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PI0023806 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0023806
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr12:6241598..6247468
RNA-Seq ExpressionPI0023806
SyntenyPI0023806
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.8e-14998.11Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.9e-14797.73Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic9.8e-14189.43Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)3.1e-14293.73Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.2e-14393.94Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.8e-14290.19Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.1e-14291.39Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 33.7e-13586.52Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADP+NNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 23.7e-13586.52Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+ G+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADP+NNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 19.8e-13686.89Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+ G+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADP+NNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B24.1e-13486.52Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++ G+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADP+NNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B14.7e-13887.59Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+FG GR++MRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADP+NNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCAACCATGGCTCTATCCTCCCCCTCTCTCGCTGGAAAGGCCGTGAAACTCACACCTTCCTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACGGTAGAGTTAGCATGAGAAA
ATCTGCCTCCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGTCCATGGTATGGACCTGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCCTATCTTACCGGAGAATTCC
CCGGTGACTATGGCTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAAACCTTTGCCAAGAACCGTGAACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGGGCCTTG
GGCTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCTCGCAATGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTATGGTTCAAGGCGGGTTCTCAAATCTTCAGTGAAGGTGGACTCGACTACTTGGG
GAATCCCAGCTTGATCCATGCCCAAAGCATTCTAGCTATTTGGGCCTCCCAAGTGGTTCTCATGGGAGCCGTTGAGGGATACCGTATTGCTGGTGGTCCACTTGGGGAGA
TCACCGACCCCATTTACCCAGGTGGAAGCTTTGATCCATTAGGACTTGCAGATGATCCAGAAGCTTTCGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGTTGAAGAATGGGAGATTGGCA
ATGTTCTCCATGTTTGGCTTTTTCGTTCAAGCCATTGTCACCGGAAAGGGTCCATTAGAGAATCTTGCTGACCACCTTGCTGACCCAATCAACAATAATGCTTGGGCTTA
TGCTACAAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATAGCATTTTTTTTGTCATTAAAATTAGCTTATTCTTACTTGCAATGGCGGCCTCAACCATGGCTCTATCCTCCCCCTCTCTCGCTGGAAAGGCCGTGAAACTCACACCT
TCCTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACGGTAGAGTTAGCATGAGAAAATCTGCCTCCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGTCCATGGTATGGACCTGACCGTGTTAAGTATTTGGG
CCCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCCTATCTTACCGGAGAATTCCCCGGTGACTATGGCTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAAACCTTTGCCAAGAACCGTG
AACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGGGCCTTGGGCTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCTCGCAATGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTATGGTTCAAG
GCGGGTTCTCAAATCTTCAGTGAAGGTGGACTCGACTACTTGGGGAATCCCAGCTTGATCCATGCCCAAAGCATTCTAGCTATTTGGGCCTCCCAAGTGGTTCTCATGGG
AGCCGTTGAGGGATACCGTATTGCTGGTGGTCCACTTGGGGAGATCACCGACCCCATTTACCCAGGTGGAAGCTTTGATCCATTAGGACTTGCAGATGATCCAGAAGCTT
TCGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGTTGAAGAATGGGAGATTGGCAATGTTCTCCATGTTTGGCTTTTTCGTTCAAGCCATTGTCACCGGAAAGGGTCCATTAGAGAATCTT
GCTGACCACCTTGCTGACCCAATCAACAATAATGCTTGGGCTTATGCTACAAACTTTGTTCCTGGAAAATGAGTCATATATAATGTACGAATCGGCATAATAATTAAACC
TTAAAATAGTATGTTTGTAGAGTGCTTTAATTTGTAGAATAAAAAGGAGTGTGTTTTAATTTATTTAGTGAATCTTTTAATGTAGTAGATAAAAATGTGCACTATTATTG
TACATTTTATTTATATGAATGATTCTGTGGAGGTTGAAATCAAAGGATATTTATGAACATGTTGATACTAATAATATTGTCTATGTTAAATTCTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPINNNAWAYATNFVPGK