CuGenDBv2

Gene ID	PI0025263
Organism	Cucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr08:22573260..22575334
RNA-Seq Expression	PI0025263
Synteny	PI0025263
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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GenBank top hits

e value

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QFZ79247.1 tubulin beta chain-like protein [Luffa aegyptiaca]

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Arabidopsis top hits

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AT5G23860.2 tubulin beta 8

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

4.9e-257

95.07

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Sequences

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CDS sequence

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GAGCTTATTGATTCTGTTCTTGATGTTGTTCGTAAGGAGGCTGAGAACTGTGACTGCCTGCAAGGGTTTCAGGTGTGCCATTCTTTGGGAGGAGGGACTGGATCTGGAAT
GGGAACTCTTCTGATTTCCAAGATCAGAGAAGAATACCCTGATAGAATGATGCTCACGTTCTCCGTTTTCCCATCTCCTAAAGTTTCTGATACTGTTGTTGAGCCTTACA
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ATCAATGTTCAAAACAAGAATTCTTCATACTTTGTAGAATGGATCCCCAACAACGTGAAATCTACAGTCTGTGACATTCCTCCAACTGGATTGAAAATGGCCTCGACTTT
CCTTGGGAACTCAACATCGATCCAAGAGATGTTTCGTCGTGTTAGTGAGCAGTTTACTGCTATGTTTAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGG
ATGAGATGGAGTTCACTGAGGCCGAAAGCAATATGAATGATTTGGTTTCTGAGTATCAGCAATATCAAGACGCTACGGCTGAAGATGATGAATACTACGATGATGATGAA
GTTGGGGAGCATGATGAATGA

mRNA sequence

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TGTGCCATTCTTTGGGAGGAGGGACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTCTGATTTCCAAGATCAGAGAAGAATACCCTGATAGAATGATGCTCACGTTCTCCGTTTTCCCA
TCTCCTAAAGTTTCTGATACTGTTGTTGAGCCTTACAACGCAACTCTCTCCGTTCATCAATTGGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTACTTGATAACGAGGCTCTCTA
CGATATTTGCTTCCGGACCCTGAAGCTCTCCACTCCAAGCTTCGGTGATCTGAACCATCTGATTTCTGCGACTATGTCCGGTGTGACCTGCTGTTTGCGGTTCCCGGGAC
AGCTCAACTCAGATCTTAGGAAGCTTGCCGTCAATCTTATCCCATTCCCGCGTCTTCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCACTCACTTCCCGTGGATCCCAGCAATAC
AGAGCTCTTACAGTACCTGAGCTCACTCAGCAAATGTGGGATGCTAAGAACATGATGTGTGCTGCTGATCCCCGACATGGTCGATATCTTACTGCCTCTGCTATGTTTAG
GGGTAAGATGAGCACCAAGGAAGTTGATGAACAGATGATCAATGTTCAAAACAAGAATTCTTCATACTTTGTAGAATGGATCCCCAACAACGTGAAATCTACAGTCTGTG
ACATTCCTCCAACTGGATTGAAAATGGCCTCGACTTTCCTTGGGAACTCAACATCGATCCAAGAGATGTTTCGTCGTGTTAGTGAGCAGTTTACTGCTATGTTTAGGAGG
AAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGGATGAGATGGAGTTCACTGAGGCCGAAAGCAATATGAATGATTTGGTTTCTGAGTATCAGCAATATCAAGACGC
TACGGCTGAAGATGATGAATACTACGATGATGATGAAGTTGGGGAGCATGATGAATGAAGGATGTGAAGGTGTGTGTGTTAAACTTTCAATTGCCAGTCTCTGGCAAGTT
TGTGGGTTGGATTTATGAAGGCCTAAATCAATTCATAGCTGTAGAATGTTTAGGCCATTATATCGTCAATTAAGATTGCTTTTTCCTTTTTGGTTCTTAATTGTGTCATC
TGGATAATGGAATATGAAGAATATCAGTTACATATGCTCGTATAATTTGTTATTCTGCAAGTTTCTCTGTTTAAAAATTTCCTCAGATTTGAGTGTGTTACTTCACAGGT
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AGATTTGATATAGGACTTCGAAACCCAA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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SFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM
INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFLGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDDEYYDDDE
VGEHDE

PI0025263 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome