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PI0020374 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0020374
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionRetrotransposon gag protein
Genome locationchr03:15079813..15080386
RNA-Seq ExpressionPI0020374
SyntenyPI0020374
Gene Ontology termsGO:0006278 - RNA-dependent DNA biosynthetic process (biological process)
GO:0003964 - RNA-directed DNA polymerase activity (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0025369.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold1204G00530 [Cucumis melo var. makuwa]2.8e-3975.21Show/hide
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KAA0035535.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold285G002020 [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-4077.05Show/hide
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KAA0058334.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold409G00180 [Cucumis melo var. makuwa]2.4e-3872.95Show/hide
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KAA0060435.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-4177.05Show/hide
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KAA0067359.1 retrotransposon gag protein [Cucumis melo var. makuwa]5.7e-4075.41Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7V3J9 Reverse transcriptase1.1e-4177.05Show/hide
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A0A5A7V4B8 Retrotransposon gag protein1.2e-3873.77Show/hide
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        F+LK GLIHLLP+FKGSSGEDP
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A0A5A7VQ60 Retrotransposon gag protein2.8e-4075.41Show/hide
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A0A5D3DIP6 Retrotrans_gag domain-containing protein1.4e-3975.21Show/hide
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        MTRSSNL+F +FEDLNREVRRIRRERR+ENS +N SNQEPL  L        EP+LD PL PNLGRGN+ E+REKT REL EPDEDQRPL IVIP TTQP
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A0A5D3E5X3 Uncharacterized protein5.6e-4177.05Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACCCGTTCTTCCAATTTAGAATTTCATTTCTTTGAAGATTTAAATAGGGAAGTTCGTAGAATTAGAAGAGAAAGGAGAAAAGAGAATAGCAACAATAATTTTTCTAA
TCAAGAACCCTTAGGAGATTTAGAACTAAGCTTAGGTCCAACCTTTGAACCTAACCTAGATCCTCCTTTAGTTCCAAACCTTGGTAGAGGCAATATGTGTGAAATTAGAG
AAAAGACCTTTAGAGAGCTTGTCGAACCCGATGAAGACCAAAGACCTCTTGGTATAGTCATACCCCCTACTACTCAACCTTTTGAATTAAAATCAGGACTTATCCATCTT
TTGCCCGTCTTTAAAGGAAGTTCCGGAGAGGACCCTGATGGGATAAATGATGGTATGGAAGATGGATTATGGATGGATGCGATCGTGAATCGTTTATCGTACAAGTTTTC
CTCTTGCTCGCCCAAGTATAAGCAGAGCAAGAGGTTTCTTGGGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACCCGTTCTTCCAATTTAGAATTTCATTTCTTTGAAGATTTAAATAGGGAAGTTCGTAGAATTAGAAGAGAAAGGAGAAAAGAGAATAGCAACAATAATTTTTCTAA
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AAAAGACCTTTAGAGAGCTTGTCGAACCCGATGAAGACCAAAGACCTCTTGGTATAGTCATACCCCCTACTACTCAACCTTTTGAATTAAAATCAGGACTTATCCATCTT
TTGCCCGTCTTTAAAGGAAGTTCCGGAGAGGACCCTGATGGGATAAATGATGGTATGGAAGATGGATTATGGATGGATGCGATCGTGAATCGTTTATCGTACAAGTTTTC
CTCTTGCTCGCCCAAGTATAAGCAGAGCAAGAGGTTTCTTGGGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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