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PI0020906 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0020906
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr12:6238764..6239743
RNA-Seq ExpressionPI0020906
SyntenyPI0020906
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.5e-14497.35Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.0e-14597.74Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic3.2e-13991.01Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.4e-13993.36Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic2.1e-14394.01Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.4e-13990.19Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic2.6e-14192.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 37.1e-13486.89Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 27.1e-13486.89Show/hide
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        AASTMALSSP+ AGKAV L+P++SE++G+ GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.9e-13487.27Show/hide
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        AASTMALSSP+ AGKAVKL+P++SE++G+ GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B27.8e-13386.89Show/hide
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        A+STMALSSP+ AGKAVK  P++S+++G+ GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B17.5e-13687.59Show/hide
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        AASTMALSSP+L GKAVKL+P++SE+ G  GR++MRK++     SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSSELIGNGGRVSMRKSASKLVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCAGCCTCAACAATGGCTCTCTCTTCTCCGTCGCTTGCTGGAAAGGCAGTGAAACTCACTCCCTCTTCGTCCGAGCTTATCGGCAATGGCGGTAGAGTCAGCAT
GAGGAAATCTGCTTCCAAATTGGTTTCTTCTGGTAGCCCTTGGTATGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGACCATTTTCTGGTGAGCCTCCATCTTATCTCACTGGTG
AGTTTCCTGGTGACTATGGATGGGATACTGCAGGACTTTCTGCAGATCCCGAAACCTTTGCTAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTCGGA
GCCTTAGGTTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCTCGGAACGGCGTGAAATTTGGAGAAGCAGTGTGGTTCAAGGCAGGTTCTCAAATCTTCAGCGAAGGTGGGCTTGACTA
CTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAGAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCTCAAGTTGTTCTCATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGTATTGCTGGTGGTCCACTAG
GGGAGGTGACTGATCCCATTTACCCAGGTGGGAGCTTTGACCCATTGGGGCTTGCAGATGACCCAGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAAGAGTTGAAGAATGGAAGA
TTGGCTATGTTCTCGATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCTATCGTCACAGGAAAGGGTCCACTAGAGAATCTTGCGGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCATG
GGCTTACGCAACCAACTTTGTTCCAGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGGCAGCCTCAACAATGGCTCTCTCTTCTCCGTCGCTTGCTGGAAAGGCAGTGAAACTCACTCCCTCTTCGTCCGAGCTTATCGGCAATGGCGGTAGAGTCAGCAT
GAGGAAATCTGCTTCCAAATTGGTTTCTTCTGGTAGCCCTTGGTATGGACCTGACCGTGTCAAGTATTTGGGACCATTTTCTGGTGAGCCTCCATCTTATCTCACTGGTG
AGTTTCCTGGTGACTATGGATGGGATACTGCAGGACTTTCTGCAGATCCCGAAACCTTTGCTAAGAACCGTGAGCTCGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTCGGA
GCCTTAGGTTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCTCGGAACGGCGTGAAATTTGGAGAAGCAGTGTGGTTCAAGGCAGGTTCTCAAATCTTCAGCGAAGGTGGGCTTGACTA
CTTGGGGAACCCAAGCTTGATCCACGCCCAGAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCTCAAGTTGTTCTCATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGTATTGCTGGTGGTCCACTAG
GGGAGGTGACTGATCCCATTTACCCAGGTGGGAGCTTTGACCCATTGGGGCTTGCAGATGACCCAGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAAGAGTTGAAGAATGGAAGA
TTGGCTATGTTCTCGATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCTATCGTCACAGGAAAGGGTCCACTAGAGAATCTTGCGGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCATG
GGCTTACGCAACCAACTTTGTTCCAGGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSSELIGNGGRVSMRKSASKLVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGR
LAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK