; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

PI0026941 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome

Gene IDPI0026941
OrganismCucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
DescriptionProtein TIC 20
Genome locationchr11:2489780..2493142
RNA-Seq ExpressionPI0026941
SyntenyPI0026941
Gene Ontology termsGO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR005691 - Chloroplast protein import component Tic20


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8646790.1 hypothetical protein Csa_005677 [Cucumis sativus]1.5e-12375.79Show/hide
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KAG6575237.1 Protein TIC 20-I, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.2e-12174.58Show/hide
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        F L DSSLRLTLGN DMILNGCTTPTG FFSNS+LSIP+RS+I R+P CS    +SIRSS EPHL+HQTC Y                   LK       
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         LSGDLGGLLHTIPRLPR++N+ MTPRAAKD P S+RFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMY ETAYHLHPFLEDFEFLTYPFL A+G+LP    
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                  IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPL+ YWGKVGMHFWT V+FAYLFTVLE VRCALAGMYADIPF CDAAYIQIPYD
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XP_004140499.1 protein TIC 20-I, chloroplastic [Cucumis sativus]8.3e-12275.53Show/hide
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XP_008459737.1 PREDICTED: protein TIC 20-I, chloroplastic-like [Cucumis melo]2.8e-12577.3Show/hide
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         +KNISMTPRA+KD P S+R+PPMTTKPKWWWRTLACLPYLMP HETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIG+LP              +VRRKEW
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        PHF RFHVVMGML+EI+LQVIGT+SRW+P+S YWGK+GMHFWT V FAY+FTVLEC+RCALAGMYAD+PFVC+AAYIQIP+D
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XP_038875339.1 protein TIC 20-I, chloroplastic [Benincasa hispida]1.7e-11975.97Show/hide
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        RQK I M TP+AAKD P SFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLE+FE  TYPFLGAIG+LP              +VRRKE
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KFP3 Protein TIC 204.0e-12275.53Show/hide
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         +K ISM+PRAAKD P S+RFPPMTTKPKWWWRTLA +PYLMPFHETWMY ETAYHLHPFLE+FEFLTYPFLGA+G+LP              IVRRKEW
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A0A1S3CAY7 Protein TIC 201.3e-12577.3Show/hide
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A0A5A7TDM5 Protein TIC 201.3e-12577.3Show/hide
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         +KNISMTPRA+KD P S+R+PPMTTKPKWWWRTLACLPYLMP HETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIG+LP              +VRRKEW
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        PHF RFHVVMGML+EI+LQVIGT+SRW+P+S YWGK+GMHFWT V FAY+FTVLEC+RCALAGMYAD+PFVC+AAYIQIP+D
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A0A6J1DBI9 Protein TIC 203.0e-11774.47Show/hide
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        MILNGCTTPTG  FSNS+  IPSRS+  R P CS QT+ IRSSWEP L+HQTC             F K   L LK      PLLSGDLGGLLHTIPRLP
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        RQK I MTP+A+KD P SFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLEDFEF TYPFLGAIG+LP              +VRRKEW
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A0A6J1DDV0 Protein TIC 201.1e-11674.11Show/hide
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        MILNGCTTPTG  FSNS+  IPSRS+  R P CS QT+ IRSSWEP L+HQTC              F    L LK      PLLSGDLGGLLHTIPRLP
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Query:  RQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIGKLPR-------------IVRRKEW
        RQK I MTP+A+KD P SFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLEDFEF TYPFLGAIG+LP              +VRRKEW
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Query:  PHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
        PHF RFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPL+ YWGK GMHFWT V+FAYLFTVLEC+RCALAGMYADIPF+CDAAYIQIPYD
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8GZ79 Protein TIC 20-I, chloroplastic2.5e-8977.89Show/hide
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        LL+G+ G L  T+P LP ++   +TPRA+KD P+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIG+LP    
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Query:  ----------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
                  IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL  YWGK GMHFWT VAFAYLFTVLE +RCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
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Q9ZQZ9 Protein TIC 20-IV, chloroplastic5.8e-3340.53Show/hide
Query:  GLLHTIPRLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEF---LTYPFLGAIGKLPR-------
        GL    P L R +      R AKD     + P +  +P+WWWRTLAC+PYL+    +    +  +++ PFLE  +    + Y   GAI + P        
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Query:  ------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYI
              +V+ KE PH+ RFH++MGMLLE ALQVI   S + PL  + G+ GM++W  + F Y+  +LEC+RCALAG+YA IPF+ DAA I
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Q9ZST8 Protein TIC 20, chloroplastic3.6e-7553.33Show/hide
Query:  MILNGCTTPTGCFFSNSKLSIPSRSSILRNPRCSTQTSSIRSSWEPHLKHQTCYYGEWCASFRNPLFFKCRSLT---LKATCCIFPLLSGDLGGLLHTIP
        MI NG T   G     +   IP++ ++          SSIRS W   L++                  K R +T   + AT  +  LLSG    L  TIP
Subjt:  MILNGCTTPTGCFFSNSKLSIPSRSSILRNPRCSTQTSSIRSSWEPHLKHQTCYYGEWCASFRNPLFFKCRSLT---LKATCCIFPLLSGDLGGLLHTIP

Query:  RLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIGKLPR-------------IVRR
         LP     S TPRA KD+ + FRFPPMT KP+WWWRTL+C+PYL+PFH+ WMY  TAYHLHPF+  F+ +TYPFL AIG LPR             IVRR
Subjt:  RLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIGKLPR-------------IVRR

Query:  KEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
        KEWPHFFRFHV +GML+EIALQV G VSRWMP SFYWGK+GMHFWT   F +LFT +EC+RCAL GMYAD+PFVCDAAYIQIP++
Subjt:  KEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G04940.1 translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 201.8e-9077.89Show/hide
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        LL+G+ G L  T+P LP ++   +TPRA+KD P+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIG+LP    
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Query:  ----------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
                  IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL  YWGK GMHFWT VAFAYLFTVLE +RCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
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AT1G04945.3 HIT-type Zinc finger family protein1.3e-7775.42Show/hide
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        LL+G+ G L  T+P LP ++   +TPRA+KD P+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMP HETWMY ETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIG+LP    
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Query:  ----------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALA
                  IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL  YWGK GMHFWT VAFAYLFTVLE +RCALA
Subjt:  ----------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALA

AT4G03320.1 translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20-IV4.1e-3440.53Show/hide
Query:  GLLHTIPRLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEF---LTYPFLGAIGKLPR-------
        GL    P L R +      R AKD     + P +  +P+WWWRTLAC+PYL+    +    +  +++ PFLE  +    + Y   GAI + P        
Subjt:  GLLHTIPRLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEF---LTYPFLGAIGKLPR-------

Query:  ------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYI
              +V+ KE PH+ RFH++MGMLLE ALQVI   S + PL  + G+ GM++W  + F Y+  +LEC+RCALAG+YA IPF+ DAA I
Subjt:  ------IVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYI


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTCTAGCGAAGTCAGATTTGTTCGAATTGCGCGATTCAAGTTTAAGGTTGACATTGGGAAACTTAGATATGATTCTTAATGGATGCACCACACCCACTGGGTGCTT
CTTCTCAAATTCCAAGTTATCTATTCCTAGCCGTTCTTCCATCTTACGTAATCCTCGTTGCAGTACACAAACTTCTAGCATTAGGAGTTCATGGGAACCTCATTTGAAGC
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GGGGATCTAGGTGGGTTGCTACATACGATCCCAAGGTTACCAAGGCAAAAAAATATTAGCATGACACCACGGGCAGCCAAAGATGCCCCTAATAGTTTTCGTTTCCCTCC
AATGACTACAAAACCAAAATGGTGGTGGAGGACATTAGCATGCCTACCGTATCTAATGCCGTTTCATGAAACTTGGATGTATGGTGAAACAGCATACCACCTACACCCGT
TCCTGGAGGACTTTGAATTCTTGACATATCCCTTTCTCGGAGCCATTGGGAAACTACCAAGAATTGTAAGACGAAAGGAATGGCCTCACTTCTTTAGATTTCACGTTGTT
ATGGGCATGTTGTTGGAGATTGCCCTGCAAGTGATTGGTACAGTGAGTCGTTGGATGCCCCTTTCCTTCTACTGGGGAAAAGTTGGAATGCACTTTTGGACATTTGTAGC
ATTCGCATACCTGTTCACGGTCTTGGAATGCGTACGCTGTGCTCTTGCAGGCATGTATGCGGATATCCCCTTTGTCTGCGATGCAGCCTACATCCAAATACCATATGATT
AA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CTTCTCAAATTCCAAGTTATCTATTCCTAGCCGTTCTTCCATCTTACGTAATCCTCGTTGCAGTACACAAACTTCTAGCATTAGGAGTTCATGGGAACCTCATTTGAAGC
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AA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GDLGGLLHTIPRLPRQKNISMTPRAAKDAPNSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPFHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFLTYPFLGAIGKLPRIVRRKEWPHFFRFHVV
MGMLLEIALQVIGTVSRWMPLSFYWGKVGMHFWTFVAFAYLFTVLECVRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD