; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0019406 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0019406
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationchr09:9637746..9641294
RNA-Seq ExpressionPI0019406
SyntenyPI0019406
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.2e-9498.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]2.3e-95100Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]1.2e-9498.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]5.2e-9599.43Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLR+NLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

XP_038906991.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Benincasa hispida]8.9e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLR+N+VSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein1.1e-95100Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.4e-9598.3Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIEN+GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB79.6e-9598.3Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVV+MVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like5.6e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like5.6e-9598.86Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 77.3e-9292.61Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR FGRNL+ENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGI+ IGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVT+VNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVS HLIPDDMEFQ+GD+PNYTTSDGSVKIQK+ EVRLKIIGTRVDAT IFC+GTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA

P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.9e-9597.13Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR+FGRNLR+NLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVA+TGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPS
        AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGD+PNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDP+
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPS

P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.1e-5354.65Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+NIG G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  + IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.1e-5354.65Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+NIG G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  + IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.1e-5355.23Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MF+HI LE  + LHPR+FG NL   +  KL  +VEGTC+G++GFV+A+T I+NIG G+I+ G GFV +PVKY+ +VFRPFKGE+++AVVT VNK+G F E
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN
         GP+  F+S H IP +MEF  + + P Y T D  V IQ+D E+RLKI+GTRVD  +IF IG++ DD+LG+++
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQ-SGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVIN

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA
        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA

AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA
        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEA

AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.8e-1434.38Show/hide
Query:  GFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV
        G+++  T +ENIG+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
Subjt:  GFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV

Query:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG
        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
Subjt:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG

AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.2e-1432.58Show/hide
Query:  GFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV
        G+ VA+T ++ IG+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
Subjt:  GFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEV

Query:  RLKIIGTR--VDATEIFCIGTIKDDFLGVIND
        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
Subjt:  RLKIIGTR--VDATEIFCIGTIKDDFLGVIND

AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II5.2e-9392.61Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE
        MFFHIVLERNMQLHPR FGRNL+ENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGI+ IGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVT+VNKMGFFAE
Subjt:  MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAE

Query:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA
        AGPVQIFVS HLIPDDMEFQ+GD+PNYTTSDGSVKIQK+ EVRLKIIGTRVDAT IFC+GTIKDDFLGVINDP+AA
Subjt:  AGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTTTTCCACATAGTTTTGGAGAGAAATATGCAGCTACATCCACGCCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAACCTGGTGTCCAAACTGATGAAAGATGTTGAGGGCAC
CTGCAGCGGCCGACATGGGTTTGTAGTTGCAATCACAGGAATTGAGAATATTGGGAAAGGATTGATTCGCGATGGGACTGGCTTTGTCACTTTTCCCGTGAAATACCAAT
GTGTGGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATTTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGCTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAC
CATTTGATACCGGATGATATGGAGTTTCAGTCTGGAGATGTGCCAAACTACACCACGTCGGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGATAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGCACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATCAATGACCCTTCAGCGGCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAAATAACAATTTAGGAAGGAATAAAAACTCCCCTCCCTTTGATTTCAATCTCACTCTAGCCTTCGCCCTCTCCCTGCTTCACGCTGTTGCCACTCCGCCGTCTCTCTCC
GTTCAGCGCCTCCGCCGCAACCTACCGGAGTTGCATTCATTGAATTCAAGTGGTTTTCGTTTAGTTAGAGGGAGCCAATATGTTTTTCCACATAGTTTTGGAGAGAAATA
TGCAGCTACATCCACGCCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAACCTGGTGTCCAAACTGATGAAAGATGTTGAGGGCACCTGCAGCGGCCGACATGGGTTTGTAGTTGCA
ATCACAGGAATTGAGAATATTGGGAAAGGATTGATTCGCGATGGGACTGGCTTTGTCACTTTTCCCGTGAAATACCAATGTGTGGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAAT
TTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGCTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCGGATGATATGGAGTTTCAGT
CTGGAGATGTGCCAAACTACACCACGTCGGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGATAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGCACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTTTT
TGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATCAATGACCCTTCAGCGGCTTAGGTCTTCATCTTTGATGCAAGTTTGTAGATTGTGTTATGTATTAACCTCCT
TGACATTGAAAAAAGAAAAATCTAATTTTGGTGTATAGGCTCTACGTTTTTTCAACTATTTATCCATTTATTTCTAGGGATCCTTTTACCACAATACTTGTGTGATGGTA
TTTAATTTGAACCCTGTAGTTTGGGGGAAAGCTTGAATGTAGTCTATGTAGTTTTAAAGGCTTTAACCTCTTCGTGGTTTGATATAAACTTTATAAATAGCCATTATTGT
TGGATACAACTTTCATGAATAATCTCTACAAATCACTATATCTTAAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSN
HLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA