGAGTCTCCTCCACGTCGCCGCGTAGAATCTCCTTTTCGTCGTGATTCTCCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCCATGAGGGGGGGCCGTTCCCCATCGCCTTTG
GCAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCCCCAAGAAGAATTCGTGGAAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGCACACCACCTCGACGTGC
TCGTAGTCCTCCAAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGAAGAAGTCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGCTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGG
GCGCTGCTGGTAGGCGTGGGAGATCATCATCCTACTCTGCATCACCTAGTCCACGCAAGGTTCCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAAGAAGC
AGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCGCCACCTCGTAAGCCATAAACAACTCTTCACATCTCTCCCTCCCTCTCTCAAAATTCTCTCTTGTTCTATGTGTATTCCGAAAA
ATGCGACGTTTTGTTTTCTTCCTGACCTGGTAAAGAGCTCTCTTGTACCAAAAATATTTGGATTAAATCCCCATTTTGGTTTGTTTGTAGTTAGTTTGTTTTCTGTTACT
TATTGGATTAAAAACATTTAGATAATACTTTGTTCTAAATGCAGTCTAGTATTATTACACTTCTACTATTGAAAGGTCTACATGGAGCATTCCCCCTTTTCCTTGTGGGT
TTTAGAGACTATATTCCTTTTTTGATATTGTTTTTGTTAATTCTCTCTAACATTTTGATTTTGTGGCTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRSRASPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDM
KRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPESPPRRRVESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPR
RARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVPRRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP