; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0020453 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0020453
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationchr10:18706978..18711409
RNA-Seq ExpressionPI0020453
SyntenyPI0020453
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-9498.39Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]3.2e-9598.4Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]4.2e-9597.87Show/hide
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XP_022956661.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita moschata]3.0e-9397.31Show/hide
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XP_023004543.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita maxima]9.7e-9296.28Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.6e-9598.4Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X17.7e-9598.39Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X12.3e-9195.72Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.5e-9397.31Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like4.7e-9296.28Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.5e-5869.19Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.1e-6572.22Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.3e-5466.49Show/hide
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        M RVY+GNLDPRVT R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS N+  G GG  R        G  + KCYECG
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ219.2e-5365.24Show/hide
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        E GHFARECR R G  G+G G RRS S  R RSP Y +   YGRRS SPR  RSPRRRS++ P RGRSYSRSP     R  SPYA+G
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A9.5e-5867.71Show/hide
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        CGE GHFARECRSRGGS    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 214.4e-6672.22Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 214.4e-6672.22Show/hide
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        GE GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 215.3e-6470.71Show/hide
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        GE GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y      S SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.0e-5969.19Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.0e-5969.19Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTGGATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAG
GTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAATGCCGC
TCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTATGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAGTCCTCG
TGGTAAAAGATCTCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATG
GAGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CAACAAGAAAACCAAACTCACTCATCCCCTTGACTGTCACCTTCTGCAGACTTCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGACGGACAGCGCCGTTTTCAAACCTTATCAC
CGGCTGATCTCTTCCTACACTTTGTCGATTCCGCGAGATCTTTGTCTTGGCGGTTCTTCGCTCATTCGTTACAATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCG
TTACAGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTAAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGG
GATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTGGATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGG
TGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAATGCCGCTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTATGC
GTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCTCCACGACGTCGCAGCATTACACCT
CCTAAGCGTGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGAGATTGATGCTGGAATCAAGGCTGGATGCTGTGCTG
GTAGAACTTAGATGATGGTGTTTCTGCTATACTGTAGTTCTAATAGGGAATTGTGGAGTGAACCGGAATCATGTAGTTAAGTTCGTCTGACAATTGGTTCTCTTTGAAAC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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