; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0024559 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0024559
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionRNase H domain-containing protein
Genome locationchr12:4593742..4598073
RNA-Seq ExpressionPI0024559
SyntenyPI0024559
Gene Ontology termsGO:0090502 - RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0004523 - RNA-DNA hybrid ribonuclease activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002156 - Ribonuclease H domain
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily
IPR044730 - Ribonuclease H-like domain, plant type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0056936.1 putative ribonuclease H protein [Cucumis melo var. makuwa]6.2e-7789.94Show/hide
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KAE8652698.1 hypothetical protein Csa_013405 [Cucumis sativus]4.9e-7488.05Show/hide
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KAF3966710.1 hypothetical protein CMV_009215 [Castanea mollissima]3.9e-4755.62Show/hide
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KAG6584039.1 putative ribonuclease H protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.1e-6979.25Show/hide
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        ILD + CKVSHIYREGN+VA+RFASIGHRYKKLE+W+D+PPLETLDMM  DAEGK +FR
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XP_038895327.1 uncharacterized protein LOC120083578 [Benincasa hispida]1.8e-5572.33Show/hide
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                             RFASIGHRYKKLEIW+++PPLE LDMM  DAEGK TFR
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LUF5 RNase H domain-containing protein2.4e-7488.05Show/hide
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A0A2P6Q3E3 Putative ribonuclease H-like domain-containing protein2.1e-4655.69Show/hide
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        +   I S+I + + C ++HIYREGN+ AD+FA +GH Y+K +IW+ +PP + L +M  DAEGK  FR
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A0A5D3DS33 Putative ribonuclease H protein3.0e-7789.94Show/hide
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A0A7N2LU47 RNase H domain-containing protein1.5e-4755.62Show/hide
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M5WIY9 RNase H domain-containing protein (Fragment)2.7e-4653.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0C2F6 Putative ribonuclease H protein At1g657508.3e-0830.57Show/hide
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        K   DG+S+G   PGLAS GGVLRD    +  G++  IGR ++  AEL  +  GL    E     V +E D++ +V  L     +      S+   +   
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         L  D   ++ H+YRE N++AD  A+            DL P     ++  D  G T
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24090.1 RNase H family protein4.5e-0929.32Show/hide
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        EFDG+SKG   PGL+    VL+      +    + +G A ++ AE  AL  GL+  +E G+K++ V+GD+K +   +    +V         +  K L  
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             ++SH+ R  N  AD  A++  R  + E+
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AT3G01410.1 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein4.1e-1036.29Show/hide
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AT3G01410.2 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein4.1e-1036.29Show/hide
