; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0021361 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0021361
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr03:18799143..18799895
RNA-Seq ExpressionPI0021361
SyntenyPI0021361
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0046727.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-7567.56Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG
        MDRRCF IL HLLRT +GL STE +DVEEMV MFL +LAHDVKNRVIQ+EF++SGETIS+HFN+VLL V+RLHDELLKKPQP              NCLG
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG

Query:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY
        ALDGTYIKVNV A+DR RYRTRKGEVAT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR A+SRPN L+VPK                           GY
Subjt:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY

Query:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL
        YYL DA YPNAEGFLAPYR QRY+L
Subjt:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL

KAA0051443.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-7569.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKVNV   
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

KAA0062150.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-7569.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKV+V A 
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT +LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA+YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

KAA0062587.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-7569.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKVNV A 
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADS+ILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

XP_008455792.1 PREDICTED: putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo]9.1e-7869.33Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG
        MDRRCF IL HLLRTT+GL  TE IDVEEMV MFL +LAHDVKNR+IQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL   RLHDELLKKPQP              NCLG
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG

Query:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY
        ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVAT++LG CDTKGDFVFVL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GY
Subjt:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY

Query:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL
        YYLCDA YPNAEGFLAPYR +RY+L
Subjt:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C1U8 putative nuclease HARBI14.4e-7869.33Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG
        MDRRCF IL HLLRTT+GL  TE IDVEEMV MFL +LAHDVKNR+IQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL   RLHDELLKKPQP              NCLG
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG

Query:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY
        ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVAT++LG CDTKGDFVFVL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GY
Subjt:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY

Query:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL
        YYLCDA YPNAEGFLAPYR +RY+L
Subjt:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL

A0A5A7TXW1 Retrotransposon protein5.4e-7667.56Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG
        MDRRCF IL HLLRT +GL STE +DVEEMV MFL +LAHDVKNRVIQ+EF++SGETIS+HFN+VLL V+RLHDELLKKPQP              NCLG
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQP--------------NCLG

Query:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY
        ALDGTYIKVNV A+DR RYRTRKGEVAT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR A+SRPN L+VPK                           GY
Subjt:  ALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGY

Query:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL
        YYL DA YPNAEGFLAPYR QRY+L
Subjt:  YYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL

A0A5A7U6C1 Retrotransposon protein7.0e-7669.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKVNV   
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

A0A5A7V4C6 Retrotransposon protein5.4e-7669.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKV+V A 
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT +LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADSRILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA+YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

A0A5A7V6J9 Retrotransposon protein7.0e-7669.67Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        MDRR F IL HLLR  +GL STE +DVEEMV MFL VLAHDVKNRVIQ+EFV+SGET+S+HFNIVLL VLRL++EL+K+P PNCLGALDGTYIKVNV A 
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
        DRP +RTRKGE+AT++LGVCDTKGDFV+VL GWEGSAADS+ILR AISR NGL+VPK                           GYYYLCDA YPNAEGF
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQRYNL
        LAPYR QRY+L
Subjt:  LAPYRRQRYNL

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein1.5e-1728.26Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRL---------HDELLKKPQ----------
        M   CF  L ++L+T   L  T  I +EE V MFL +  H+   R +   F ++ ET+ + F  VL     L           EL + P+          
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRL---------HDELLKKPQ----------

Query:  --PNCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFET
             +GA+DGT++ V V    +  Y  R    + +I+ +CD K  F ++  G  GS  D+ +L++A                           QQ+   
Subjt:  --PNCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFET

Query:  FNIPIG-YYYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQR
        F +P    YYL D+ YPN +G LAPYR  R
Subjt:  FNIPIG-YYYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQR

AT5G28730.1 unknown protein3.4e-1428.5Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT
        M    F  L  +L    GL S+  I ++E V +FL++ A +   R I   F  + ETI + F+ VL  + RL  E ++  +   L A+     ++     
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSAT

Query:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF
          P      G  + ++L +CD    F +  VG  GS  D+R+L  AIS      VP                          P   YYL D+ Y N  G+
Subjt:  DRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGF

Query:  LAPYRRQ
        LAPYRR+
Subjt:  LAPYRRQ

AT5G28950.1 unknown protein4.9e-1343.42Show/hide
Query:  NCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISR-PNGLRVPK
        +C+GA+D T+I   VS    P +R RKG+++ ++L  C+   +F++VL GWEGSA DS++L  A++R  N L VP+
Subjt:  NCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISR-PNGLRVPK

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.6e-2732.41Show/hide
Query:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRL---------HDELLKKPQP---NCLGAL
        MD+  F  L  LL+T   L  T  I +E  + +FL ++ H+++ R +Q+ F  SGETIS+HFN VL  V+ +         + + L+   P   +C+G +
Subjt:  MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRL---------HDELLKKPQP---NCLGAL

Query:  DGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYY
        D  +I V V   ++  +R   G +  ++L        F +VL GWEGSA+D ++L  A++R N L+VP+G                            YY
Subjt:  DGTYIKVNVSATDRPRYRTRKGEVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYY

Query:  LCDAKYPNAEGFLAPY
        + D KYPN  GF+APY
Subjt:  LCDAKYPNAEGFLAPY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACAGAAGATGTTTTGTCATTCTATACCACCTACTTAGGACGACTTCTGGATTACCGTCGACGGAATTCATCGACGTTGAGGAGATGGTCACCATGTTCCTCCTTGT
ACTCGCGCACGATGTGAAGAACCGAGTGATCCAAAAGGAGTTCGTGCAGTCGGGTGAGACAATTTCACAACATTTCAACATAGTCTTGTTGACAGTGCTACGCCTGCACG
ACGAGTTGTTGAAGAAACCTCAACCAAATTGCCTAGGTGCGTTAGATGGCACATATATAAAGGTAAACGTGAGCGCAACTGATCGTCCGAGATATAGGACACGGAAGGGC
GAAGTTGCCACGAGCATCCTAGGTGTATGTGATACGAAAGGGGATTTTGTGTTCGTTTTAGTTGGCTGGGAAGGGTCTGCAGCCGATTCTCGCATCCTTAGAGTTGCTAT
TTCAAGACCTAATGGACTAAGGGTTCCGAAGGGTACCTACATACCCATCCTTCTTCTCAACTATATTTTAAATGTTCAACAACAAGCATTTGAAACATTCAATATCCCAA
TAGGGTACTACTACTTATGCGATGCCAAGTATCCCAACGCTGAAGGTTTCCTGGCTCCATACAGAAGACAACGATACAACCTGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGACAGAAGATGTTTTGTCATTCTATACCACCTACTTAGGACGACTTCTGGATTACCGTCGACGGAATTCATCGACGTTGAGGAGATGGTCACCATGTTCCTCCTTGT
ACTCGCGCACGATGTGAAGAACCGAGTGATCCAAAAGGAGTTCGTGCAGTCGGGTGAGACAATTTCACAACATTTCAACATAGTCTTGTTGACAGTGCTACGCCTGCACG
ACGAGTTGTTGAAGAAACCTCAACCAAATTGCCTAGGTGCGTTAGATGGCACATATATAAAGGTAAACGTGAGCGCAACTGATCGTCCGAGATATAGGACACGGAAGGGC
GAAGTTGCCACGAGCATCCTAGGTGTATGTGATACGAAAGGGGATTTTGTGTTCGTTTTAGTTGGCTGGGAAGGGTCTGCAGCCGATTCTCGCATCCTTAGAGTTGCTAT
TTCAAGACCTAATGGACTAAGGGTTCCGAAGGGTACCTACATACCCATCCTTCTTCTCAACTATATTTTAAATGTTCAACAACAAGCATTTGAAACATTCAATATCCCAA
TAGGGTACTACTACTTATGCGATGCCAAGTATCCCAACGCTGAAGGTTTCCTGGCTCCATACAGAAGACAACGATACAACCTGTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDRRCFVILYHLLRTTSGLPSTEFIDVEEMVTMFLLVLAHDVKNRVIQKEFVQSGETISQHFNIVLLTVLRLHDELLKKPQPNCLGALDGTYIKVNVSATDRPRYRTRKG
EVATSILGVCDTKGDFVFVLVGWEGSAADSRILRVAISRPNGLRVPKGTYIPILLLNYILNVQQQAFETFNIPIGYYYLCDAKYPNAEGFLAPYRRQRYNL