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AT5G42905.1 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein6.1e-0639.24Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATGTTTGGGTTGAAGGAGATGCCAAGGGATTGGTGGAAATACTGGTTGAAAATAAAGAGGTTAAATGTATGGAAGCTCGAAGTTATTTTAGGTACATTAAATCTTTAATA
CTTGATTTTGATAAATGTAAAGTTAGTCATATTTATAGGGAAGGTAATAAAGTTGCTGATAGATTTGCTTCCATTGGTCATCGTTATAAGAAGCTTGAAATTTGGAAGGA
TCTTCCTCCGTTGGAGACTTTGGATATGATGAGTCATGATGCTGAGGGGAAGACTACTTTTAGGATAAAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAAATGAAAAGTTGGATATCAGAGCTGTTACCATTATATTGATTTGGTGGTAGTGTAGGCAGCATTACAATAGGCACAGTGAACTGAAGTGAATGAATCAAATAATGTTT
CTGTTTCAGTTTCAGTTCCCTGTGGCTTTTGTAATATTGGCTACAACTCCCTACTCCTCCTTCCCTTCTTTCTATCTTCCATTGCAAAATCGCGTTTAAGTTTCACCCTC
CCTTCTGCTTAAATCGGATTTCTCCAGACAAAGGGTGACCCACTTTTTTGGCAAATCAGAATAGTTTTAAGTGTTTGAATTCATCTCAGCATGCTCCCTCGAGTTGATGT
TTTTATGAGCTTTTAAGGTAGAAAAGCAACCGACTTGATTTTGTGACTCAACTGAGTGAGTGACTGAATGACAATATCTTTTTTTAAGTGTGTGAAGTGGTTGATCGATA
TTCGTATTTTGTATTGAACCTAAAACAACAGTTTGTTTCTTATTTGTTAAAAAATAAAAGGAATTTCCTTAGTAGAAATTGTAATATATATGTGGAAGTACTTGGATCAA
TGGGATCGCCATCTTAATGAACATCATAATAGATAACACCATGACTGAGAACAAAATTTGAAGCCCTTAATATAACGAAGAACGTGGAGTGGAGTAATACGACGTTCAAG
TGTATAATAATAATCCCACTATGTTCGTGTGTGAATCCTTGCTCTCATATAGTGCTATGATTGCCCCTTTTCTTAACTTTGAAATCTCTCCCTTAATTAGTTTCCAAAAC
TTGTTTCTAACACCTAAATGGTATCTCCAAATCGGATGATAAAAAAACCGTATATTTATCAGAAAAATTCCGGACAATGTCTAAATGAAAACGCTACATATGAAAAAAAA
AAAGAATCACCGTGGCATTAATTCACACATTTTTAGGCATTGGTTCCTCTCTAATTTTTATCAAAAGCTTTGGTTCATTTTTGCTCCAATTGCTCCATATCTACAAATCA
TGTAAGCACACAAATAACTATAAACAATGTGTGACAATATTGATAATAACTTTTCAATATAAGTCACTAATTAATTAAGTAAACACGTAGTTGATGTTCACTATGATGGA
ACATTTTCTTTTTTTCTTTCTTTTATTTTAACTTATCAACTGATCACTATTTTTGTGATGATATAGTTGGGGACAAATATTCTATTCTTTTAAGATTGCGTCTTTTCAAT
TCTATTAGTTGCATTTCTTTCGTGAATGATTGGATCTTCTTAAATTTTAACCAACAAGAAACATGAATTGTCAAAATTAGTCTATAAATACACTTCTTTTCAAAATTAGT
CTTTAAATACACTTCTTGGTGCAATAGGTTGGAGGTATTAGGTCAGATTCATGGACAAACAATAAAAATTTATTTATATCCTTCAAAACCTTCAAAAACTTCTTATTACA
AACTAAGAATTGCTATTTGAGCCATACAAGAAAATAAAACAACTATCTAATTGATTCTAAAATTATTGGTTAATATTAGTTAAACACTAATTAATCTAAAGAGCTTCTTG
CATATCTAGTAAATAAGTTTTAAAATAGCAAATAAGTTTTAAAATTTAACCACATAGCGGAGATTTATTGTTTTTGCAAATATGGAGAGAAAAAAAAACAAACTCAATCC
TTGAAATATCAAAAAACTACAAATATACCTTATACACACACTTAATATCTTTGTTACATTATTAATATAAATTTGATATACACTCGAAACACTACTACTATACACTAAAA
AAAAATGTTACTTTTATTAGAAAAAAAAAGATAAGATATAGTAATTACTCTTGAATTTCATAAGTGATGTAAATTTATTTTTTTTAAGTTAGATCTTGTGTATAAAATTT
TGTATTTTCTGATTTGATGAGATATTATATTACAAAATCTTCAATTAATTCCAAAAAAACATAAATAGTAAAATTAAGATATCTAATATTTGATAGTATGAGATTTTATC
TCAAAATGAATTGACAATGAAGAGTGAAATTTCGTTAAAGGTGAAACTCTCAACCTCCAACAATAGTTGTGGATAATTTGTGGATAATTTTTAAAGTTTTTGTAGCTATT
TGGAGACTATTTGTTGTAGGTATTTGAAGAAATTTAGATAGAAAGTAAATGAAAGAGCCCCATATATATTGAGAATAAAGTTTATTACTTATTATATAATCCAAATGTCA
TTCAAAACAAAATACGTGACATGACCATAATTAAAAAACATGAGTACAATTCTAACTAAGCTTCTAGTACAAAGAAACAAAGTAGTACAAATCTAACTTTACCAAAAAAA
AAACCTTTCTTAAAATCAAATCTTTAATTTATTAAAACAACCTAAACAAAAATTACTTTAAATTATTAAATTTTACTCGATCCAAAAGTTTAAAACTTTGCAAGAGCTTG
AATATACCATTTCTCCGAACCACTTAGTTTGATATTCTCTTAAGTCAAAATCTTAAGTTAATAGATGAAAACAAATTTAATATAATATCTAATTCAACATGACGAGTACA
ATTCAACTAGGTTTTTCATTTGTACTGCAGAGTTCATCCCCGTTTCATTCATATATATATATATATACACAGAAAAAATTGTACATAAACAGAAGGAAGCGATGATCAAA
CAAGATTGAAAGAGTCACTGAGTGCAGCATTGATGTGAAAAACCCATTTCAAAATTCCAACCTGAATTCTTAATCAACTTAAATTCTATTTGCTTCTCTCAAATCCCATT
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TCTGTTATTAATTTTAGCTTTTACCATCAATTAGATGAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDKARNWMDKAEFDGSSKGEKAPGLASIGGVLRDHKAQFLLGYAEPIGRANSSMAELTALTKGLELVLENGWKDVWVEGDAKGLVEILVENKEVKCMEARSYFRYIKSLI
LDFDKCKVSHIYREGNKVADRFASIGHRYKKLEIWKDLPPLETLDMMSHDAEGKTTFRIK